明末清初桐城(今属安徽)人，字密之，号曼公。中年以后为僧，更名大智，号无可。又称弘智、五老、药地、浮山、墨历、木立、愚者大师、极凡老人等。崇祯进士，授翰林院检讨。早年参加复社，与陈贞慧、冒襄、侯方域合称“明季四公子”。崇祯十一年(1638)，在南京支持东林子弟顾杲、黄宗羲与复社名士吴应箕等发出《留都防乱公揭》，驱逐阉党阮大铖。后居京师。十七年，李自成入都后南下，为阮大铖等所陷，变姓易名，流寓两广。桂王授以礼部尚书、东阁大学士，因感无可作为，固辞不就。隐居广西平乐及湖南武冈等地，在武冈与王夫之相识。后在广西为清兵所执，剃发为僧以免。顺治十年(1653)在金陵(今南京)皈依曹洞宗觉浪道盛。十二年父死奔丧。此后历游江西各地，最后入吉安(今属江西)青原山为住持。康熙十年(1671)，因事株连，押解至万安(今属江西)，疽发背而卒，一说投水死。其学博综，于经学、天文、地理、历史、物理、生物、医药、文学、音韵、书画、律吕等均有研究。不拘泥古人成法，主张“考古所以决今”。对西方学术有所涉猎，曾介绍金尼阁之拼音字母、利玛窦之舆图与阿拉伯数字。提出“盈天地间皆物”，“物有其故”，可据实考究，“类其性情，征其好恶，推其常，是曰质测。质测则藏通几者也”(《物理小识·自序》)。“质测”即为今之自然科学，“通几”即为今之哲学，认为哲学原理源于各科学之中。反对理学家“舍物以言理”，提出“凡相因者皆极相反”、“一在二中”、“寂历同时”等观点。著有《通雅》、《物理小识》、《浮山文集》、《博依集》、《东西均》、《药地炮庄》、《易余》、《烹雪录》，编定《周易时论合编》、《青原志略》与其他语录、诗集、笔记等近四百万言。子中通与学生揭暄皆当时著名数学家。然其学派在清代淹没无闻，近数十年始为学者重视。

方以智