秦始皇二十六年(前221)完成统一，推行郡县制，分全境为三十六郡。郡名不见于《史记》本文，裴骃《集解》作“三川、河东、南阳、南郡、九江、鄣郡、会稽、颍川、砀郡、泗水、薛郡、东郡、琅邪、齐郡、上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东、代郡、巨鹿、邯郸、上党、太原、云中、九原、雁门、上郡、陇西、北地、汉中、巴郡、蜀郡、黔中、长沙凡三十五，与内史为三十六郡”。清以来学者多数认为裴说不足尽信，各家说法又各不同。考之史实，九原、鄣郡均不应在其内，而内史亦不应在三十六郡之列;据《史记》、《汉书》纪传及《水经注》诸书，当补以广阳、陈郡(楚郡)、闽中三郡，成三十六郡之数。其后续有增析，至秦末共有四十余郡。

《史记·秦本纪》、《史记·秦始皇本纪》均谓秦始皇二十六年(前221年)初并天下为三十六郡。然郡名不见《史记》正文。《汉书·地理志》在京兆尹下注曰：“故秦内史。”在各郡国下注称“秦置”、“秦郡”或“故秦某郡”的有三十六郡，其中包括秦始皇三十三年开胡、越所置九原、南海、桂林、象四郡。该志后序中云：“本秦京师为内史，分天下作三十六郡，汉兴，以其郡大，稍复开置。”盖班固认为三十六为秦一代郡数，至汉兴才有所增置。汉晋时《说文》、《风俗通》、《吕氏春秋·季夏纪》和《淮南子·时则训》的高诱注、《帝王世纪》等均谓秦分天下为三十六郡，不提另有他郡，与《汉志》同。《续汉书·郡国志》后序亦云：“《汉书·地理志》承秦三十六郡。”然其注文中却有为《汉志》所无的黔中、鄣两秦郡，不止三十六数，与序文异。《史记·秦始皇本纪》裴骃《集解》列举三十六郡名：“三川、河东、南阳、南郡、九江、鄣郡、会稽、颍川、砀郡、泗水、薛郡、东郡、琅邪、齐郡、上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东、代郡、巨鹿、邯郸、上党、太原、云中、九原、雁门、上郡、陇西、北地、汉中、巴郡、蜀郡、黔中、长沙凡三十五，与内史为三十六郡。”其中三十三郡与《汉志》同，弃二十六年后所置南海、桂林、象三郡，采《续志》说增黔中、鄣两郡，又将内史作一郡，凑足三十六郡。《晋书·地理志》序文所举秦初并天下三十六郡名与《集解》同。清以来学者多数认为裴说三十六郡名不足尽信，但诸家说法又各不相同：一说以为内史不应在郡数内，补以郯郡(陈芳绩);一说认为除内史外，九原、鄣郡亦不应在内，或补以东海(即郯郡)、广阳、楚郡(全祖望)，或补以闽中、陶郡、河间(王国维)，或补以广阳、陈郡(即楚郡)、闽中(谭其骧)。又诸家均认为三十六为秦始皇二十六年之郡数，其后续有增析，至秦末共有四十余郡。独钱大昕以为三十六为秦一代郡数，初并天下尚未有此数。钱氏精于考据，然此说殊嫌牵强。