官署名。南京临时政府设置，依照《南京卫戍条例》规定，南京卫戍总督直属于临时大总统，统辖南京的卫戍勤务;并得指挥卫戍区内驻屯军队，直接管辖区内宪兵、要塞等，遇有紧急情况时，得对不受管辖的部队迳行命令;必要时，经与参谋部、海军部协商接洽后，可调遣兵舰炮船。南京卫戍区的范围，北以下关江岸，东以朝阳门，南以南门，西以汉西门以外各三十里的地区。区内并置分区司令官，见于南京临时政府二号《公报》的有卫戍北区司令官、卫戍西南区司令官，卫戍东区司令官和南京宪兵司令长、要塞总司令长官等。依照《卫戍总督府人员职掌》的规定，总监府设参谋长一人，掌理全府事务，并有顾问官、参事官、秘书、监印官等。卫戍总督府的内部分设参谋、副官、监察、执法、经理五处。