明洪武二年 (1369) 改崇明州置，属扬州府。治所在东沙 (今上海市崇明县东北)。八年(1375) 改属苏州府。永乐十九年 (1421) 迁县治于故城北十里秦家符。弘治十年 (1497) 改属太仓州。嘉靖八年 (1529) 迁治三沙之马家浜 (今崇明县东北三沙洪一带) 西南。二十九年 (1550) 又迁治于平洋沙 (今崇明县西北三星镇一带)。万历十三年(1585) 迁于长沙，即今治城桥镇。1914年属江苏沪海道。1927年直属江苏省。1958年划归上海市。

在上海市北部、长江口崇明岛上。面积1041.2平方千米。人口63.5万。辖13镇、1乡，另有8个市属农场、2个军垦农场。县人民政府驻城桥镇。崇明岛是中国第三大岛。原为长江口沙洲，唐武德年间出露水面。五代杨吴于顾俊沙置崇明镇，始有此称。南宋嘉定间设盐场，元至元十四年(1277年)置崇明州，隶扬州路。明洪武二年(1369年)改为崇明县，先后隶苏州府、太仓州。1912年直属江苏省，1914年属沪海道，1927年复属江苏省。1949年属苏北行署区南通专区，1952年属江苏省南通专区。1958年划归上海市。地处长江口，河网纵横。属北亚热带湿润气候。农产以粮食、棉花、油菜籽为主。工业有发电、电讯、家用电器、服装等。现已被列为21世纪全面开发的地区，作为浦东开发的延伸。岛上交通便捷，并有多个港口辟有至吴淞等地的车、客轮渡线。名胜有东平国家森林公园和金鳌山、学宫等。