清统治者从分散和孤立蒙古的目的出发，除在蒙古地区推行盟旗制度，分别建立蒙古八旗、游牧八旗、总管旗、札萨克旗，限制其辖境，封锁其疆界，使之成为互不相属，不通往来的小块封建领地外，并对蒙古实行封禁政策，限制蒙古各部、各旗间以及与汉族间的往来联系，实行分而治之的民族压迫政策。(1)禁止蒙古越旗界游牧：清政府从天聪年间始，即规定蒙古各旗不得越界游牧和互相往来。凡越旗界进行游牧或与外旗往来者，上至王公下至牧民分别罚俸或罚牲畜;(2)禁止蒙古各部互通贸易和通婚：清政府为防止各部之间的联合，规定漠南蒙古与喀尔喀、卫拉特王公、台吉之间不得通婚和互相往来贸易，违者革爵秩，不准承袭;(3)限制汉人在蒙古地区贸易耕种：清初汉人多有进入蒙古地区垦荒、务农或从事贸易。康熙时加以限制，至乾隆年间三令五申，严格禁止，凡入蒙地者，需持有清政府发放的印票，无票者即属违法，一经查出，即被驱逐，财产、货物一半入官。实行蒙汉隔离政策。但私出者多，禁不胜禁，只得采取半放任态度，至清末，实行移民实边，始解除禁令;(4)禁止蒙古人学汉族文化：清政府认为蒙古人学习汉族文化，蒙汉结合，不利于清朝的统治，遂禁止蒙汉人民互相学习。《理藩院则例》规定，王公、台吉等不准延请内地书吏教读，或充书吏，违者议处。禁止蒙古人学习和使用汉文，只准蒙古人用满文、蒙文字义取名字，不准用汉名汉姓，并限制蒙古人入关;(5)禁止蒙汉通婚：与此同时，禁止蒙汉人民通婚在乾隆时期虽曾一度解禁，至嘉庆以后再度禁止，直到清末始解禁。清政府的封建隔离政策虽未能完全杜绝蒙古各部各旗间，蒙汉人民间的交往联系，但在一定程度上对各族人民的团结和共同发展起了一定的阻碍作用。
