三卷，附识三卷。明李清(详见《南北史合注》)撰。此书所记大都是李清于明崇祯、弘光两朝，历官刑、吏、工科给事中时所见所闻，故名之为《三垣笔记》。书中记明末朝章典故和重要廷臣的言行事迹，并及崇祯、弘光二帝秉政作风，性格为人。李清以“记注邸抄，多遗多讳”，“传记志状，多谀多误”，故据耳闻目睹，“志十年来美恶贤否之真”(《自序》)。例如，书中力为弘光洗雪娈童季女之诬，于龚鼎孳直书其垣中之过。此书以目睹与耳闻分为本书和附识，并增《附识补遗》、《附志》、《附录》若干条。本书上、中记崇祯朝事，下记弘光朝事；附识上、中记崇祯朝事，下记弘光朝事。本书前三卷是作者亲身目击的事实，附识部分则是得诸耳闻，作者对其真实性尚持保留态度。这种体例较之一些笔记不问真实与否，不加区分地笔之于书，应该说态度颇为谨慎。李清在当时的官僚士大夫中，是比较没有明末党争门户偏见者之一，故记事比较平实。《三垣笔记》较多地记述了明末党争误国和官员之间勾心斗角的情形，持有较客观的态度，全祖望在《鲒埼亭集外编》中称此书最为和平。书中尽管小有失误，如李国祯、张捷、杨维垣之死于难，事本全无，失之于考，但总的来看，在明人笔记中，其史料价值仍属较高。惟书中有建州、建虏、北朝、可汗、属夷、异类、小酋等语，涉及清代忌讳，乾隆修《四库全书》时，列于毁禁书目，清代没有刻本，只有几种抄本流传。其间卷数，内容详略颇有出入，1912年国学粹报社铅字排印《古学汇刊》中始有六卷足本的《三垣笔记》；1923年吴兴刘氏嘉业堂又有《嘉业堂丛书》刻本流传，二本都是据李清后裔家藏者排印刊刻。1980年中华书局据嘉业堂本作底本，对校了《古学丛刊》本，并参酌审定了其它抄本，出版了断句铅排本《三垣笔记》。卷首附李清自序及其五世族孙李详序，卷末附全祖望跋(摘自《鲒埼亭集》)和吴兴刘承幹跋，列为元明史料笔记丛刊之一。