弘光元年（乙酉）五月，清兵渡江，南都失守。镇江总兵官郑鸿逵、郑彩知势不可为，因撤师回闽。会唐王从河南来。王性率直，喜诗书、善文翰，洒洒千言。初封南阳，以父殀，失爱于祖端王。两叔谋夺嫡，未得请名。及祖端王薨，守道陈奇瑜、知府王之柱始为请嗣。后复以统兵勤王，擅离南阳，锢高墙。会赦出，避乱边浙，鸿逵因奉之俱南。至福州，福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙等共会议立王监国。时拥入者艳翊戴功，咸请正位。诸大臣多言监国名正，出关尺寸，建号未迟。郑芝龙亦固争，以为不可。李长倩亦有「急出关、缓正位，示监国无富天下心」之疏。惟郑鸿逵请正位，曰：『不正位，无以压众心，以杜后起』。遂定议。于闰六月十五日奉王即皇帝位于福州。是日郊天，大风震起，拔木扬沙。及驾回宫，尚宝司卿坐马忽惊跃起，玉玺坠地，损其一角。人咸异之。
改福州为天兴府，以布政司为大内。大赦，改元隆武。命颁诏于两浙、两粤。
晋郑芝龙、郑鸿逵为侯，郑芝豹、郑彩为伯。设六部九卿，以张肯堂为吏部尚书、李长倩为户部尚书、曹学铨为礼部尚书、吴春枝为兵部尚书、周应期为刑部尚书、郑瑄为工部尚书、马思理为通政使、郑广英为锦衣卫都督。以天、建、延、兴四府为上游，汀、邵、漳、泉为下游；各设抚、按。县陞府、府陞道、道转内卿，一命以上，咸与宠锡。起蒋德璟、黄景璟、黄道周、苏观生、何楷、陈洪谧、林欲揖、朱继祚、黄鸣俊、皆为大学士。又起曾樱、何吾驺、郭维经、叶廷桂，皆入阁办事。其远不能至者，如王应熊、杨廷麟等仅列其名。阁臣三十余员，俱不令票旨；凡有批答，皆上亲为之。
德璟陛见，首以清屯、练军上请；上然之，而不能行。
改庶吉士为庶萃士，命苏观生主之，以招选贤才。
时文武济济，然兵饷战守俱郑芝龙为政。芝龙，泉州人；幼习海情，凡海盗皆故盟或出门下。自就抚后，海舶不得郑氏令旗，不能往来。每一舶，例入三千金；岁入千万计，以此富敌国。府第安平镇，去泉州城南三十里；后筑城于安平，海梢直通卧内。其守城兵，自给饷，不取于官。旗帜鲜明，戈甲坚利；凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之如寄。故八闽以郑氏为长城。至是，开府于福州，坐见九卿，入不揖、出不送。
集廷臣议战守，兵定二十万。自仙霞关外，宜守者一百七十处，每处多寡不等，约计十万；余十万今冬精练，明春出关。一枝出浙东、一枝出江西，合计八闽、两浙、两粤之饷，尚虞不足。
时粤西有靖江王者，八月亦称监国。隆武诏至不受，举兵欲东。广西巡抚瞿式耜知之，移书两广总制丁魁楚为备；又檄思恩参将陈邦传防梧。靖江王遣桂平道井济促式耜入，式耜不允。未几，靖江提兵至梧，命式耜易朝服朝；式耜不从，且以兵胁之，卒不可夺。靖江兵寻为丁兵战败返桂，式耜因密授计于粤西总镇杨国威、旗鼓焦琏，遂擒靖江及国威；械至福州，奉旨斩于市。以擒靖功，封魁楚为伯；晋式耜兵部侍郎衔，兼副都御史。
清兵既渡江，平定南都，因分兵入浙。时潞藩避杭，不忍残民，因举城降。清帅贝勒散布官吏至浙东招抚，且令薙发。山阴原任苏松巡抚祁彪佳，赴池水死。原任左都御史刘宗周，不食死。有绝命词云：『留此旬日死，少存匡济意；决此一朝死，了我平生事。慷慨与从容，何难亦何易』！又示婿云：『信国不可为，偷生岂能久！止水与叠山，只争死先后。若云袁夏甫，时地皆非偶。得正而毙矣，庶几全所受』。门人会稽诸生王毓蓍闻变，即遗书宗周曰：『愿先生早自决，毋为王炎午所吊』。亦投柳桥河死。儒士潘集奔东渡桥，袖石自沉死。儒士周卜年，赴东海死。原任大学士高弘图流寓绍兴，逃至野寺不食死。时马士英潜率所部，奉弘光母后突至绍兴。绍兴士大夫未知弘光所在，原任九江佥事王思任因上疏太后请斩马士英，曰：『主上宽仁有余，而刚断不足。心惑于奸相马士英爰立之功，遂将天下大计尽行交付。而士英公窃太阿，肆无忌惮，窥上之微而曲中之。上嗜饮，则进■〈酉灵〉醁；上悦色，则献妖淫；上喜音，则贡优鲍；上好玩，则奉古董。而以疆场担子，尽推史可法；又心忌其成功，绝不照应。每一出朝，卖官鬻爵，攫尽金珠。四方狐狗之辈，得一望见，费至百金；得一登簿，费至千金。以至文选、职方，乘机打劫；巡抚、总督，现兑即题。其余编头修脚、服锦横行者，又不足数矣。所以然者，士英独掌朝纲，知利而不知害、知存而不知亡，朝廷笃信之以至于此也。今事急矣，政本阁臣可以走乎？兵部尚书可以逃乎？不战不守而身拥重兵，口称护太后之驾，则圣驾独不当护耶？一味欺蒙、满口谎说，英雄所以解体、豪杰所以灰心也。及今犹可呼号泣召之际，太后亦宜速趣上照临出政，断酒绝色、卧薪尝胆，立斩士英之头，传示各省，以为误国欺君之戒；仍下哀痛罪己之诏，以昭悔悟。则四方人心士气犹可复振，而战鼓可励、苞桑可固也』。思任又上书士英曰：『阁下文采风流，职素钦慕。然气骄腹满，只知贪黩之谋。酒色逢居、门墙固党，叛兵至则束手无策，强敌来而先期以走；致令乘舆播越，社稷丘墟！阁下谋国至此，即啄长三尺，亦何以自解？以职上计，莫若明水一盂，自刎以谢天下；则忠愤节义之士，尚尔相亮无他。若但求全首领，亦当立解枢权，授之才能大臣，以召英雄，犹可共望中兴。如或逍遥湖上、潦倒烟霞，仍效贾似道之故辙，千古笑齿已经冷绝。再不然，如伯嚭渡江，吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之区也。职当先赴胥涛，乞素车白马以拒阁下』。士英愧愤，不敢答。清招抚使至钱塘江上，原任山西佥事郑之尹子郑遵谦忿杀之。闻鲁王避难在台州，遂与张国维、方逢国、柯夏卿、宋之普、陈函辉、熊汝霖、孙嘉绩等共谋迎立。适朱大典亦遣孙珏上表劝进，遂定议，拥立鲁王监国于绍兴。逢年、国维、之普、大典俱为大学士，封方国安荆国公、张鹏翼永丰伯、郑遵谦义兴伯、王之仁武宁伯。分国安守严州、鹏翼守衢州；国维督师江上，赐上方剑行事。时马士英逡巡浙东，闻鲁王监国，欲入朝。张国维知之，首参其误国十大罪。士英惧，遂不敢入。补御史陈潜夫原官，加太仆寺少卿，命监各藩镇兵马。七月，复富阳；八月，复于潜。时兵马云集，人治一军，不相统一，部曲骚然。国维疏请于王，言『克期会战，则彼出此入，我有休番之逸；而攻坚捣虚，人无应接之暇：此为胜算。然必连诸帅之心化为一心，然后使人人之功罪视为一人之功罪』。十月，清兵至，方国安严阵当之。国维率王国斌、赵天祥接应，追战于草桥门。
会天大风雨，火炮弓矢不得发，遂收兵。清兵营木城于沿江。闽中隆武颁诏至，诸求富贵者争欲应之。鲁王不悦，下令欲返台州，士民惶惶。国维闻之，星驰至绍，上疏隆武；言：『国当大变，凡为高皇帝子孙、臣庶，所当同心并力；成功之后，入关者王。监国退守藩服，礼制昭然。若以伦序，叔侄定分，在今日原未假易。且监国当人心奔散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及；猝然有变，唇亡齿寒，悔莫可追。臣老臣也，岂若朝秦暮楚之客哉』！疏出，议始定。然浙、闽成水火矣。
闽饷不足，郑芝龙遣给事中梁应奇入广督饷。应奇往督，因参迟误者数十人，俱奉旨提问，然迟疑未有提至者。潮州知府杨球欲入朝，闻旨遂止粤界，不敢入。芝龙又令抚、按以下皆捐俸助饷。官助之外，有绅助；绅助之外，有大户助。又借征次年钱粮，又察括府、县积存银，厘毫皆解。不足，又大鬻官爵：部司价银三百两，后减至百两；武劄仅数十两，或数两。娼优厮隶，尽列衣冠；但无俸、无衙门，空衔而已。然借此倩轩盖、雇仆役，拜谒官府，鞭挞邻里。甚至府、县莅讼，两造皆称职官；立语不服，互殴于庭而莫可制。受害者延颈清兵；谣曰：『清行如蟹，曷迟其来』！识者已知其必败也。
郑芝龙所招关门兵，不过数百疲癃。廷臣请出关者，章满公车。隆武每欲躬履行间，而芝龙但以缺饷为辞。会十月曾氏至，迎入宫，乃暂止。
大造宫殿。初，隆武孤身南来，鸿逵以所掠美人十二献用，随居官衙。至是曾氏至，遂大兴工作，扩构宫殿。卮匜之属，皆用黄金。开织造府，造龙袍；后下体服，皆织龙凤。然后性儆敏，颇知书贤能；隆武每召奏对，辄于屏后听之，共决进止。隆武颇严惮之。
隆武尚未有嗣，郑芝龙乃令子郑森入侍。隆武赐国姓，改名成功。隆武每意有所向，成功辄先得以告芝龙。由是，廷臣无敢异同者。何楷入朝，与芝龙争朝班不合，乞归；中途盗截其耳，诏追贼不得。兵科给事刘中藻，亦以忤郑氏去。有密告郑芝龙揽权者，隆武辄责芝龙；芝龙怒，佯欲谢事。隆武心知芝龙不可恃，无以制之。因复固留曰：『此非朕意，乃某人之言也』。芝龙潜中伤之。于是左右无一同心矣。
丙戌，邵武知府吴炇炜、推官朱健移家眷他驻，坐倡逃；建阳知县施懅为奸胥摘发，坐贪酷：俱斩于市。龙溪知县谢泰宗以贪参，罚八千金。
杭严道龚可楷航海至闽，不用。而南来无赖之徒，争上疏谈兵；片言合旨，赉宝锭、赐官爵。久之，部曹几及千人。
廷臣屡请命芝龙出关，芝龙亦知不出关无以压众心，因分兵为二，声言万人，实不满千。以郑鸿逵为大元帅，出浙东；郑彩为副元帅，出江西。隆武仿淮阴故事，筑坛郊拜而送之。二将既出关，疏称候饷，不行。逗留月余，隆武下诏切责曰：『倘畏缩不前，自有国法在』！二将不得已，踰关行四、五百里，仍疏言饷绝，留驻如故。
大学士黄道周愤师不前，因请以师相募兵江西。曰：『江西多臣子弟，愿招之效死军前』。隆武命芝龙助之资，芝龙不与一钱，隆武惟给空劄百函而已。道周以劄号召门下得百人，居吉安，与杨廷麟、万吉元为呼应。出兵徽州，为清兵所擒，械送江宁。道周绝粒不食，积十四日不死。清内院洪承畴怜而欲生之，道周不屈，竟斩于市。
阁臣蒋德璟见郑师逗留，因自请行关确察情形，相机督战；隆武许之。比至，则疲兵弱卒、朽甲钝戈，一无可为。德璟因叹息告病去。户部尚书李长倩以饷不继，忧愤而死。
吏部郎中赵玉成与尚书张肯堂同籍江南，疏言『臣等生长海滨，请以水师千人从海道直抵君山，袭取金陵，以迎陛下』。隆武大喜，亟催芝龙造艘；芝龙笑诺。会有上疏言水师诸臣宜留其家眷以防逃归者，事遂不果。
隆武决意亲征；二月，驻建宁。楚抚何腾蛟、江右杨廷麟皆疏迎隆武，隆武意欲往江右，犹豫不定；而芝龙固请回省：『省中人数万呼拥请还，不还则绝天下望』。因驻跸剑津。
任兵部尚书吴春枝留守，晋大学士；辞不受。
六月，吴炳自江右单骑入关；命以布政提调棘闱。以编修刘以修为主考，取中举人万瓒等百余名；犹雍雍太平象也。
皇子诞生，群臣表贺，有「日月为明、止戈为武」语；隆武嗟异。大赦、覃恩，郑氏厮养俱得三代诰。
诛鲁王使都督陈谦。谦奉使至关，趑趄不敢入；芝龙与之有旧，以书招之，乃入。陛见，启函称皇叔父、不称陛下，隆武大怒，下之狱。芝龙疏救，不听。谦，武进人。乙酉春，齎弘光诏封芝龙南安伯；比读券，乃误书安南。谦谓芝龙曰：『安南则兼两广，南安仅一邑耳；请留券而易诏』。芝龙大喜，厚赠而别；及半途而南京变。芝龙德之；故至是，力救。监察御史钱邦芑密奏：『陈谦为鲁心腹，且与郑至交；不急除，恐有内患』。隆武信之。或以告芝龙，芝龙谓刑人必经其门，临期救之更便。至夜半，内传片纸，别移谦斩之。芝龙闻知，伏尸而哭，极其哀；以千金葬谦，为文以祭，有「我虽不杀伯仁，伯仁由我而死」之句。
郑芝龙微闻钱塘信急，因疏称『海寇狎至，今三关饷取之臣、臣取之海，无海则无家，非遄征不可』。拜表即行。隆武手敕留之，曰：『先生稍迟，朕与先生同行』。使奉敕至河，而芝龙飞帆已过延平矣。芝龙既去，守关将施福声言缺饷，尽撤兵还安平。
浙东将士与清兵跨江相距，自丙戌春屡战不胜，各营皆西望心碎。王之仁上疏鲁王曰：『事起日，人人有直取黄龙之志。乃一败后，遽欲以钱塘为鸿沟，天下事何忍言！臣为今日计，惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战。今日欲死，犹战而死；他日即死，恐不能战也』。三月，清兵驱船开堰入江，张国维命之仁统水师江心袭战。是日，东南风大起，之仁扬帆奋击之，国维督诸军渡江，清兵为之少却。会隆武使陆清源賫诏至江犒师，时马士英依栖方国安，因唆国安斩之，且出檄数隆武罪。国维闻之，叹曰：『祸在此矣』。四月，鲁王既斩闽使，恐闽发兵；又见杭州固守坚不可破，遂定议抽兵属国维西征；以余煌兼兵部尚书督师江上，而事不可为矣。清贝勒王侦知，遂屯兵北岸，用大炮击南营，适碎方兵厨灶，国安惧，叹曰：『此天夺吾食也』。私念隆武曾以手敕相招，入闽必大用；又清兵势重莫可支，于五月二十七日夜拔营走至绍兴，率马兵、阮兵以威劫鲁王而南。翌日，江上诸师闻国安走、郑遵谦移资入海，余俱溃散。惟王之仁一军尚在，国维与之仁议抽兵五千分守各营。之仁泣曰：『坏天下事者，方荆国也！清兵数十万屯北岸，倏然而渡，孤军何能迎敌？之仁有船可入海，公兵无船，速自为计』。国维不得已，乃振旅追扈鲁王。六月朔，清兵渡江。礼部尚书余煌大张朱书，尽启九门，放兵民出走；遂正衣冠，赴水死。国安、士英南行，谋以鲁王投降为入关计，乃遣人守鲁王；守者忽病，鲁王得脱，登海舶。闻国维行至黄石岩，因传命国维遏防四邑；遂过东阳，图治兵再举。清既入关，遂遁入舟山。清兵破义乌，众劝国维入山。国维曰：『误天下者，文山、叠山也；一死而已』。二十六日，清兵至七里寺。国维具衣冠，南向再拜，曰：『臣力竭矣』！作绝命诗曰：『艰难百战戴吾君，拒敌辞唐气励云；时去仍为朱氏鬼，精灵当傍孝陵坟』。从容赴园池死。兴国公王之仁载其妻并两子妇、幼女、诸孙尽沉于蛟门下，捧所封敕印北面再拜，投之水。独至松江，峨冠登陆，百姓骇谔聚观。之仁从容入见内院洪承畴，自称『仁系前朝大帅，不肯身泛波涛；愿来投见，死于明处』。命薙发，不从。八月二十四日，斩于市。兵部侍郎陈函辉，哭入云峰寺中，作绝命词八首。一曰：『生为大明之人，死作大明之鬼；笑指白云深处，萧然一无所累』。二曰：『子房始终为韩，木叔生死为鲁；赤松千古成名，黄蘖寸心独苦』。三曰：『父母恩无可报，妻儿面不能亲；落日樵夫河上，应怜故国孤臣』。四曰：『臣年五十有七，回头万事已毕；徒惭赤手擎天，惟见白虹贯日』。五曰：『去夏六月廿七，虚度一年世法；但严心内春秋，莫问人间花甲』。六曰：『斩尽人间情种，独留性地灵光；古衲共参文佛，麻衣泣拜高皇』。七曰：『手着遗文千卷，尚存副在名山；正学焚书亦出，所南心史难删』。八曰：『慧业降生文人，此去不留只字；惟将子孝臣忠，贻与人间同志』。又自作祭文一、埋骨记一，从容笑语自经死。礼部侍郎王恩任，不食死。太仆少卿陈潜夫，偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻、姊妹联臂共沉河死。兵部主事叶汝■〈艹〈木亘〉〉与妻王氏，同溺死。兵部主事高岱，绝食死；子诸生高朗，赴水死。通政史吴从鲁，不薙发死。原任山西佥事郑之尹，沉水死。诸暨诸生方炯、山阴诸生朱炜，俱赴水死。萧山诸生杨云门，自缢死。医生倪舜年，正襟危坐磁缸内，命掩覆朗声诵经死。清兵至金华，大学士朱大典固守，攻月余不下；用红衣炮破之，大典合门纵火焚死。总兵张鹏翼守衢州，标下副将秦应科等为清内应城破，鹏翼及乐安王、楚王、晋平王、督学御史王景亮皆被杀。马士英、阮大铖犹拥残兵数千请入关，隆武以其罪大，不许。士英计穷，遁至台州山寺为僧，为清将搜获；阮大铖迎降。贝勒俱令随内院办事。方逢年、方国安及刑部尚书苏壮，俱薙发投诚。
隆武自芝龙去后，乃议幸赣；故关门无一守兵，寂如也。清兵至，从容过岭。然清兵入闽，或出建、或由汀、或由福宁，俱走山谷间道出不意，不必定走仙霞也。
溃兵先奔者于路，焚掠为食；至建宁，科臣黄大鹏、按臣郑为虹闭城，发仓米、库银以犒赏，俱驩呼而去，一郡独全。清兵将至浦，百姓议请出降，郑为虹不可；再请，为虹执不可。清兵至，拥见贝勒；众迫跪，为虹不屈。贝勒嘉其节，不忍杀，且劝薙发；为虹曰：『负国不忠、辱先不孝，忠孝俱亏，我生何用！宁求速死，发不可断也』。明日，复召见，责输饷；为虹曰：『清白吏，何处得金』？百姓争欲代输赎其死，为虹曰：『民穷财尽，乌乎可』！因喷血大骂。贝勒下令斩之，为虹大喊奋跃，夺刀自刺胸不死，遂见杀。百姓为之立祠。黄大鹏亦同日殉难。
隆武闻清兵信急，遂决计幸赣。于八月二十一日启行，犹载书十车以从。二十四日，抵顺昌。传清兵已及剑津，且踵至；遂仓皇骑而奔。从行者，惟何吾驺、郭维经、朱继祚、黄鸣俊数人而已；何与郭亦散去。
清兵至顺昌，获龙扛搜之，得马士英、阮大铖、方国安父子及方逢年连名请驾出关为内应疏，在已降后。大铖方游山，闻信知不免，自投崖死；仍命戮尸。士英等四人，軿斩延平城下；家眷百余口，悉给赐兵丁。
清兵过延平而东，时隆武将入赣，因停一日晒龙凤衣。清兵追至，遂及于难；并擒曾后及保驾官朱继祚、黄鸣俊，械至福州，贝勒斩隆武及曾后于市。朱继祚勒令致仕，旋为乱兵所杀；鸣俊许授五品官，以老疾辞免。礼部尚书曹学佺、通政使马思理，俱自缢。
清别遣李成栋、韩固山略定兴、泉、汀、邵、漳州等处。
九月，清兵入泉州，德化知县陈光晋迎降；大学士蒋德璟绝食死。
既而汀、漳皆降，惟芝龙尚保安平，军容煊赫；战船齐备，炮声不绝，响振天地。贝勒知泉州乡绅郭必昌与芝龙最厚，因遣必昌招之。芝龙曰：『我非不欲忠于清，恐以立王为罪耳』。会清固山兵逼安平，芝龙怒曰：『既招我，何相逼也』！贝勒闻之，乃切责固山，令离安平三十里驻军；而遣内院二人持书至安平，书略曰：『吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力；力量不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅立，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸「闽粤总督」印以相待。吾欲见将军者，欲商地方人才故也』。芝龙得书大悦，遂进表降。其子弟皆劝芝龙入海，曰：『鱼不可脱于渊』。芝龙不听。至福州，朝见贝勒，握手甚欢，折箭为誓；命酒痛饮，饮三日。夜半，忽拔营起，遂挟而北矣；明统云坠。虽有遗孽，不足纪矣。