1949年改额济纳土尔扈特旗置，属宁夏省。治所即今内蒙古额济纳旗驻地达来呼布镇。1952年改为额济纳自治区。1953年迁治建国营 (赛汗桃来)。1954年划归甘肃省，1955年改为额济纳自治旗。1956年划归内蒙古自治区，复改为额济纳旗。1959年复迁至达来呼布。

在内蒙古自治区西部，邻接甘肃省。属阿拉善盟。面积11.4万平方千米。人口1.7万，有蒙古、汉、回、裕固等9个民族，其中蒙古族占32%。辖1镇、6苏木。旗人民政府驻达来呼布镇。额济纳古称亦集乃，系党项语，意为“黑水”，旗以河名。西汉置居延县，属张掖郡。东汉为张掖居延属国治。魏、晋为西海郡治。西晋永嘉后相继为前凉、前秦、后凉、西凉等所据。唐置同城，垂拱三年(687年)曾移安北都护府于此。西夏置黑水镇燕军司。元置亦集乃路，属甘肃行省。清康熙四十二年(1703年)额济纳士尔扈特部的阿拉布珠尔于嘉峪关外党河、马海、色尔腾湖之间、阿尔金山以东地区游牧，被封为固山贝子。雍正九年(1731年)迁至额济纳河中、下游游牧。乾隆十八年(1753年)置额济纳士尔扈特旗，直属理藩院，受陕甘总督节制。1912年后属宁夏护军使。1929年属宁夏省。1949年属甘肃省酒泉专署。1950年划入宁夏省，1952年更名额济纳自治区，1954年复入甘肃省。1955年更名额济纳自治旗。1956年划入内蒙古自治区，更名额济纳旗，属巴彦淖尔盟。1969年划入甘肃省。1979年划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟;同年12月置阿拉善盟，随属。地处内蒙古高原西端。属中温带干旱气候。经济以畜牧业为主，产骆驼、羊等。农产小麦、高粱等。矿产有铁、萤石、煤、白云石、水晶、金、铜等。工业有农机修造、木器加工、粮食加工、梳毛、电力等。赛清铁路、巴达、达酒公路经此。古迹有岩画群和旧石器、新石器时代文化遗址，黑城子遗址、居延遗址。