北洋军阀的主要派系之一。1916年袁世凯死去。此后北洋军阀集团分裂为皖、直、奉三大主要派系。皖系军阀以段祺瑞为首领，段是安徽合肥人，因而称皖系，与直系同为袁世凯北洋集团的嫡系，即所谓小站系。段祺瑞字芝泉，早年毕业于李鸿章所办的北洋武备学堂，曾赴德国学习炮兵科。袁世凯编练新建陆军时奏调至小站，委为炮兵学堂总办兼炮兵统带，被袁依为心腹亲信，是北洋集团的核心骨干，与王士珍、冯国璋并称“北洋三杰”。清末历任北洋军参谋处总办、军令司正使、统制等职，武昌起义爆发，任第二军军统，驰往湖北镇压革命，旋授湖广总督。袁世凯窃国后，居陆军总长要职，并曾代理国务总理。袁世凯复辟帝制，段祺瑞采取消极抵制态度，当袁受到全国声讨无奈取消帝制后，段则仿效辛亥时袁世凯对付清廷的办法，要挟袁向他交出实权并企图取而代之。袁世凯死后，段祺瑞任国务总理控制了北京政府。皖系军阀的主要头目有徐树铮、靳云鹏、段芝贵、吴光新、卢永祥等，据有华北部分地区及浙江、安徽、福建等省地盘，以日本帝国主义为靠山。段祺瑞力图建立皖系的独裁统治，拒绝恢复被袁世凯所破坏的《临时约法》和国会。1917年以参加第一次世界大战为名，扩充军队，进一步投靠日本，出卖大批国家主权换取借款，用以增强实力，对外宣而不战，对内战而不宣，企图用武力削平南方反对势力。段祺瑞的“武力统一”政策，受到直系军阀的抵制阻挠无法实现，因而直、皖两系矛盾加剧。1918年段祺瑞组织安福俱乐部，收买政客操纵新国会选举，将直系首领、代理总统冯国璋排挤出北京政府，直、皖两派斗争更加尖锐，终于诉诸武力，于1920年爆发了直皖战争。直系军阀联合奉系打败皖系，迫使段祺瑞下台，自此皖系一蹶不振，以后逐步归于消灭。