①在今辽宁沈阳市区大南街中段东侧慈恩寺巷内。始建于后金天聪二年 (1628)，后历经扩建和重修。寺院坐西朝东，山门内建筑分三路： 中路有天王殿、大雄宝殿、比丘坛、藏经楼; 南路为退居寮、厨房、司房、斋堂、禅堂、法师寮、佛学院; 北路有养静寮、客堂、念佛堂、方丈室、十方堂、库房等。慈恩寺是沈阳最大的寺庙，有 “十方丛林” 之称。现为沈阳市佛教协会所在地。

②在今陕西西安市南和平门外雁塔路南端。宋敏求 《长安志》 卷8： 大慈恩寺 “隋无漏寺之地，武德初废。贞观二十二年，高宗在春宫为文德皇后立为寺，故以慈恩为名”。五代王定保 《唐摭言》 卷3： “进士题名，自神龙之后，过关宴后，率皆期集于慈恩塔下题名。” 唐杜甫、岑参等皆有登慈恩寺塔诗。

在陕西省西安市南。唐贞观二十二年(648年)唐高宗李治为太子时，为追念其母文德皇后于隋无漏寺旧址建造，规模宏大，为唐长安城内最大的寺院。高僧玄奘曾在寺内专门翻译经、论达十余年，其后玄奘弟子窥基继续阐扬佛教法相唯识之学，开创宗派，因称慈恩宗。唐以后屡遭兵火。今寺为明清建筑。寺内有大雁塔。