春秋战国时期，出现了《脉法》《五十二病方》（现名）《治百病方》（现名）《上下经》《扁鹊内经》等医学著作，医学体系逐步形成。始于战国而成书于西汉的《黄帝内经》是这一时期的代表作，全面阐术了中医关于解剖、生理、病因、病理、诊法、治疗、摄身及阴阳五行、人与自然等一系列重要观点，不仅为中医内科学奠定了理论基础，还论述了200多种内科病证，一般都能从病因、病机、转归、传变及预后等方面加以论述。汉代张仲景总结前人经验，并结合自己的临床实践，着成《伤寒杂病论》，书中伤寒部分（后人将其整理成《伤寒论》）以六经分证概括、认识外感热病；书中杂病部分（后人将其整理成《金匮要略》）按脏腑经络体系概括、认识内伤杂病。《伤寒杂病沦》创造性地建立了包括理、法、方、药在内的六经辨证论治理论体系和脏腑辨证论治理论体系，为中医内科学的形成奠定了基础。