二月初六日（甲辰），孙士毅奏言：拿获匪犯许阿协等四名，供：『上年七月十日在漳州地方，被赖阿边等纠引入天地会。其会起于乾隆三十二年，以大指为天，小指为地。凡入其教者，用三指按住，以坎为号，便可免于抢夺；被抢银两亦可要回』等语。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、孙士毅、徐嗣曾曰：天地会名色起自三十二年，为时已久；且该犯等辄敢转相纠约，暗用记号，夺取财物，毫无忌惮。而许阿协等俱在漳州地方被诱入伙，并未渡台，可见此等邪教闽省内地已有，尚不止台湾一处。从来倡教立会，最易煽惑人心，为地方之害。上年大名纠众戕官一案，段文经亦借立八卦会为名，互相勾引，遂成逆案。而闽省匪徒公然立天地会名色，肆行抢夺，较之大名邪教，其案更久。此总由地方官平时不肯实力查察，及遇有犯事者，又不能彻底根究，以致姑息养奸。即如上年台湾杨光勳一案，所立会名，即系现经查出之天地会，乃地方官改作「添弟」二字，明属化大为小，希图规避处分。此次，林爽文等滋事不法，即由从前养痈贻患所致，不可不严切究办，以净根株。着该督等于事定后，密访严拿，痛予惩创，勿再稍留余孽。并将三十二年以后，失察邪教之督抚及文武大小员弁，彻底查明，据实参奏。其办理杨光勳一案，将「天地」二字改作「添弟」字样之台湾地方官，其咎更重，并着确查严参，以示惩儆。至许阿协供出勾引入教之赖阿边等犯，俱籍隶漳州，该督等俟台匪办完后，即饬属严缉，务获讯明党羽，按名究办，毋任奸徒漏网。
初七日（乙巳），常青奏言：贼匪于十二月三十及正月初一等日，分路攻逼郡城，经镇道督率文武员弁兵民义勇人等，协力剿杀，枪炮打死贼人甚多，贼匪四散奔逃。又台湾府知府印务，先经饬令福州府同知杨绍裘署理。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、黄仕简、任承恩曰：此次与贼打仗，文武官弁及兵民义勇人等，协力剿杀，奋勇得胜，保护郡城，实属可嘉！俟常青抵台湾于剿捕完竣后，查明实在出力人员，分别奏请交部议叙。所有义民乡勇激发公义，协力剿贼，尤堪嘉奖！仅令地方官分别奖赏，尚不足以示鼓励，着常青于抵台湾后，查明各义民乡勇内，如系务农经商生理者，即酌免交纳赋税；若系首先倡义绅衿本有顶带者，即开列名单奏明，酌予职衔，以示优异。至黄仕简、任承恩于正月初四、初六前后抵台，迄今已一月有余，何以尚未据奏报剿贼消息？该提督等系专阃大员，抵台湾已久，即待厚集兵力，克期进攻；亦应将贼匪情形，随时奏报。乃至今总无消息，所办何事？黄仕简、任承恩，着传旨严行申饬！看来，黄仕简、任承恩全不谙事理轻重缓急；且彼此俱系提督，不相统摄，竟有互相观望之意，于剿捕事宜，不能得力。近来，常青屡次奏报，甚有主见，筹办一切，颇合机宜。此时，李侍尧自己抵泉州，常青交印后，即速渡台湾督同黄仕简等剿捕贼匪，务将贼首林爽文、王芬及此外有名头目擒拿解京，尽法惩治，不可任其逸入内山。原任山东按察使杨廷桦，曾任台湾道，且在闽省年久，于该处情形自所熟悉，其获咎因监犯越狱，究非私罪可比，前已有旨交与李侍尧带往差遣委用。现值用人之际，即着杨廷桦补授台湾府知府，仍带革职留任；并传谕常青俟李侍尧到闽，即令杨廷桦渡台湾接印任事。
臣等谨案林爽文结党肆虐，一时义民乡勇或首先倡义、或应募急公，其义愤激发，足见小民具有天良。我皇上深为嘉予，以仅由地方官奖赏，不足以示鼓励，特谕令督臣查明，农商酌免赋税，绅衿给予职衔。隆恩逾格，彰优异而务普沾，宜乎志切同仇，倍加感奋也。
上又命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：该匪等私行倡立天地会，已阅二十年之久。在其党者，自必随同抢夺；而被抢者，岂有甘心隐忍，不行呈控之理？乃从未见该督有查办会匪抢夺之案。若被抢之人呈控到案，该地方官又何所回护、竟置不办，其故殊不可解？且事历多年，其党羽必多，着李侍尧、常青均俟剿捕完竣后，李侍尧在闽省内地各属密访严拿；常青在台湾地方即速严行搜缉，毋得稍留余孽；仍应不动身色，妥协办理。并将此会究系起自何年？该省有无被抢控告，地方官沉搁不办之案？确查参劾。
同日，常青奏言：水陆两提臣到台日久，迄今未得歼贼确信，必因南北两路往复熟商，以筹并力合攻，动出万全，不无少需时日；但臣盼望愈切，夙夜靡宁。至台湾郡城及鹿仔港、新庄一带，俱能攻杀贼匪，保护各境，今当大兵四集，定可克期扫灭净尽。又逆匪林爽文等，纠众蔓延，占踞彰化、诸罗、凤山等县，守土文武各官，或临敌捐躯、或奋身殉节，除台湾知府印务，先经饬委福州府海防同知杨绍裘前赴署理；今经大兵进剿，被陷地方以次收复，所有知县、同知各缺，均应遴员速往经理。臣随饬令原任同安县知县黄嘉训前往署理诸罗县知县事务；候补知县宋学灏前往署理彰化县知县事务；其凤山县缺，即以现准调补之张升吉速赴任事。又理番同知一缺，委令原任俸满理番同知王隽署理；淡水同知一缺，饬令现准升署之徐梦麟前往任事。至各厅县印信，除淡水同知关防已据摧送到泉，即发交徐梦麟携带备用；其余，尚应查追下落；先饬将各经历、县丞印信、关防借给备用，俾得各昭信守。所遗彰化等属县丞、巡检、典史各缺，亦俱随时派委前往。至被害武职各官，咨令水师提臣黄仕简，即于现在领兵到台之副将、参将、都守内就近酌量委用，统于事竣之日，循例分别题咨办理。再查台湾府知府孙景燧，系在彰化拿贼被害，所有印信亦恐遗失，饬署府杨绍裘借用台湾府经历印信。其内地府经县丞借用印信、关防，俱令布政使暂给木戳，以资应用。奏入，报闻。
初八日（丙午），蓝元枚奏言：二十一日驰抵泉州。查鹿仔港及北路之艋舺等处，皆有官兵率同义民各相保护。提臣黄仕简等俱于初四、初六等日进港，会合剿捕。臣受兹重任，所有地方情形一切事宜，凡思虑所及，惟有勉竭心力统向督臣常青商筹办。奏入，报闻。
初九日（丁未），徐嗣曾奏言：连日接据台湾镇道具报，凤山滋事不法之贼首王启郎、曾锦等，亦被拿获。该镇柴大纪等又侦知贼匪于三十日分路来攻，预为准备，官兵用枪炮毙贼百余名。该道永福等分路捕剿，杀贼无数。蔡攀龙见贼匪由南蜂拥而至，复率兵民奋勇截杀，枪炮打死贼匪甚多。郑嵩奋力夹攻，追赶十余里，贼俱散退等语。是，贼匪屡经剿杀，业已胆落，今闻提臣黄仕简兵到，即已纷纷散去。加以陆路提臣随后踵至，并力夹攻；臣窃计现在官兵会剿穷搜，贼匪必无稽诛之理。特恐其溃逃窜逸，复又严饬沿海地方注意巡防堵缉；其贼匪船只之经臣与督臣先后檄饬严加搜毁，并饬台地文武于商船出口时，盘诘稽查，毋致夹带偷渡；既杜其逋逃之路，复绝其偷越之根，自可不致一名漏网。至于内地漳民，叠次广为晓谕；漳属民人，现有绅士耆民教率子弟族党于各海口地方密拿匪犯者，当即分别奖赏，以示风劝。台湾屡有奸民械斗之案，此次林爽文等竟敢攻犯城池，皆由地方官办理各案，止期就案完结，并未彻底严办，以致刁民肆无忌惮。臣查逆匪林爽文所住之大里杙庄，从前谢笑械斗案内，即有该庄林姓多人；而诸罗县杨光勳案内逸犯张烈等，现因逃入林爽文庄内，地方文武往拿遇害，可见奸民结会树党，气类相通。仰惟圣明洞监，实于数千里海外情形，了如指掌，自当凛遵痛加诛剿，以净根株。又查办要犯家属，惟有处以镇静，出以缜密，不使稍露端倪，令该处民人坦然无疑，犯属自不致兔脱漏网。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青、徐嗣曾曰：王启郎、曾锦系凤山滋事贼首，与高文麟等四犯无异，既经拿获，着该督抚等押解来京，听候审办。其游击蔡攀龙督率兵民，奋勇杀贼，尚属可嘉！并着事竣后，给咨送部引见。此时，各路官兵早已齐抵台湾，贼人望风胆落，势必纷纷逃窜，各口岸巡防堵缉，尤为最要。李侍尧于二月初二日经过杭州，计日内已可抵泉州。常青交印后，迅即前往台湾，遵节次所降谕旨，妥协督办，总期迅速蒇事。
十一日（己酉），常青奏言：接准黄仕简咨称：『带领官兵于正月初四日到台，经将查办情形，于初五日具奏』等因。查该提臣所称初五日具奏一摺，并未到泉，似系被风阻滞。而任承恩由鹿仔港登岸之后，迄今尚无进兵确信，探闻，现驻扎彰化。此时南北两路，自必声息相通，军威益壮。至查闽省先后派调官兵共计一万。内两提臣管带四千四百名，总兵郝壮猷管带一千五百名，普吉保续带六百名，副将林天洛管带一千名，俱已陆续到台。又游击延山带领福宁等兵一千名，亦经配渡前进。惟副将徐鼎士管带督抚标兵一千五百名，由闽安出口，屡被风阻，据蚶江通判探报，十五日到东涌放洋，又复因风飘散，现止千总陈玉光兵船一只，于十八日自沪尾港登岸，其余各船尚未抵淡。但核计到台官兵，已共八千数百名，兵力不为不厚。所有广东兵一千名，即可令其转回；其浙省派备兵三千名，亦应撤令归伍，以省糜费。惟漳州一带，地方紧要，应将粤省拨赴潮州兵二千名，暂行留驻，俟台地剿匪事竣，再令归营。臣等与署陆路提臣蓝元枚商酌，意见相同，现已分咨广东、浙江督抚各臣查照办理。又接据台湾镇于十二月十八、二十一、二十七等日来禀，内称：十二月十四日，游击杨起麟搜捕各庄，获贼康里等五名。十五日游击林光玉搜捕竹笼等，获贼之杨元等八名。十六日守备杨彲、把总李春魁等搜捕大洲等庄。贼匪数千围攻。该镇督率弁兵飞往攻击，枪炮打死贼匪百余人，生擒康合等五人。十八日守备杨彲等搜捕溪塘各庄，获贼王齐等五名；又获奸细陈老二、林保保二名。讯供：系贼军师陈天先差令探听黄仕简已未到台，及盐埕营盘有兵若干？并以诸、彰二县俱乘大雨攻破，今亦俟天雨再来劫营攻府等语。又接到同知杨廷理札会，彰化义民张明义等解到贼匪杨牛、林活泼等，供称：首犯林爽文在盐埕被炮打伤，逃去医治；伊叔林清招匪复图攻击。随将陈老二、林保保正法。十九日午后，雷雨，贼众果三面拥至。官兵力战一夜，至二十日辰刻，台湾县义民亦来助战，兵丁余海首先赶入贼阵，放枪打死一贼；各弁兵继进杀贼百余名，生获贼匪陈廷等八名，一并解交台道究办。二十六日贼人又攻盐埕桥。自辰至申，枪炮打死贼匪数百，并打死骑马贼一名，贼众始退。队内兵丁陈成金、徐富二名，畏葸退后，即行枭首示众。余兵奋勇追赶，杀死贼人数十名；生获贼匪林大兴等三名，就军前正法等情。又将拿获之匪犯简鸠、张文、朱开、刘实（即黄实）、林天球、林耽、钟祥等七名提讯，钟祥与逆首林爽文素相熟识；张文、朱开、刘实、林天球并林耽之子林万，均系林爽文、王芬纠邀入会；简鸠原系画匠，并非会内之人，因与已获贼目杨振国素识，令其画旗，随同入伙。匪等当逆首林爽文纠众劫营攻城之时，钟祥一犯持刀入城，遇理番同知长庚扑捕，遂加戕害；张文杀死兵丁一人，复在城纵放监犯；朱开杀伤官兵一人；刘实、林天球二犯，据供并未伤人，惟持木棍随同附和；林耽先充彰化县役，年老点退；其子林万原属会匪，该犯于攻城时主使其子在内接应，迨林爽文分攻诸罗、淡水，派令各该犯在彰化踞守。经署备陈邦光率同义民往收彰城，将该犯等先后擒获。其天地会名目起自何时及入会人数多寡，反覆究诘，不能指实。即将各该犯分别凌迟斩决，悬首枭示。各犯家属财产，分饬各县照例查办。林耽之子林万，虽据供称已被义民杀死，是否属实，仍饬确查。又陈邦光拿获贼目杨振国等四犯，应坐家属俱在彰化，已咨会提臣严行搜捕。嗣后，如有续获要犯，其家属住居原籍者，统俟剿匪事竣，会同提臣查拿究办。
同日，黄仕简奏言：郡城为全台根本，周垣广阔仅系木栅环植，本非峻险城隍，臣抵台后，加紧守御，保固府城。初六、初九、初十、十二等日，计擒获贼匪王锻等二十三名，及贼目陈拱福、贼伙陈捷等；并夺获刀械等项；审明正法枭示。十二日金门、南澳、铜山等标营官兵续到，臣随遣海坛镇总兵郝壮猷率同副将丁朝雄、参将那穆素里、游击蔡攀龙、都司罗光照等，带领兵丁二千三百五十余名，前往南路剿匪，恢复凤山。又遣台湾镇总兵柴大纪率同参将潘韬、游击李隆、杨起麟、林光玉、守备邱能成等，带领兵丁二千二百三十余名，前往北路进剿，恢复诸罗、彰化等处。臣带本标官兵，会同台湾道永福在南北路冲要处所堵御擒捕，往来策应，以壮声援。仍分遣弁兵往沿海口岸扼守堵截，饬令在城文武官弁严守郡城，务期迅歼逆贼，恢复各县城池。至府城民居稠密，去冬被贼迫扰，未免惊惶，臣到台湾后，复出示晓谕安民。现在，市肆开张，商贾贸易如常，民情安堵。又上年十二月内，逆贼林爽文等叠攻府城，经台湾道厅县各雇募乡勇数千守城，台府居民铺户亦募义民数千，帮助兵丁敌贼；臣到台之后，各加奖赏，申明大义。人人感戴皇上恩威，愈形踊跃。均奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、常青曰：黄仕简虽系病后，但身为专阃大员，既抵台湾，理应亲身带兵剿贼，何得仅以派员前往了事？且彰化县城久经守备陈邦光收复，而该提督摺内何以尚称令柴大纪前往收复彰化等处？任承恩由鹿仔港登岸，系在北路，即当知会黄仕简分路夹攻办理，方中窽要，乃迄今月余尚无进兵确信。看来，伊二人竟各不相下，心存观望，此即朕于事起时，不欲令任承恩去之意，今竟不出所料；常青不可不迅渡台湾督率办理。并着常青于到台湾后，即行秉公严查。如该提督等实有观望不前之处，即当据实严参，不可因业已调任，意存回护两可完事。再任承恩，似此迟延不奏，则该提督及副将徐鼎士前后奏守风待渡之说，亦恐不足信。并着常青一并据实查奏，如该督稍有瞻徇，将来朕查出，即首领亦不能保，不可不慎也。至该督虽巳调任湖广，但此事究系伊在闽浙任内之事，尤宜督同妥速办竣，方可将功补过。即李侍尧以现任闽浙总督驻扎泉州，凡台湾剿捕等事，亦应听常青就近调度，协同帮办，和衷共济。其各弁兵内，如有因常青系别省总督，呼应不灵，致误机宜者，该督不妨竟按军法从事，使士卒咸知儆惕。现在带兵大员，有总兵柴大纪、郝壮猷、普吉保三人，足以分路剿捕。着常青于抵台后，留心察看，若黄仕简实系病体未愈，即留于彼处，亦属无益，可令其回至厦门本任调养。又，常青审明贼伙正法摺内称：刘实、林天球二犯，据供并未伤人，惟持木棍随同附和等语。此等叛贼，岂可复以寻常附和而论；况该二犯业于审明后正法，摺内又何必为声说，致蹈办常案故套。着该督嗣后于拿获贼匪时，其首要各犯，仍遵前旨派员解京；其余各犯审明后，即一面正法，一面具奏，以净根株。
上又命军机大臣传谕黄仕简、任承恩曰：前据常青奏，鹿仔港署守备陈邦光带领弁兵，率同泉州、粤省义民攻复彰化县城，擒获贼目高文麟等四犯。又据徐嗣曾奏，凤山滋事不法之贼首王启郎、曾锦等，已被拿获。贼人于十二月三十日来犯郡城，镇道亲督义民与游击等，分路剿杀贼匪无数各等语。是彰化县城久经陈邦光等收复，其凤山等处亦经柴大纪等派兵分路剿捕，郡城已无事矣。何以黄仕简摺内仅称派委总兵等分赴南北二路进剿，恢复县城？竟似该处军情全未知悉者。看来，黄仕简竟思安坐郡城，并不亲赴各该处督率剿捕，大属非是。提督为专阃大员，领兵是其专责，黄仕简深受朕恩，现带兵剿贼，虽系病后，理宜奋勉出力，乃于剿捕事宜奏报迟延，全不得行军要领，该提督所司何事？试思台湾郡城，经贼人屡次攻犯，该镇道等当大兵未剿之先，尚能保护无虞，焉有此刻又添提督所带大兵，转须协同守御之理？岂黄仕简竟欲以守护郡城为名，迁延坐视耶？黄仕简着传旨严行申饬。至任承恩由鹿仔港登岸，即应将该处贼匪情形及办理剿捕事宜，先行具奏，乃日久并未据有奏报。现据常青摺内称该提督尚无进兵确信，探闻现在驻扎彰化等语。任承恩系自请前赴台湾剿贼，既由鹿仔港一路进兵，即应督同陈邦光等上紧追捕杀贼，并知会黄仕简分路会合夹攻；何以驻守彰化漫无筹画？其心何居？任承恩亦着传谕严行申饬。