清代称今新疆天山以南的维吾尔族聚居区为回疆。其境内的大城有喀什噶尔(今喀什)、叶尔羌(今莎车)、英吉沙尔(今英吉沙)、和阗(今和田)、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔(今焉耆)，合称回疆八城。其中喀什噶尔城为参赞大臣驻所，其余各城则设办事大臣或领队大臣。是南疆的军事、政治、经济重地。