高宗乾隆元年（一七三六）八月上諭：將臺灣四縣丁銀悉照內地之例酌中減則，每丁徵銀二錢；從乾隆元年始，永著為例（臺灣舊志）。
二年（一七三七）四月諭：朕查澎湖係海中孤島，並無田地可耕。附島居民，咸置小艇捕魚，以餬其口。昔年提臣施琅倚勢霸占，立為獨行，每年得規禮一千二百兩。及許良彬到任後，遂將此項奏請歸公，以為提督衙門公事之用。每年交納，率以為常；行家任意苛求，漁人多受剝削，為沿海窮民之累。著總督郝玉麟永行禁革。其見在捕魚船隻，飭令該地方官照例編號稽查。此項陋規既裁，若水師提督衙門有必不可少公用，著郝玉麟將別項銀兩酌撥數百金補之。
三年（一七三八）二月，設臺灣北路義勝、永勝二寨。
九月，裁浙江總督，復設巡撫，仍歸閩浙總管轄。以福建總督郝玉麟為閩浙總督，以王仕任署福建巡撫。
十月，免福建、臺灣、鳳山等廳縣贌額徵社餉，減徵臺屬各縣番地貼餉銀之半。
四年（一七三九）七月，調宗室德沛為閩浙總督。
五年（一七四○）三月，命臺灣調補人員毋限年分，並准隨時揀發。
五月，以王恕署福建巡撫。
六年（一七四一）五月，免臺灣逋賦。
九月，實授王恕福建巡撫。
七年（一七四二）三月，王恕以廣東按察使任內改招解任，以劉於義為福建巡撫。
四月，那蘇圖授閩浙總督。
十二月，命嚴查臺灣汛口私載。
八年（一七四三）二月，以孫嘉淦署福建巡撫。
四月，以周學健署福建巡撫。
十月，實授周學健福建巡撫。
九年（一七四四）三月，禁臺灣武職任所置產。
八月，諭臺灣升墾田園仍照同安則例分別上中下徵收。
十年（一七四五）九月，命臺灣府屬編徵本色，照內地正供一體普蠲。
十一年（一七四六）九月，以喀爾吉善為閩浙總督。
十二年（一七四七）正月，准福建商民赴臺灣販運米榖。
四月，命福建籌備臺灣積貯事宜。
九月，調潘思榘為福建巡撫。
十七年（一七五二）三月，調陳宏謀為福建巡撫。
六月諭：臺灣彰化縣兇番戕殺兵民一案，督、提所奏，據該地方文武稟報互異，俱未得實情。立柱、錢琦見差巡察，久之未奏；因傳旨詢問，並令察訪確情。今立柱、錢琦覆奏，仍屬枝梧，未得實情。立柱、錢琦著交部議處。臺灣文有道府、武有鎮營，足資彈壓；巡察三年更替，徒擁虛名，事權則不如督、撫，切近又不如守、令，所有巡察臺灣御史，著三年一次命往，事竣即回，不必留駐候代，著為例（以上東華錄）。
臺灣地震（東溟文後集）。
十八年（一七五三），免臺灣風潮衝陷田園五百四十餘甲（石渠餘紀）。
十九年（一七五四）五月，調鍾音為福建巡撫。
二十年（一七五五）六月，免福建諸羅縣民遠年墾荒罰項。
九月，准臺灣府彰化縣水沙連、淡防廳拳頭母山開墾升科。
二十二年（一七五七）七月，調楊應琚為閩浙總督。
二十三年（一七五八）正月，周琬著調補福建巡撫。
三月，以吳士功為福建巡撫。
二十四年（一七五九）四月，閩浙總督員缺，著楊廷璋補授。
二十六年（一七六一）五月，以定長為福建巡撫。
二十九年（一七六四）六月，調蘇昌為閩浙總督。
三十一年（一七六六）二月，調李因培為福建巡撫。
九月，閩浙總督蘇昌奏：臺灣攸武乃社兇番不靖，經臬司余文儀等帶同文武員弁率領兵勇，於八月二十七日往蛤仔難進剿，擒殺番眾三百餘人；餘匪四散奔逃，勢已膽落。即附近屋鏊、獅子等社生番，亦不敢結連幫同拒敵。臣見在批令該司鎮等或假以招撫，誘令投首；或直搗巢穴，盡殲其眾，務使海疆寧謐。得旨嘉獎。
十一月，以臺灣熟番戶口眾多，淡水、彰化、諸羅一廳、二縣所屬番社，應設立理番同知，將泉州府西倉同知一缺裁改為臺灣府理番同知。
十二月，閩浙總督蘇昌奏：屋鏊、未毒、獅子等十三社俱系內山生番，近見攸武乃社兇番被剿，官兵路過，各社秋毫無犯；眾社番畏威懷德，俱請輸誠歸化，每社每年獻納鹿皮四張、小米四石，以作稅糧。
三十三年（一七六八）正月，調鄂寶為福建巡撫。
以崔應階為閩浙總督、富尼漢為福建巡撫。
三月，調鍾音為福建巡撫。
七月，調崔應階為福建巡撫（以上東華錄）。
三十四年（一七六九）正月諭：據鄂寧參奏臺灣總兵王巍於賊匪黃教豎旗焚殺一案，措置乖張，畏葸退縮；且心存諱飾，屢次捏報，僅將守備劉國樑揭參，希圖卸罪。請旨拏解質審等語。王巍前已降旨革職，著即拏解來京，交軍機大臣嚴審定擬具奏。守備劉國樑等有應行質訊之處，並著鄂寧遴委妥員，一併押解來京，聽候審訊（東華錄、臺灣志略）。
四月，福建巡撫員缺，著溫福補授；溫福未到任之先，著崔應階兼署巡撫事務。
諭：吳必達辦理黃教一案，並不親督弁兵上緊剿捕首犯，殊負委任。著革去提督，降補臺灣鎮總兵，仍革職留任，責令剋期擒獲賊匪，以觀後效。如再不知奮勉，即重治其罪。所有福建提督員缺，即著葉相德補授。
六月，查明崔應階奏報臺灣賊匪黃教等已就殺獲一案，俱系買線緝捕，並無當場殺獲之功。其捏報冒功等員，降黜懲辦有差。
十月，禁福建廣東民人私赴臺灣；其已經流寓者編設保甲，毋任藏奸。
三十五年（一七七○）閏五月，福建巡撫著鍾音署理。
十月，以鍾音兼署閩浙總督。
三十六年（一七七一）正月，免福建臺灣府屬本年額徵粟米。
三月，富明安著補授閩浙總督，即赴新任。
五月，著鍾音補授閩浙總督，其福建巡撫員缺，著余文儀補授（以上東華錄）。
三十九年（一七七四）三月，臺灣地大震（東溟文後集）。
四十一年（一七七六）四月，諭鍾音：嗣後臺灣文武各官，無論年歲若干、有無子嗣，如有願帶眷口者，俱准其攜帶；其不願帶者，亦聽其便，著為令。
案養吉齋叢錄誤作是年命停止攜眷，不從。
十月，以德保署福建巡撫。
四十二年（一七七七）五月，以普蠲天下錢糧，免福建臺灣府屬官莊租息銀兩十分之三。
四十四年（一七七九）二月，以增福為福建巡撫。
五月，以富綱為福建巡撫。
十月諭：臺灣道、府期滿調回者，即與遴調之員對調，著為令。
四十五年（一七八○）二月，免福建臺灣府屬本年額榖。
四十七年（一七八二）三月，停止臺灣捐監例。
楊魁因病解任，調雅德為福建巡撫。
九月諭：陳輝祖查抄王亶望貲財，吞沒金玉；陳輝祖著革職拏問。所有閩浙總督員缺，著富勒渾補授。
四十八年（一七八三）正月，刑部以臺灣械鬥首犯謝笑之子謝長等覈擬具奏。諭：向來大逆緣坐人犯應行問擬斬決者，俱降旨從寬，改為斬候；秋審時亦不予句，以昭法外之仁。但此案謝笑因漳、泉二郡民人搆釁，輒敢倡議寫帖，糾聚莊民械鬥焚掠，與反叛無異，見在首夥各犯拏獲治罪者已有二百餘名。至彰化、諸羅各莊被奸民焚搶殺害者又不知若干人，皆由該犯起意糾聚釀成大案，實屬罪大惡極。該犯之子謝長與尋常逆案緣坐者不同，著即照大逆緣坐律，即行處斬；交該督、撫派委妥員解往臺灣，於犯事地方正法示眾。
五十年（一七八五）七月，調富勒渾為兩廣總督，以雅德為閩浙總督、浦霖為福建巡撫。
以徐嗣曾為福建巡撫、伍拉納為福建布政使。
五十一年（一七八六）三月諭：前因柴大紀差弁齎摺屬令分日呈遞，意存取巧，恐於臺灣重地，難以勝任，是以將該員調補汀州鎮總兵。其臺灣總兵，以陸廷柱調補。今柴大紀於生番滋事一案，督率弁兵進山搜剿頗為出力，且殲戮兇番甚多，遠近番眾自必憚其威名，聞風斂戢；柴大紀著仍回臺灣鎮總兵之任，其汀州鎮總兵即著陸廷柱調補（以上東華錄）。
十一月二十七日，亂民林爽文陷彰化縣。爽文，漳州平和人，居彰化大里杙莊。少充縣捕，尋棄去，與匪徒潛行劫掠。大里杙去縣城五十里，逼近內山，地險族繁，恣為盜賊橐，吏不敢問。先是，閩、廣間奸營結黨，有所謂天地會者；漳州人嚴煙渡海傅會，爽文與劉升、陳泮、王芬及淡水王作、林小文、諸羅楊光勳、黃鍾、張烈、葉省、蔡福、鳳山莊大田、莊韭等均入會。光勳為楊文麟長子，文麟幼子媽世與光勳不和，創雷公會與之敵。是年七月，臺灣道永福、知府孫景燧聞其事，密飭文武員弁嚴緝。石榴汛百總陳和，獲黃鍾、楊文麟及文麟子楊狗等解縣。越數日，和又獲張烈械之。攝諸羅縣臺防同知董啟埏釋放狗，狗遂約會匪劫斗六門，奪烈而去，和被殺。永福與總兵柴大紀率兵馳赴諸羅，擒數十人，搜得姓名會簿。首犯光勳逃逸，旋為攝彰化縣臺防同知劉亨基所獲。永福、大紀審鞫，光勳等十八人皆斬諸市；烈等餘黨遂竄入大里杙嘯聚。是月初旬，大紀巡視彰化，烈黨方豎旗起事；北路理番同知長庚請大紀駐鎮，不許。即日旋府，命遊擊耿世文領兵三百同景燧赴彰化。景燧至，促新縣令俞峻、副將赫昇額與世文往捕，駐營五里之大墩，勒村民擒獻；否則村且燬，先焚無辜數小村怵之。爽文因民之怨，集眾夜攻營，殺昇額、世文、峻及千百總兵等數百人。時彰化守兵僅八十人，景燧、長庚糾集番眾掘濠插竹，同都司王宗武、原任知縣張貞生、署典史馮啟宗、丁艱典史李爾和分門戒嚴。而城中有與賊通者，開門納之。賊入城，拘景燧。亨基被殺，一女滿姑尚幼，有賊扶之出，姑切齒痛罵，賊以刀割其舌噴血，大慟而絕。劉氏死者十三人。啟宗守監門，為監犯楊牛所害。長庚有膂力，與賊戰，手刃二賊；賊磔之，沈其首於濠。宗武及其子死於署前。賊擁景燧至演武廳迫降，景燧以大義斥之，遂與享基幕友孫南容、施琪、范輝同死（聖武紀、皇朝武功紀盛、瞥記）。
十二月朔，陷淡水；同知程峻自殺，峻長子必大懷印從八里坌內渡。賊共推爽文為盟主，偽號順天；以彰化縣署為盟府，胥吏劉懷清為彰化知縣、劉士賢為北路海防廳、王作為征北大元帥、王芬為平海大將軍。六日，陷諸羅縣。大霧瀰漫，竟日不散，賊蜂擁而入，殺攝縣事董啟埏、前署知縣唐鑑、典史鐘燕超等。府城聞大墩及彰化失守，令遊擊李中揚領兵三百人往援。中揚扶病至諸羅，亦死之。賊既得諸羅，爭掠財貨，視府城為掌握中物，日聚黨飲酒演優。永福遣教授羅前蔭等赴鳳山招粵義民、同知揚廷理代府事招坊市義民，三日中得八千人，復至海口招長年水手一千餘人，併調熟番一千人，鳩集工匠整造器械，以備戰守。臺地沙土浮疏，不時地震，城無磚石，皆掘濠樹竹為城，府城亦樹城也。廷理請大紀出兵，大紀令副將林光玉率二百人往；至鐵線，聞賊盛，退回三坎店。七日，大紀領兵出城；八日，至灣裏溪，不能進，回守鹽埕橋，距府城五十里，扼水陸交。九日，賊眾猝至，兵民力禦之，賊愈敗愈多。營中貯大銅砲一，乃前出自海中者；火以擊賊，死無算，遂遁。義民李安善，廣東嘉應州監生；以父文煥平朱一貴功授職，居北莊。及爽文攻諸羅，安善在彰化岸裏社捐貲招募民番，乘賊攻府城，遂與張貞生、百總陳邦光復彰化城，獲賊楊振國、高文麟等，檻送內地伏誅。匪徒焚莊搶掠，脅從者眾；安善赴鹿港軍營領鉛藥，彰化空城仍為賊據，並力攻北莊。安善回至中途，為賊所執，挾歸大里杙，不屈死之。淡水同知幕友壽同春，賊素重其名，不殺，請受計。同春詭許之，密約竹塹巡檢李椿、書院掌教孫讓糾合義民萬餘，揚言內地大兵已到；賊眾疑散，遂復塹城，擒賊王作及餘黨斬之。
十三日，南路賊莊大田從龜山入鳳山縣城，縱火；知縣湯大奎、典史史謙死之。參將瑚圖里棄印馳至府城，永福遣典史易鳳翔內渡請兵。爽文率眾合南路賊圖攻府城，廷理與守備王大植四路巡哨，遇賊結隊往攻鹽埕，戰於大灣塘；千總沈瑞死之，廷理收軍回城。賊黨伏東門民房，取蔗林枯藤灌硫磺等物密置竹根木柵旁，謀以二十九夜半繞城縱火突入；終夜大雨滂沱，火不得施。翼日，廷理率義勇二千出小東門、遊擊左淵率義勇二千出小南門，守備邱成能、李步雲斜衝賊陣；賊中鎗砲及藏匿蔗林焚死者無數，擒其黨陳允等十餘人，城守始固。鳳山所屬粵民一百餘莊分港東、港西兩里，以平一貴亂，號懷忠里，建忠義亭。當羅前蔭等赴莊招集義民，賊遣其黨亦至，即斬之以徇；選壯丁八千餘人，分為六隊，推舉人曾中立總其事，牽綴賊勢。南路賊退守南坑仔，北路賊聚大目降等處。
五十二年（一七八七）正月，水師提督海澄公黃仕簡率兵由廈門渡海入府城，陸路提督任承恩由蚶江渡海入鹿港，副將徐鼎士由閩安渡海入北淡水。仕簡檄大紀北取諸羅、郝壯猷（海壇鎮總兵）南取鳳山，各率兵二千。大紀連戰破賊，復諸羅。壯猷南出二十里阻賊，頓兵五十日，始進鳳山，城已空，招民復業，賊混其中，官吏不覺也（以上皇朝武功紀盛、聖武記）。
二月諭：原任山東按察使楊廷樺曾任臺灣道，且在閩省年久，於該處情形自所熟習；其獲咎因監犯越獄，究非私罪可比，前已有旨交與李侍堯帶往差遣委用。即著楊廷樺補授臺灣府知府，仍帶革職留任；並傳諭常青，俟李侍堯到後，即令楊廷樺渡臺灣接印任事（東華錄）。
命常青督師渡臺剿賊，以李侍堯為閩浙總督、柴大紀署理水師提督、郝壯猷署理陸路提督。先是，提督黃仕簡、任承恩渡海後，觀望失機；大紀督率官兵、義民收復彰化、鳳山、諸羅、鹿仔港、竹塹等處，郝壯猷在南路亦頗有斬獲。帝聞之，故解仕簡、承恩任，而有是命（續東華錄、清史紀事本末）。
免福建臺灣府屬本年額賦（東華錄）。
三月十日，鳳山城復陷，遊擊鄭嵩死焉，壯猷遁歸府城。承恩至鹿港，距大里杙賊巢僅四十里，亦不敢進。爽文之亂也，適當漳、泉二府人械鬥之後；爽文既漳籍，泉人不從亂。賊遣偽官來鹿港收稅，泉民林湊等起義，一鼓擒之，故鹿港海口未失，賊所畏惟泉人也。及水、陸兩提督兵至，泉人爭思助官兵殺賊；兩提督不知驅策，彼此觀望，坐失事機。上聞之，改授江南提督藍元枚為福建陸路提督。時諭旨謂大紀、壯猷因仕簡、承恩等觀望，不無效尤，解大紀署任（聖武記、續東華錄）。
諭：福建陸路提督，前因柴大紀守城出力，本欲將伊擢授。但柴大紀於林爽文等滋事之先，不能豫為防範，以致逆匪蔓延，本即有罪；且臺灣原設兵額一萬餘名，該鎮督率守城之兵不過一千餘名，此外兵丁見作何用，並未據柴大紀奏及，實有應得之咎，不當復邀優擢（東華錄）。
四月，命總督常青為將軍，督辦臺灣軍務。復調廣東兵四千、浙兵三千、駐防滿兵一千，以福州將軍恆瑞、陸路提督藍元枚為參贊。尋改授元枚水師提督、柴大紀署理陸路提督，逮治黃仕簡、任承恩、郝壯猷等，尋斬壯猷以徇軍中（聖武記、續東華錄）。
五月，常青、恆瑞至南路，離府城十里，遇賊萬餘；甫交綏即退，又請增兵。賊以其暇，得蠶食各村，脅其不從者輒焚劫。於是泉人亦附於賊，旬日十餘萬，莊大田驅以攻府城。其黨錫舍攻大南門；番婦金娘以畫符為女軍師，攻小東門；北路賊許尚等分攻大、小北門。錫舍弟達德勸錫舍降，遣莊允赴府告其族莊子才；為廷理所執，審問得實，使子才作書諭之。錫舍乘間由大南門入，常青令率黨出城建功，大田猶不知也。賊四面攻城，及夕將退，錫舍倒戈相向；廷理等乘勢追殺，賊大敗走。錫舍仍往紮大湖；自是賊匪或時出侵擾、或假道攻擊，俱先期預知者，錫舍敗其謀也。林爽文攻諸羅；諸羅據南北之中，爽文必欲陷之。自六月中攻圍，晝夜不息，賴大紀力守之，為府城屏蔽。又攻鹽水港、鹿仔港以斷府縣餉道，大紀皆分兵擊奪之；決其堰澗，破其砲車，以守城兵四千抗賊數萬，先後百餘戰，屢擒偽降謀內應之奸細。又因糧於賊，屢出奇兵，奪其峙積。上以大紀用法嚴明，命載入行軍紀律，為各省法，授參贊大臣。常青遣總兵魏大斌、參將張萬魁、遊擊田藍玉、副將蔡攀龍、貴林等三次往援，皆為賊所截，張、魏、田、蔡僅得入城，損兵大半，貴林及遊擊楊起麟皆被戕於賊。諸羅圍日密，城中以地瓜、野菜、油■〈米凡〉充食。大紀告急之文，用小字書寸紙，募人間道夜行，始得達府。常青復催恆瑞自府城、總兵普吉保自鹿港進援，各有兵五、六千，畏賊勢不敢進；恆瑞復張皇賊勢，奏請兵六萬。上知諸將不足侍，詔解常青、恆瑞之任（皇朝武功紀盛、聖武記）。
六月諭：柴大紀自駐守諸羅以來，屢次將賊敗退，實屬奮勉可嘉；柴大紀著即補授福建陸路提督。但柴大紀任臺灣總兵已經數年，於該處情形較為熟悉，將來剿賊完竣，所有善後事宜，正須該提督隨同常青悉心籌辦；柴大紀著以陸路提督兼管臺灣鎮總兵事務，所有福建陸路提督事務著常泰暫行署理。
調陝甘總督嘉勇侯福康安乘驛來京，面授方略，疾馳赴臺為將軍。七月，以內大臣超勇侯海蘭察為參贊大臣，聲言調兵十餘萬。柴大紀賞給壯健巴圖魯名號、蔡攀龍強勝巴圖魯名號（皇朝武功紀盛、聖武記、韞山堂文、續東華錄）。
八月諭：蔡攀龍自到臺灣，屢次奮勇殺賊，著有勞績；海壇鎮總兵員缺，即著蔡攀龍補授，以示獎勵。
九月諭：據柴大紀奏，官軍在諸羅城外剿殺賊匪，城內紳耆舖民挑送飯食、涼水，兵丁得不饑渴。又據常青、李侍堯等奏，牌腹村義民運糧接濟諸羅城中各等語。前曾降旨蠲免臺灣本年應徵錢糧，著再加恩，將五十三年分臺灣府屬應徵錢糧亦概行豁免。
諭：福建水師提督員缺，著柴大紀調補；其陸路提督員缺，即著蔡攀龍補授，並著授為參贊（以上東華錄）。
十月，所調蜀番及粵西兵五千先至。有旨：官兵不必至府城，當即向鹿港進發。福康安中途聞賊勢盛，奏請增兵而後進；上嚴飭之，命頒內庫所藏右旋螺帶往渡海。會颶風，不得渡，守風於崇武澳。二十八日，忽得順風，一晝夜數百艘盡抵鹿港海口，檣竿如櫛，列數里。賊聞之，不測多寡，謂真有十萬兵至，始懼，各村莊被脅者望風解散。大兵聲言直搗賊巢，而陰趨縣治（皇朝武功紀盛、聖武記）。
諭：成都將軍鄂輝見在帶領四川屯練兵丁赴臺灣剿捕賊匪，鄂輝久歷行陣，於軍旅較為諳習，亦著授為參贊，協同福康安籌辦進剿。
初，上命柴大紀捍衛兵民出城，再圖進取。十一月，大紀奏言：諸羅為府城北障，諸羅失則賊尾而至府城，府城亦危。且半載以來，深壕增壘，守禦甚固；一朝棄去，克復甚難。而城內外義民不下四萬，實不忍委之於賊，惟有竭力固守待援。上覽奏墮淚，詔曰：大紀當糧盡勢急之時，惟以國事民生為重；古之名將，何以加茲？其改諸羅縣為嘉義縣，封大紀一等義勇伯，世襲罔替，加太子少保銜；並令浙江巡撫以萬金賞其家。
八日，福康安等起行。大兵六千，義勇千餘，遇賊崙仔頂。海蘭察率巴圖魯侍衛數十衝賊陣，矢無不中，賊披靡。海蘭察笑曰：『此一群犬耳，何畏』！遂怒馬殺入。賊分伏竹蔗林邀截官兵，官兵五隊分戰，再敗之牛稠山。即日，海蘭察抵嘉義城。次日，福康安亦至；復乘勝追賊，克之於斗六門，遂搗大里杙。大里杙已築土城，頗堅整；賊猶萬餘迎敵，乘官兵未集，先來萬炬索戰。官兵千騎伏溝塍閒，銃矢從暗擊明，發無不中；賊遽滅火，鳴鼓來攻。復尋鼓聲擊之，賊旋敗旋進，步騎鏖戰竟夜。黎明，遂克其巢。爽文已攜家走集集埔，乃通生番隘口也；據溪岸壘石環數里。
諭：嘉義縣城被賊攻圍已閱半載，而民人等共知大義，幫同官兵奮勇把守，久而益堅；著再加恩將嘉義縣五十四年應徵錢糧再行豁免（以上東華錄）。
十二月五日，官兵攻集集埔，伐箐騰險而上，殺賊千餘；又破餘賊二千於小半天。爽文先匿其孥於生番社，而自與死黨數十竄箐谷。十三日，先獲其孥（皇朝武功紀盛、聖武記）。
諭：福康安等調度有方，用能克敵致果，迅奏捷音，自應優加寵錫。福康安、海蘭察俱系侯爵，著晉封公爵，各賞紅寶石帽頂、四團龍補褂，以示優異。其鄂輝、舒亮、普爾普等及巴圖魯侍衛章京並在事出力之鎮將弁員等，俱能率領兵民，鼓勇奏績；著查明咨部，一並從優議敘。
命福建督、撫及水陸提督輪年赴臺灣稽查，停止巡臺御史之例；並嗣後臺灣道、府缺出，請旨簡放，著為令（以上東華錄）。
諭軍機大臣等：德成自浙江差竣回京，偶詢及柴大紀平日居官聲名如何；據奏：風聞柴大紀自復任臺灣總兵以後，縱恣自大，且居官貪黷，較之地方文職尤甚。並將臺灣所轄守兵，私令渡回內地，貿易牟利；駐守之兵，所存無幾。上年逆匪林爽文等滋事不法，其始不過會匪黨夥，聽從附和，人數無多；因存城下兵無幾，不能即時搜捕。賊匪糾眾肆擾，距府城止三十餘里，而柴大紀尚不思前往堵禦；經永福催令出城，始與打仗。又因兵少敗衄，以致賊匪益肆猖獗，不可復制等語。是柴大紀貪縱廢弛，釀激事變，已屬確有可據。福康安於柴大紀種種劣蹟，自必有所見聞，即應訪查明確，將其實在款蹟，據實參奏；乃僅稱沾染綠營習氣，狡詐難信，而於柴大紀平日如何侵貪激變之處，並未逐款指出。試思柴大紀守城有功之人，若止憑含糊無據之詞，豈能將伊治以無名之罪？今朕於召見德成，無意中偶然詢及，始悉此等情節。所有德成指出柴大紀各款，及此外有何別項劣蹟，並著福康安、李侍堯各行嚴查密訪，據實參奏，不得再有瞻徇（聖武記、東華錄）。
五十三年（一七八八）正月四日，林爽文潛出覓食，海蘭察擒之於老衢崎。而莊大田之在南也，雖與林爽文同逆，又各自號召不相下；乘官兵未南下，益焚掠聚糧為旅拒計。已又思出降；計未定而福康安已於十六日至牛莊，大田倉猝出拒，敗而走。官軍連蹴之於大武壟、大目降、南潭、中洲、大小岡山、水底寮，累戰皆捷。極南有地名郎嶠者，負山臨海，最遼阻；莊大田力不支，與其黨潛匿焉。福康安先遣水師由海道繞而截之，於是自以大兵環山圍之；賊衝突不得出，陣殺者數千、溺海者數千、擒而戮者亦千餘，莊大田並其母皆就獲。凡傅會之嚴煙、劉升、陳泮等，均檻送京師。臺灣平（皇朝武功紀盛、聖武記）。
初，康安之解諸羅圍也，柴大紀出迎，自以參贊伯爵，不執櫜鞬之儀；康安即劾其前後奏報不實。上以大紀固守孤城逾半載，非得兵民死守，豈能不陷？若謂詭譎取巧，則當時何不遵旨出城？其言糧食垂盡，原所以速外援；若不危急其詞，豈不益緩援兵？大紀屢蒙褒獎，或稍涉自滿，於福康安前禮節不謹，致為所憎，遂直揭其短，殊非大臣休容之度。又福康安抵諸羅後，凡有攻剿，皆不派柴大紀、蔡應龍；而於擁兵不救之恆瑞，非惟不劾，且屢敘其戰功，曲為庇護。至是，據琅玕奏：風聞柴大紀私令守兵渡回內地貿易，每月勒繳銀錢；又駐守嘉義縣時，系畏賊不出，並非實心守城。又據李侍堯奏：臺灣戍兵多有賣放私回，以致缺額。其留營當差之兵，亦聽其在外營生，開賭窩娼、販賣私鹽，鎮將等令其每月繳錢，經年並不操演。經李侍堯咨查，始據柴大紀開報，見戍兵實止共有七千五百名；此外則以傷亡散失，無可查覈為辭。前歲賊匪滋擾府城時，柴大紀恇怯不敢出戰，經永福等面加誚讓，始帶兵出城等語。奉旨：柴大紀著革職拏問，交福康安逐一嚴審明確，定擬具奏。至福建水師提督員缺，著蔡攀龍補授；所遺員缺，著梁朝桂補授（聖武記、續東華錄）。
以臺灣用兵，免福建晉江等八縣本年額賦十分之三、浦城等十二縣十分之二。
諭：柴大紀既貪縱釀變於前，復狡詐欺罔於後；其前此接奉諭旨不肯出城一節，自系因郝壯猷前在鳳山棄城逃回，即於軍營正法，柴大紀心懷畏懼，恐罹重辟，是以不敢輕離該處。設非朕嚴申軍紀，於鳳山失事時即將郝壯猷按律辦理，則柴大紀怯懦畏葸，未必不為郝壯猷之續。今既查明種種劣蹟，自應徹底嚴辦。
又諭：柴大紀婪索金銀五、六萬之多，且豫行寄信家中，屬伊子先行防備。見據琅玕在其屋後地平之下，起出金錠銀兩；可見柴大紀勒索所屬、剝削兵民，貪婪激變種種款蹟，已確鑿可據。
三月癸亥朔諭：柴大紀前在嘉義縣防守，未經帶兵出城一節，經福康安等查明，防守嘉義縣俱系義民之力，其未經出城亦系義民不肯將伊放出，伊亦畏賊不肯帶兵出城。柴大紀前次所奏，全不足信。是柴大紀恇怯無用，又復狡展欺飾，並守城亦無寸功足錄矣。
諭；臺灣獲盜，無論首從，皆按律正法。俟五年後，再照舊例分別奏請（以上東華錄）。
泉州各莊，賜褒忠、旌義里名；漳州各莊，賜名恩義村（瞥記）。
四月諭：臺灣逆匪滋事，其始不過無藉匪徒，邀集夥黨，倡立會名，尚無聚眾謀逆之事；前年閩省辦理楊光勳械鬥奪犯一案，該省文武各員惟思將就完結，並未將逃逸匪犯實力緝拏。又柴大紀貪縱營私，永福近在同城，又有奏事之責，並不參奏，亦未據實揭報。該省督撫、該道於堵禦賊匪固為出力，但覈其貽誤地方之罪，究屬功不掩過。永福著革職，送交刑部治罪；臬司李永祺於覆審時不即嚴切根究，殊屬徇縱，著一並革職，留於臺灣效力贖罪；該撫徐嗣曾平時漫無覺察，並著交部嚴加議處。
五月，福康安等奏：臺灣改建城垣，用磚既難拉運，用石尤易矬蟄；請築土城，高一丈八尺為率。除南北東三面依照舊基外，惟西面一帶瀕海應收進一百五十餘丈：共添建城樓八座、卡房十六座、兵房八座。至鳳山縣城偪近龜山之麓，地勢低窪，請移於十五埤頭街地方，仍用刺竹圍插；其舊城基址與彰化縣西八卦山，均應添設石卡一座，駐兵防守。
癸酉諭：前因臺灣戍守兵丁，向內地各營分撥前往，遠涉海洋，紛紛更調，且義民出力者甚多；是以諭令即在臺灣募補，以歸簡便。今據福康安等體察輿情，若先儘義民挑補，既恐未諳軍紀、不能得力，又恐招募漳、泉之人太多；請於內地征兵內詳加挑選，照依戍兵額缺，令其頂補，自屬實在情形。其熟番既可招募，並請將集集埔等處空餘田地撥給番民，自行耕種；倣照屯田之例，將壯健熟番挑作屯丁，設立屯弁管束，自應如此辦理。至臺灣無藉遊民不安本分，武斷一方，名為羅漢腳；此等惡習最為可惡，與四川■〈口固〉嚕匪犯無異。見經大加懲創之後，不可不實力查拏，務使不復有此項名目，方為妥善。
六月諭：福康安等奏稱，向來臺灣各營，自總兵至守備衙門，皆有兵丁聽候差遣，分為旗牌、伴當、內丁、管班四項名目，各有目兵管領；總兵署內多至三百人，副將以至守備依次遞減，至少亦有三十餘人。請嗣後將四項名目全行禁革。從之。
又諭：前將萬鍾傑補放臺灣道時，特令加按察使銜，原欲令該員遇有應奏事宜，得以自行陳奏。嗣後遇有補放臺灣道員者，俱著加按察使銜，俾得自行奏事。
七月諭：柴大紀在臺灣總兵任內，任意廢弛營伍，縱容兵丁贓私累萬盈千。迨賊匪竊發，並不即時帶兵親往撲滅；復託詞回城調兵，遷延時日，以致釀成賊勢。及收復嘉義縣城時，又不並力追剿，與賊以暇，致賊人復得占踞斗六門、大里杙等處，修築抵禦。種種貽誤軍機，經福康安等定擬斬決，解京辦理。朕以柴大紀情罪重大，本應立正典刑；其在嘉義奏稱不忍以十數萬生靈委之賊手、情願固守之處，雖查系義民不肯放出、皆屬謊詞，朕究念其尚有守城微勞，欲俟解到覆訊後，加恩從寬末減，改為監候。茲據軍機大臣等覆訊，柴大紀復思狡展，翻供低賴，豈可復從寬典？柴大紀著照所擬，即行處斬，以為昧良狡詐退縮者戒！
十月諭：據徐嗣曾奏，柴大紀所奏正法及戮屍各犯內有許懷等三十五名本系誤拏，經知縣陳良翼審屬良民，據保釋放；柴大紀必欲回護原奏，按名正法。爭執再三，復令該縣扶同捏報，始准釋放。是柴大紀妄奏冒功，幾令無辜良民數十人陷於重辟，情節尤為可惡。著將柴大紀之子查明發往伊犁，給與兵丁為奴，以示懲儆。
五十五年（一七九○）三月，免福建臺灣府屬應徵供粟，其官莊租息銀免十分之三。
十一月，徐嗣曾卒，調浦霖為福建巡撫（以上東華錄）。
五十七年（一七九二）六月，臺灣地大震（東溟文後集）。
六十年（一七九五）三月甲子，臺灣匪民陳周全作亂，陷鹿港。乙丑，攻彰化，陷之。先是二月，南路鳳山匪民陳光愛謀反，攻石井汛，未破被獲，斬其黨數十人，眾潰，事且定矣，捕少懈。已而內地米貴，商船爭集；臺米亦貴，石米錢五千文。北路彰化遊民聚眾搶奪，知府遇昌，右營遊擊陳大恩馳往，擒治十數人，曉諭彰鹿有榖之家出糶，市價平。三月，遇昌回郡，大恩留彰化彈壓，陳周全遂為亂。周全，同安人，生長臺灣。乾隆五十七年回籍，與同安匪民蘇葉謀反未成，事敗逃至鳳山，與陳光愛結會；再敗，逃至彰化湖仔莊泉州人馬江家，復與潮州人陳容（郎陳光輝）、漳州人黃朝、黃親分漳、泉、粵三股各招千人作亂。周全稱長，拜晉江人洪棟為軍師，陳光秀、許篇、阮四、吳加令、楊成隹皆封偽將軍。詭言內地朱一貴之後朱九桃有海船數千，將以三月十五入鹿港；令旗書「大盟主朱」，又刻木印四角刻「豎仰攻濟」四字，中為桃形，桃中刻小「朱」字，其黨皆以朱為號。至是，洪棟定計，先攻鹿港。彰化城中聞鹿港有賊將起，遊擊陳大恩以兵二百人往備。有告城中匪民吳添應賊者，反捕之，交縣收訊，復出城駐劄。是夜，賊遂起。黎明，攻破鹿港，圍同知署。同知朱慧昌有勇力，持刀禦賊，殺斃賊目陳光秀；眾賊齊入，遂遇害。鹿港營亦破，遊擊曾紹龍、外委任尚標皆戰死。大恩聞變，還屯八卦山，為城聲援。署副將張無咎、署知縣朱瀾聞城中有賊，懼不敢守，出奔八卦山。賊趨攻彰化西門，都司焦光宗拒守，砲傷賊頗多。賊繞攻八卦山，大雨，官兵火繩淋溼，鎗砲莫施；賊乘雨奪山，殊死攻。大恩見事急，燃火藥自焚，無咎、瀾被害。城中見八卦山火起，無固守心。賊遂入，典史費增運、千總郭雲秀、吳見龍皆戰死；都司焦光宗自刎未死，民人匿之。賊釋囚，掠倉庫，出榜安民。郡賊因乘雨攻山，衣溼，就周全取衣；周全令各當舖暫借。眾賊因肆掠，民大怨，乃相謀逐賊矣。
初，彰化獲吳添，供有海盜船進鹿港，定日攻鹿港，彰化並有沿海匪民附和。翼日，果有賊陷鹿港之事。丁卯，營、縣報至，原任鳳山縣張植發自彰化奔郡，言內地紅頭賊船約數十號，俱穿白布■〈衤領〉褂，本地附和匪徒以白粉塗株衣衫為號，其勢甚熾；初不知賊首為陳周全也。郡議以郡城根本重地，林逆之亂，臺灣道楊廷理固守得民心；與中軍遊擊潘國材留守，哈當阿、遇昌以遊擊麥瑞水陸兵九百人剿賊，使安平副將陳上高哨船赴鹿港堵截。連日夜大雨，戊辰至灣裏溪，水漲不克進，遂駐之。是日，斗六門賊王快數百人與陳周全應，乘雨夜攻斗六營；守備吳大瑞出援彰化未返，千總龍昇騰禦之，賊退。次日復至，從賊益眾；畏營中鎗砲，以方棹側轉車輸木上，鋪浸濕棉被，賊藏棹後推擁而前。昇騰約軍士持鳥鎗不發，度賊近，昇騰親燃大砲擊棹破，乃排鎗齊發擊賊，死傷甚眾。又先日，因雨預備斗篷一百具，以是兵帶雨戰，火繩不濕；賊敗。守備吳大瑞兵亦至，賊走散。時昇騰兵僅百人，破賊千餘。
汀州府同知沈颺以督、撫委查工程至彰化，遇變，避匿城中民房，密與貢生吳升東謀，轉約廩生楊應選集義民二千餘人，城內洶洶言逐賊；大肚、鹿港各處義民皆起。己已，賊出掠山仔腳、田中央社，武生林國泰率莊民擊敗之。賊懼，不敢駐城中，偽軍師洪棟先遁。都司焦光宗自田中央率義民至，自西門入，城內義民大呼逐賊，賊眾驚潰，遂復彰化。鹿港賊亦為義民逐走，復鹿港。颺安撫居民，與都司焦光宗率義民共守彰化，以收復聞，且請兵；時鎮、道皆未知也。哈當阿聞嘉義縣北虎尾溪渡船為賊焚斷，恐嘉義失守，分兵二百人令守備林國升赴嘉義協守，仍自駐灣裏溪南。嘉義各莊義民首張添錫、生員張田玉率義民數千，夜紮筏渡虎尾溪至嘉義，從原任知縣單瑞龍協守縣城。臺灣道楊廷理亦選鄉勇千人，赴軍營濟之。郡中訛傳海賊且至，安平右營遊擊陳光昭遙望鹿耳門外有十餘艘，疑為賊，發砲擊散之。廷現聞，復添撥鄉勇助守鹿耳門。及沈颺報至，郡中人心大安。颺請增兵撥餉，以保城邑；廷理發府庫銀一萬兩，委丁憂典史陳聖增運送軍營。以收復聞，請委颺署鹿港同知、前嘉義縣知縣單瑞龍署彰化縣。
賊眾既潰，陳周全隻身南遁，至埔心莊。甲戌，鄉民陳祈、莊南光誘執之以獻。守備吳大瑞亦與義民邱景山獲賊目陳光輝。馬江為鋪民所殺。各路報獲餘賊甚眾。哈當阿夜渡虎尾溪，乙亥至彰化，遣遊擊麥瑞以水師一百人、廣東義民三百人、鹿港義民一千人赴鹿港。
南路賊鄭賀（綽號紅面猴）住鳳山中州，與陳光愛餘黨許強善。鄭賀聞提鎮赴彰化剿賊，意郡城兵單，謀作亂；陳喜、黃皮、李和尚、鄒茂、郭旭等附之，約分招賊黨。賀夜往邀許強，強先見臺灣道示諭各賊投誠或能擒賊自效皆免罪，乃陽許之。飲以酒，乘醉擒賀以獻。陳善等至大目降，亦為線民郭猴助義民首方耀漢等所獲解郡，又擒獻賊目李計、趙好、沈輝、陳韭、許強；貢生李登元又獲其族人為匪者李聰明、李佔解獻，皆誅之。南路平。哈當阿自彰化分兵與吳大瑞、遇昌搜捕各路，埔鹽、湖仔、內埤腳、梧厝、水尾、河婆崙、四塊厝、浸水、同安寮、荷包厝凡十莊，皆賊巢穴，捕獲百餘人，悉誅之，焚燬其巢；獲賊目楊成佳、黃潮與陳周全、陳光輝解郡。北路平（以上東差紀略）。
四月諭：義民首楊仲舍等能招集多人，誘獲賊首，實屬可嘉之至。除楊仲舍等四人交伍拉納等查明，照從前義民黃奠邦、郭廷筠等之例超擢官職、優加賞賚，俟事定後送部引見外，所有義民首及義民等，查明廣東是何村莊、福建是何村莊？將本年應納錢糧，均著該督撫詳查，分晰住址，概予寬免。
諭：臺灣奸民陳周全等糾眾滋事一案，伍位納身為總督，乃僅派烏蘭保帶兵前去，竟在內地安坐，並廈門亦不前往；節經降旨嚴飭，仍在內地逗遛，尚復何顏忝膺封疆重寄？伍拉納著即遵旨速赴臺灣查辦一切，仍交部嚴加議處。至前據哈當阿奏，鹿耳門外有船十餘隻，在洋遊奕，似非商船形狀；當即連放兩砲，各船四散等語，實不成話。在洋遊奕船隻，既屬遙望，何以知其確非商船，即系賊船？若實系商民船隻，遽行用砲擊打，豈不令商民無故受驚？且果實系賊船，正當誘其近岸，伏兵擒捕；或派兵出洋，駛船追剿，方為正辦。豈止圖賊船逃散，遂可置之不問耶？所辦實大錯謬。哈當阿亦著交部嚴加議處（以上東華錄）。
七月，臺灣地大震（東溟文後集）。
——錄自福建通紀卷十五。
仁宗嘉慶元年（一七九六）五月，大學士閩浙總督福康安卒於軍。
六月，以魁倫為閩浙總督、姚棻護理福建巡撫。
二年（一七九七）四月，姚棻以疾免，以田鳳儀為福建巡撫。
七月，田鳳儀丁憂，調費淳為福建巡撫。
以汪志伊為福建巡撫。
十一月，魁倫丁憂，以富昌署閩浙總督。
四年（一七九九）三月，以書麟協辦大學士，署閩浙總督。
七年（一八○二）十月，以長麟為閩浙總督（以上東華錄）。
初，嘉慶四年，閩浙海盜有安南大艇幫四總兵三十餘艘曰艇盜，鳳尾水澳蔡牽三幫各六七十艘、箬橫小幫浙盜二十餘艘附之。時阮元為浙江巡撫，五年六月，乘風勒兵擊之。安南巨盜五、六千人及土盜小船全蕩平於臺州松門，四總兵溺死者三、磔死者一。奉旨：以總兵敕印擲還安南王阮光纘。光纘言但令總兵巡海，不慮其入浙為盜，上表謝罪。自後，安南夷寇不復入浙；其在閩者，皆為牽所並。牽，同安人（一作漳州人）；奸猾善埤闔，能使其眾。既得夷艇夷砲，大猖獗；凡商船出洋者勒稅銀四百圓，回船倍之，乃免劫。且結陸地會匪，陰濟船械、硝磺、米糧。而官修戰艦笨窳，不能放洋，轉雇商船為剿捕之用。於是阮元率官商捐金十餘萬付李長庚赴閩造大艦三十，名曰霆船；鑄大砲四百餘配之。賊畏霆船甚，厚賂閩商更造大於霆船者，先後載貨出洋，偽報被劫。牽得大海舶，遂能渡橫洋，窺臺灣。是年五月，復犯鹿耳門，劫臺灣米數千石，分濟粵盜朱濆，連■〈舟宗〉八十餘猝入閩；閩師不敢擊。會浙江總兵胡振聲以二十四艘運造舟木於閩，閩督玉德檄振聲擊之；而閩師不援，為賊火攻所陷，遂與同船弁兵八十餘人同時死之。詔逮不援臺之金門鎮總兵吳奇貴（弟子記作海壇鎮孫大剛）、副將張世熊等治罪（揅經室二集、聖武記、雷塘菴弟子記、雕菰樓文集）。
初，浙江巡撫阮元與閩省督、撫會奏「請以李長庚為總統，一提兩鎮不分閩浙、嚴拏海盜蔡牽」摺，略曰：應請令浙江提督李長庚為總統，帶浙省兵船二十隻，浙江溫州鎮總兵胡振聲、福建海壇鎮總兵孫大剛為左右兩翼，各配船二十隻，共船六十隻。其未經飭調者，仍各領兵船在本汛巡緝；如遇提督追賊至境，一體策應。六月命下，而振聲已死。
八月，提督李長庚率四鎮兵船攻蔡牽於定海北洋，獲船一隻，砲沉一隻；砲幾及牽，生擒黃奎等五十二人。朱濆船被剿多傷，遂與蔡匪分散，遁回閩、廣，賊勢益孤。初，胡鎮軍陣亡後，兩省兵氣大餒；蔡匪復竄浙洋，八十餘船復與粵盜朱濆相合來浙，其勢甚熾。阮元與李長庚謀，且勿輕擊，俟各鎮兵船修調齊集，乃於秋半合擊，大破之。
十一年（一八○六）正月，玉德奏稱：蔡牽豎旗滋事，自稱鎮海王，於上年十一月二十三日搶入鳳山縣城，經官兵攻散後，賊船復駛入鹿耳門，在府城外登岸劫擄，並勾結嘉義縣匪徒洪四老等乘機滋事。奉諭：賊勢鴟張，不得不大加懲辦。所有軍火、糧餉、器械、船隻等項，照軍興例動帑經理；一切均責成玉德，不可稍有貽誤。又諭：賽沖阿久歷行陣，於剿捕事宜素為諳練；見發去欽差大臣關防一顆，交該將軍行用。不拘何處接奉此旨，即由該處馳驛前赴閩省。玉德見駐之常武海口，於該督豫備兵力內擇精練強壯者帶領放洋，悉力督剿。該處提督自李長庚、許文謨以下各將弁，均受該將軍節制調撥。
免蔡牽滋擾之臺灣府屬地方額賦。
以魏元烺為福建巡撫。
三月，臺灣鎮總兵官愛新泰等奏，攻克洲仔尾等處賊寨。
愛新泰奏，克復鳳山縣城。得旨嘉獎，賞雲騎尉世襲（以上東華錄）。
初，詔責總督玉德歷年廢弛，致賊氛日熾；且福建水陸官兵七萬有餘，調渡臺者不過三、四千，豈能滅此二萬有餘之賊？特命成都將軍德楞泰佩欽差大臣關防，調四川兵三千赴剿；將軍賽沖阿副之。會蔡牽為李長庚敗走，乃罷德楞泰之行，惟賽沖阿至臺灣。先是，賊塞鹿耳門，惟二汕、二港尚通小舟。長庚扼南北二汕外，別以小澎船五十，令總兵許松年、王得祿由大港繞安平港入，攻之，焚獲三十餘船，俘賊千餘。水陸並進，連五戰皆破賊。二月朔，復盡焚洲仔尾之柵與南汕來襲之船。賊大敗，困守北汕，如獸在阱。會七日風潮驟漲，北汕所沈舟為風浪掀起漂去，賊奪門出。官兵追截其船十餘，卒以閩師不助扼各港，長庚所將水師僅三千餘，故賊竟遁去。長庚奏言：蔡逆未能殲擒者，實由兵船不得力、接濟未斷絕所致。臣所乘之船較各鎮為最大，及逼近蔡牽坐船，尚低五、六尺，其餘諸鎮之船更為不及。曾與三鎮總兵願預支養廉捐造大船十五號，海門、金壇二鎮亦願捐造十五號，而督臣以造船需數月之久，借帑四、五萬兩之多，不肯具奏。且海賊無兩載不修之船，亦無一年不壞之槓料；桅柁折則船為虛器，風篷爛則寸步難行。乃逆賊在鹿耳門竄出，僅餘三十船，篷朽硝缺，一回閩地裝篷燂洗，煥然一新，糧藥充足。賊何日可滅？五月，上褫玉德職，逮問治罪；以阿林保代之。閩文武吏以不協剿，不斷岸奸懼獲罪，交譖長庚於阿林保；阿林保三疏密劾之。浙撫阮元以憂去，上密詢浙撫清安泰。清安泰奏言：長庚熟悉海島形勢，忘身殉國，故賊中有不畏千萬兵，只畏李長庚之語，實水師諸將冠。奏入。至是八、九兩月，上切責阿林保甫蒞任旬月，即專以去長庚為事；倘朕輕信其言，豈不自失良將？嗣後剿賊事責成長庚一人，阿林保倘忌功掣肘，則玉德即其前車之鑑。並飭造大同安梭船六十號，其未成以前，先雇大商船備剿（聖武記）。
十月，起阮元署福建巡撫。
阮元以病解任，調張師誠為福建巡撫（以上東華錄）。
李長庚追蔡牽於粵海，殲其姪蔡天來之船。
李長庚擊蔡牽於閩之浮鷹島（以上聖武記）。
十二年（一八○七）二月，移建福建鳳山縣城。
以程祖洛為閩浙總督。
七月，賑澎湖廳風災，緩徵新舊額賦及雜款銀。
九月，福州將軍賽沖阿奏：官兵在雞籠洋截剿朱濆，大獲勝杖。得旨嘉獎（以上東華錄）。
十二月，浙江提督李長庚剿賊蔡牽於黑水洋，死之。長庚率福建水師提督張見陞等追牽，窮其所向，至黑水外洋。牽僅三舟，長庚擊破牽舷蓬，又自以火攻船，維其後艄；賊急發艄尾一砲，長庚中喉而殞。張見陞望總統船亂，遽麾舟師退，牽乃遁入安南。事聞，朝廷震悼，追封壯烈伯，諡忠毅；命原籍同安縣立專祠。以裨將王得祿、邱良功嗣其任，勉以同心敵愾，為長庚雪讎（雷塘菴弟子記、聖武記）。
十三年（一八○八），閩浙總督阿林保奏：拏獲蔡牽義子蔡三來等（東華錄）。
七月，浙江副將項統會同閩師由閩回浙，在韭山洋遇朱濆，攻之；獲船一隻，生擒七名。朱濆即竄回閩，旋被閩總兵許松年轟斃，其弟渥代領其眾（雷塘菴弟子記、聖武記）。
八月，蔡牽竄回閩，提督何定江窮追入閩（雷塘菴弟子記）。
浙洋鳳尾幫盜首張阿治母弟皆在福建惠安縣，總督阿林保系其母弟。阿治屢被浙江剿蹙，乃率餘盜四百七十餘名、難民九十八名、砲八十六門赴閩投誠（雷塘菴弟子記）。
十四年（一八○九）正月諭：阿林保等覆奏查明泉州糧價較貴緣由：據稱漳、泉地方向賴臺米接濟，近年洋匪未靖，臺灣商販較少，泉州米價稍昂，委無通盜濟匪情事。見在蔡、朱二逆常到淡水一帶劫掠商船，該逆劫得一船，即用之不盡，往往放回勒贖，其無須內地米糧已可概見等語。杜絕接濟一事，食米最為要務。該督、撫等頻年查辦海口接濟，於臺灣販米從未加意籌及，何以杜絕蘗芽，使之淨盡？務即妥辦，以清盜源。又另片奏查勘蛤仔欄地勢番情另行酌辦一節，蛤仔欄北境居民見已聚至六萬餘人，且於盜匪窺伺之時，協力備禦、幫同殺賊，實為深明大義；自應收入版圖，豈可置之化外？況其地膏腴，素為賊匪覬覦；若不官為經理，妥協防守，設竟為賊匪占踞，豈不成其巢穴，更為臺灣添肘腋之患乎？著該督、撫熟籌定議，應如何設官經理，或用文職、或駐武營，隨宜斟酌，期於經久盡善為要。再，梁上國摺內敘及蔡逆賊船進至蘇澳港之時，先已率眾上岸，有該處番人與鬥，居民吳氏擒獲數賊，始驚潰而去。嗣朱逆復又竄往，亦經居民與官軍夾攻敗賊等語。該處居民見官兵剿賊，郎知如此出力，著即詳查，加之獎賞（東華錄）。
八月，浙江提督邱良功、福建提督王得祿、海壇總兵孫大剛、黃巖總兵童鎮陞探知蔡牽在寧波洋，各兵船連夜接續向北。初五日黎明，童鎮陞首先追及。守備武定太等攻獲一船，生擒王烏等五十一名，斬取首級十顆。牽回衢港，竄往外洋。十一日，牽由象山潭頭外洋往南。提督邱良功等在北洋搜尋，無牽蹤跡；閩師回閩堵剿朱渥，浙師專剿牽。十五日，由普陀挑帶兵船，先後窮追南下。十七日，邱良功等追及牽於臺州魚山外洋，從上風攻系，賊船東南遁。童鎮陞船被盜砲折桅，王得祿舟師亦至齊攻，斃賊無算。十八日，轉戰至溫州黑水外洋，閩、浙船仍據上風，合圍火攻，牽坐船破漏沈海，及其二妻一子同時斃沒。王得祿晉封子爵，邱良功晉封男爵（揅經室二集、雷塘菴弟子記、聖武記）。
案聖武記作牽自知無救，乃舉砲自裂其船。
十五年（一八一○），設噶瑪蘭通判；自遠望坑迤北而東至蘇澳止，計地一百三十里（沈文肅公奏議）。
十九年（一八一四）三月，以陳預為福建巡撫。
五月，以王紹蘭為福建巡撫。
二十二年（一八一七）三月，以董教增為閩浙總督。
五月，以史致光為福建巡撫。
二十四年（一八一九）五月，調李堯棟為福建巡撫。
六月，以吳邦慶為福建巡撫，調李堯棟為湖南巡撫。
九月，調韓克均為福建巡撫。
宣宗道光二年（一八二二）正月，以葉世倬為福建巡撫。
八月，以趙慎畛為閩浙總督。
三年（一八二三）正月，葉世倬以年老休致，調孫爾準為福建巡撫（以上東華錄）。
是年，臺灣鹿耳門內數十里海面，忽變成陸地（後湘二集）。
四年（一八二四）十月，命臺灣道兼管臺營水陸官兵（東華錄）。
初，總督趙慎畛以臺灣入籍一百四十年，姦民十一起，浮動好亂，生齒日繁，所在多遊手，非械鬥則為盜，慎選守令；以福州府方傳穟署臺守，一時臺灣道孔昭虔、臺縣李慎彝、鳳山縣杜紹祁、嘉義縣王衍慶、淡水廳吳性誠、噶瑪蘭廳呂志恆皆有聲。五月間，鳳山縣打鼓山鳴園竹生花；七月逢閏。民間以為昔林爽文反，有此兆，訛言間起。臺防同知缺，杜紹祁代之。署鳳山縣者，劉功傑也，頗銳意捕盜。未幾，而許尚之事起。許尚者，鳳山廣安莊人，業賣檳榔；素結諸無賴，群盜悅之。為鄉保所告，懼捕，遂與所善蔡雙弼、張仔來、高烏紫、王曾、楊良斌、沈古老、徐紅柑、林溪及番入潘老通謀反。其黨甚眾，期於十月十一日集議，先攻下淡水縣丞署、次攻埤頭，遂及郡城；苦無貲，先肆劫掠。傳穟聞盜，檄縣急捕。尚將起事，其莊人劉黃中微聞其謀，留諸家，勸之，不使尚出。功傑捕尚及良斌不得，焚其居，跡至黃中家。十三日，遂以尚獻，械系馳送於郡。傳穟親訊之，得其反狀；言於鎮道曰：『許尚之黨俱在，事破必速亂，埤頭無城，不可守也。劉令初仕，其參將又懦，宜增兵防。且臺地匪民所在嘯聚甚易，曩者南路有事，則北路起應；北路有事，則南路騷動，郡兵常苦為所掣。今宜及未起，速備北路，俾我得專力於南』。鎮、道皆然之。乃密飭嘉、彰、淡水為備。時苦積潦，郡城、嘉義城垣皆圮，急繕治之；而使紹祁偕縣丞丁嘉植、都司翁朝龍以郡兵二百協守埤頭。埤頭者，鳳山縣治也。舊縣燬於林爽文，移治埤頭，僅樹竹圍，又燬於蔡牽，故慮之。至則民間已紛言賊起，爭避郡城，然莫知賊所在。營、縣日出清莊，捕賊十餘人；最後得其軍師林溪。許尚之被獲也，其黨將散，楊良斌不可，眾乃推良斌為首，聚議黃梨山中。良斌製刀杖旗幟，使潘老通借砲於其舅番通事潘巴能。以林溪為軍師，王曾為都督，領紅旗；李川、鄭榮春為正副先鋒，領烏旗；蔡雙弼以下皆為頭目。分招賊眾，期二十四夜攻埤頭，戕官據地，即乘勝攻郡城。使徐紅柑自臺灣、沈古老自嘉義各招其黨並起；又使吳賜潛入郡城，結匪民內應。約既定，二十一日，林溪至埤頭市五色綢製旗。溪故縣中白役偵賊者也，陰為賊主謀，官所往賊先知之，故其謀甚密。溪市得綢，使人持往，已將飯而後行。其母詰知出首，故獲之；訊未即服。良斌見獲溪，不待眾集，二十二夜遂以賊數百人分西北兩路攻埤頭，殺苦苓門汛兵，自竹圍隙處以入。埤頭先有備，紹祁、功傑守縣署，朝龍、嘉植守倉。賊先至倉，朝龍揮兵擊之，傷斃二賊。賊燃大砲不震，遂敗走。其縣前賊已砍柵門將入，亦為鄉勇擊退。參將某聞賊，擁兵火藥庫不出。翼日，語朝龍曰：『賊雖敗，必且大至。埤頭倉署皆不可守，火藥庫有土垣，四面阻水；昔蔡牽攻不能破，可速據此』。朝龍惑之，遂移兵入。文官相率隨入，民大惶懼奔逃，姦人乘間搶掠。塘報兵又為賊殺，道路遂梗。二十三夜，郡中聞警，乃議昭虔、慎彝以城守左營及安平水師兵守郡，傳穟與署臺鎮趙裕福、中營遊擊楊俊督師援鳳山。許尚猶在府監，斬之而後行。時郡中訛言四起，人心震駭，紳士韓高揚、黃化鯉等入見傳穟，請方略。傳穟曰：『鳳山雖一隅，距郡城百里，賊朝發可夕至也。恐有姦宄應之，宜固根本。今郡城垣壞，漏夜築之，兩日可竣。城內外街市多立木柵，君等率丁壯隨李令日夜親巡，城上分佈兵勇。安平副將率水師六百人駐西城外螻蛄石，以衛商行為犄角；城內設勁兵三百人擐甲露宿，足為策應。各衙門及紳士家皆募鄉勇以收遊民，無使助賊。惟大兵南下，賊必潰走，當遏之勿使越入郡境。已飭臺灣、嘉義營、縣分屯兵勇，扼其要隘。且令各莊耆簡壯丁相為守援，土賊不得往應，則吾事濟矣』。或請閉郡八門，曰『不可。南路難民避賊者日數千，至不能無納。且毋使北路謠傳郡城被困，啟姦人心也。道試甫畢，各學官俱在，率兵役守門，稽出入而已』。眾悅，守備遂嚴。二十四日，鎮將兵起；傳穟部署畢，二十五日亦以兵二百、鄉勇二百繼之。經阿公店，南北適中地也，民居頗稠；留兵勇二百人，使訓導謝代壎駐之，以扼其衝，道乃通。二十六日至埤頭，撤功傑，使紹祁回任；署鎮亦撤其參將，以朝龍代。傳穟乃督民夫，增補竹圍，繞圍濬深溝，中插竹籤。招撫逃民，諭各鄉守莊捕賊；其先受賊約，能自首者免罪。紹祁更募鄉勇八百名，以四百人守埤頭、四百人偕官兵捕賊。縣役中有通賊者不敢動，而頗自危；紹祁大度，示之不復窮究，反側遂安。賊自埤頭走黃梨山豎旗招眾；鎮將初至，不測賊眾寡，又以負險，頗患之，未遽擊。既而各路兵屯鄉莊受府縣約束，阻守要隘甚密，所在匪民觀望待起者不下數千，賊不能通。至是，竟無敢應者。嘉義賊將自內山潛至，扼於王、李二令，皆散走。吳賜至郡城，為慎彝獲誅。新授臺灣鎮蔡萬齡亦至。良斌見眾不集，大懼，其黨乃離；兵勇進攻之，遂潰。傳穟、紹祁亟懸重賞捕賊，王曾、李川、蔡雙弼以下全獲伏誅。良斌駕小舟入海，逃至彰化，縣令李振青獲之送郡，南路遂平。是役也，自許尚起及竣事僅一月，不煩內兵，不使賊蹂躪閭閻，南路辦賊，北路宴如；凡用餉銀數萬，皆籌款補給，不費帑金者，郡縣得人之效也。奏入，上大嘉之曰：『方傳穟總司籌辦，悉協機宜』；特賞花翎。鎮、道以下，各從優議敘。明年，乃建鳳山縣城於舊治（東槎紀略）。
五年（一八二五）九月，閩浙總督員缺，著孫爾準補授。韓克均著調補福建巡撫；未到任以前，著孫爾準兼署。
六年（一八二六）五月，改福建彰化縣海豐港口歸嘉義縣笨港縣丞轄，烏石港口歸頭圍縣丞轄。
六月諭：孫爾準奏臺灣嘉義、彰化地方有匪徒糾眾焚搶，系賊匪李通與粵民黃文潤挾嫌糾鬥起釁。數日之間，即蔓延兩邑，糾夥甚眾，竟敢抗拒官兵。爾準即馳往查辦，飭鎮、道出示曉諭，散其黨與。並檄調副將邵永福等帶兵在艋舺堵禦，防其北竄；並調總兵陳化成帶兵會同許松年、蔡萬齡三面兜擒。
八月，孫爾準奏抵臺查辦北路械鬥情形云：匪徒李通等挾黃文潤搜贓之嫌，糾眾尋鬥；黃文潤集眾抵禦，格殺二人。匪徒隨造分類械鬥之謠，乘機焚搶。經該縣王衍慶手刃數賊，匪徒遂竄彰化境內。該提鎮等誤執「民自械鬥，官兵止可彈壓，不便加誅」之說，致該匪等益無忌憚，具結復鬥。見因官兵雲集，均已解散。就獲犯供出及難民控指已有五百餘人，令各莊總董、頭人按名縛送；並將著名匪類最多村莊，帶兵圍捕，指日即可肅清。奉諭：該督務將著名賊首嚴拏務獲，盡法懲治；附和者隨時解散，不必株連。提督許松年未能痛加懲辦，乃邀集總董勸令講和，失體損威，辦理已屬錯謬；又監提尚未定讞之兇犯吳谿等作線，並身在行間，乘坐肩輿，何以率先將士？許松年著即革職，留臺交孫爾準差遣，效力贖罪。總兵蔡萬齡統轄全臺，當匪徒肆橫，並不立時撲捕，殊屬畏葸；亦著革職，見有經手事件，著暫留臺鎮之任。北路協副將趙裕福一籌莫展，庸懦無能；著即革職，以示懲儆。
臺灣匪李通就擒。
十一月，以臺灣餘匪悉平，加孫爾準太子少保。
八年（一八二八）十二月，准福建臺灣另編田字號中額一名（以上東華錄）。
是年，總督孫爾準奏添臺灣粵藉解額，自戊子科始（小重山房初稿）。
十二年（一八三二）閏九月，張丙倡亂嘉義，戕知縣、知府，圍嘉義城，困總兵匝月，破鹽水港，劫軍火器械於曾文溪，彰化黃城陷斗六門，是為北路賊。鳳山許成、臺灣林海攻鳳山、奪羅漢門應張丙，為南路賊。而鳳山粵莊奸民李受又乘間假義民旗，焚殺閩莊阿里港七十餘處。凡三閱月而事平。丙，漳州南靖人，居嘉義三世，為店仔口魚牙；素本無賴，好結納亡命，一呼數百人，與群盜相往來，能庇之。又以小忠小信庇其鄉鄰，遂著名。是年夏旱，各莊禁米出鄉。有陳壬癸購店仔口米數百石，不得出，以貲求生員吳贊庇送。贊之族吳房，逸盜也；與詹通劫諸途。店仔口之禁米，張丙為首；贊牒縣謂丙通盜。嘉義縣知縣邵用之獲吳房，解郡伏誅，並捕張丙。丙怨令不治米出境，專治搶奪，欲擄吳贊。贊聞，挈妻拏避入城；追及之半途，復為邵令遣役護去。丙謂令得賄，益怒。陳辦者，巨盜也，居嘉義之北崙仔莊。其族人摘粵人張阿凜芋葉，為所辱，白陳辦報復，毀其芋田。阿凜居雙溪口；雙溪口，粵莊之強大者。閏九月十日，阿凜率眾焚陳辦屋，又牽他人牛；陳辦約張丙與之鬥。丙與詹通、劉仲、劉港、劉邦頂、賴牛、王奉、陳委、洪番仔、吳允、許六、吳貓、李武松聚眾三百人與陳辦、陳連攻雙溪口，不勝，反為所傷。聞總兵劉廷斌出巡，張丙與眾潛回店仔口，陳辦、陳連焚掠附近交平諸粵莊，張阿凜攻陳連莊。二十五日，陳辦搶大埔林汛防器械。廷斌追至東勢湖，戮搶豬者二人。北路協副將葉長春與邵令亦至，夾擊陳辦於紅山仔；辦走與王奉合攻姜崙莊。官兵猝至，斬其黨王興、王泉，辦奉俱竄店仔口，白張丙。丙觸前忿，謂專殺閩人，偏袒，遂與詹通謀反，豎旗起事。詹通父詹經知之，命長子詹日新往殺通；刃其額不死，旁賊殺日新。十月初一日，劫鹽水港佳里興巡檢署，殺教讀古嘉會（人名）及汛兵，掠下加冬、北勢坡、八槳溪各汛。嘉義縣知縣邵用之追賊入店仔口，張丙圍而殺之，分其屍。初二日，臺灣府知府呂志恆聞邵令被困，以鄉勇二百人會營往援，南投縣丞朱懋從；張丙禦之大排竹。署遊擊周進龍卻，懋以言激之，乃前施砲，又不如法，為賊所乘。義首許邦亮以所乘馬授志恆，徒步與戰，俱陷；呂志恆、朱懋、外委曾聚寶皆被戕。懋有循聲，賊後悔之。周進龍與弁兵間道脫歸。陳辦之約張丙也，無戕官意。至是，其妻自經死。張丙乃遍約所交遊，偽稱開國大元帥，年號天運，以戕殺穢官為名。張偽示，獲官及兵者賞。殺淫掠者二人以徇，謂居民無恐，冀其助己也。封其黨詹通、黃番婆、陳連、陳辦、吳扁為偽元帥，劉仲、劉港、劉邦頂、王奉、陳委、洪番仔、吳貓、李武松、許六、孫惡為偽先鋒，柯亭為偽軍師。吳允不受封，自稱開國功臣；賴牛亦自稱元帥。各就所居，招集醜類。縣南之店仔口迤南，張丙與詹通踞之；縣北之崙仔莊、上庫，陳辦、陳連踞之。推張丙為總大哥，分大小四十二股，諸股首偽帥皆稱大哥；股首下為旗首，旗下為旗腳。每股百餘人或數百人，以派飯、封榖為賊糧，以勒民出銀買旗保莊為賊餉，以攻汛戕官所得軍器為賊械。初三日，張丙率諸賊圍嘉義城，典史張繼昌激勸兵民閉城守禦。他賊聚眾來助者，復有蔡恭、梁辦、莊文一、吳鰍、陳開陶、黃元德、陳太山、劉眉滾、杜烏番、張廖各股首，每股亦二、三百人。初四日，張丙分股搶大武壟汛，巡檢秦師韓受傷，鄉民救走；搶加溜灣汛，把總朱國珍死之。聞劉廷斌援嘉義，張丙乃令各股賊分道迎敵。廷斌以兵二百名出巡，猝調不得至，兵單，且戰且進；比近嘉義城，劉仲突出，腹背皆困。遇前提督王得祿從弟武生王得蟠糾義勇來護城，擁以入。護副將周承恩殿，不知也，反馬入賊陣，圍之數匝，被槍馬蹶，猶揮刃殺傷數十賊；賊斷其頭去，將弁死亡者九員、兵丁百餘人，軍械盡失。總兵劉之呼城也，城中疑賊假以誘城者，砲擊之。砲高，越擊尾追賊，賊乃退。兵餘無多，惟署副將溫兆鳳從。日已暮，諸囚反獄，火起；下令擒斬之。以典史張繼昌權縣事，修戰具、募義勇，晝夜登埤為困守計。張丙為皮檔竹梯攻城，廷斌親率兵勇禦之。又有賊江七、曾吉、侯虎、歐淙、柯和尚、蔡臨、廖花、吳貂蜂起肆擾，圍城焚莊，忽分忽合，道路梗塞，郡城戒嚴。廷斌夜縋義勇襲擊，屢有斬獲。初七日，黃番婆自率其眾攻鹽水港，破之；守備張榮森力戰死，巡檢施模、外委蘇連發俱被傷。鹽水港者，嘉義之咽喉、郡北之屏障也；既破，賊益無所忌。初八日，張丙與諸賊遂解圍去，四出騷索，逼脅附和。廷斌令於城外築土圍以固城。迤南之賊漸逼郡城。郡中初不知守、令之被戕也，有自大排竹逃歸者，述其狀。臺灣道平慶以改簡司知王衍慶權府事，環城樹柵開濠，備戰守。紳士募義勇、助畚牐；守城乏餉，借資殷戶為應備。貢生陳以寬涉險內渡告警，訛言日起。中營遊擊武忠泰落井死，有相率欲攜眷登舟去者。王衍慶以刀令於城曰：『敢言走者斬』！獲奸細吳連三人，知為劉仲所使，遂與獄中盜張膽六人斬以徇。劉仲、劉港、劉邦頂、蔡恭於圍嘉義時潛回大穆降（地名），窺伺郡城；及奸細被獲，乃北去。蔡恭屯麻豆莊，與張丙為犄角。十一日，張丙遣賊復掠鹽水港。十二日，陳辦復攻笨港，屢為縣丞文煊、千總蔡凌標所敗。嘉義所屬各汛俱遭焚掠，惟此汛始終獨完。嘉義縣城圍解，五日土圍成。十四日，張丙復攻之，令黃番婆轝鹽水港缺口大砲於城下不能發，強所掠兵發之；兵故高其砲，火上飛不及城，連發十餘砲皆然。城中疑有神獲；張丙亦自疑，仍以皮檔竹梯攻城，不克。凡三日，又解圍去。是時南路鳳山縣賊許成，以月之初十日豎旗觀音山，亦偽號天運，封吳歐先偽軍師、柯神庇偽先鋒，以滅粵為詞，遏運郡之米窺郡城。張丙聞之，誘令來附，舁所得呂守轎迎之；飯其眾，不飽去。臺灣縣賊林海豎旗舊社莊，聞捕，走附許成。十四日，擾阿公店，千總許日高擊敗之，始不敢窺郡城，而南擾鳳山。北路彰化縣之賊黃城受張丙約，以月之十二日豎旗嘉、彰交界之林圮埔，偽稱興漢大元帥，用大明主年號；以僧允報為謀主。彰化令李廷璧聞嘉義有賊，先與鹿港同知王蘭佩勸民聯莊互相保禦，賊不得北。又聞黃城反，與副將葉長春為解散招徠計，許以免死；收簡象等八人，後頗用其力。郡城聞嘉義被困久，而城中諸將皆在外；乃遣都司蔡長青率兵九百運軍火往援之。王衍慶又循故事，札諭鳳山粵莊首上募義勇赴郡城聽調。蔡恭既回麻豆莊，偵知蔡長青將抵茅港尾，與劉仲、劉港、劉邦頂結江七、曾吉、蔡臨、杜烏番、陳太山、劉眉滾分股要之曾文溪。官兵屯溪北，為背水營。十九日，賊大至；官兵返走，溪不得渡，為賊所擊死者蔡長青等十八員、兵二百餘，軍火器械又失。二十三日，張丙焚嘉義北門；兵勇出擊，互有殺傷。脅角仔寮民莊為之結寮，分遣其眾，勒索銀榖。南路賊許成、林海擾東港，殺巡哨兵二十七名。鳳山粵莊監生李受藉王衍慶諭札，約各莊頭人斂銀榖，聚義勇；匪徒日集，製臺灣府義民旗六，因許成有滅粵之語，以自保為辭，不赴郡，乘機搶掠閩人，連日攻萬丹、阿猴諸閩莊。二十八日，廷斌聞義首王得蟠圍詹通於灣內莊，出兵勇助之，斬百餘；賊盡焚其寮，毀所製一軌三輪車八輛。三十日，張丙復分股圍嘉義城；城中出兵勇與戰，擒股首陳太山、劉眉滾、磔之。陳辦、陳連攻大牌頭、雙溪口粵莊，不勝。張丙見攻城一月不能下，諸賊各相雄長，分踞各莊自飽，有鎮南、鎮北、中路、南路元帥名目；賊夥郭桃、葉斷亦各自為股；吳充為諸賊歸心，有兼併意；僅孫惡、柯亭猶仍偽封：遂舍城去，與諸賊分掠民莊以為食。莊民初見張丙偽示，不害鄉里，派飯封榖、買旗保莊，猶強應之；至是，苦責索無厭，稍不應則縱賊大掠，焚其莊，裹脅以去。知其紿己也，遂相率併力拒之。殷富之莊，紳士出貲，建義民旗殺賊。於是股首葉斷為莊眾所殺，杜烏番、張廖果、吳貂、柯和尚、郭桃為紳士所擒，賴牛為張繼昌所獲，皆磔於市。惟遊民無所得食者，群附和之。是日，南路賊圍鳳山埤頭竹圍（牌頭無城，樹刺竹為城，故曰竹圍，縣署在焉）。賊勾內應，夜縱火逼縣署，署遊擊翁朝龍退守火藥局；署知縣託克通阿與千總岑廷高列砲縣庭，賊至，然砲擊之退，獲林海磔之。
初，興泉永道周凱駐廈門。十月九日聞警，馳報巡撫魏元烺。魏方權總督，就近調署漳州府托渾布任臺灣府事，飛檄陸提督馬濟勝率兵二千名渡廈門、金門鎮總兵官竇振彪率兵一千三百名渡蚶江、副將謝朝恩率兵一千二百名渡五虎分道平賊，按察使鳳來來廈門策應。十一月初一日，馬濟勝兵分乘十三舟連■〈舟宗〉抵鹿耳門，傳令首稽海隘，絕賊水路。初三日，屯郡城北門外較場，誓師振旅。難民跪道呼冤者萬餘人；馬曰：『巡撫已奏聞天子發大兵十萬，由五虎、蚶江、廈門三口渡，不日即至。豈不足為爾等復讎耶』？揮之去。問：『賊安在』？曰：『南北皆有賊』。濟勝曰：『當先其大者、急者』。以貢生陳廷祿為鄉導。先是，濟勝在廈門，購麻布米袋數千；至郡，復購焉。曰：『賊眾我寡，當步步為營』。初五日，進兵西港仔，獲奸細，知賊狀。初七日，至茅港尾，遇賊二千，勝之。濟勝曰：『是地可戰』。令深其濠，以袋盛土，結壘為三營立就。諭鄉勇別為營，無近我。雖役夫，皆知濟勝之必勝也。初八日，賊眾五、六千大呼來攻。濟勝戒勿動，俟其竭，分兵擊之，殺賊三百人。初十日，賊來益眾，以砲拒，我亦以砲擊之。賊敗，斬數百人、生擒數十人；獲賊往來書札、蔡恭偽印，碎之，益知賊中虛實。十二日，進兵鐵線橋。橋長而狹，溪流湍急，不可涉；賊眾伏橋北。濟勝曰：『毋輕進』！返屯茅港尾。聞賊欲抄小路，絕郡城之援；又聞賊欲以燧尾牛車衝我軍，決上流水灌營。濟勝令築濠三重，設守以待。凡三日，港南無一賊，而港北之賊大集。十八日，張丙親率賊萬餘挑戰，分兵三路擊敗之。蔡恭旁出，又敗之；追至灣裏溪，多溺死。賊眾訛傳馬營有銀二十萬，諸無賴思得銀，躡賊後，賊藉以張其勢。二十二日，張丙擁眾二萬，自搏戰，氣銳甚，槍砲呼聲震山谷。濟勝曰：『吾欲其集而殲焉，在此舉矣』！下令堅壁無出聲。自巳至酉，詬詈萬端，士卒皆怒；賊聲漸竭，乃發令軍中大呼，士皆超壘躍濠以出，勇氣百倍。賊不及戰，披靡返奔；追逐數十里，生擒五十餘人，斬殺七、八百餘人，轟擊溺水及自相觸以死者無算。賊眾尚萬餘，屯橋北；二十三日昧爽，濟勝親督大軍出不意，過鐵線橋，賊望風走，搗其巢，生擒李武松、獲詹通，賊大潰，道路以通。乃大張曉示，解散其黨。向之買旗保莊派飯從賊者，本懷二心，賊至則賊旗，賊退自稱義民，間有搶掠者；至是，皆豎義民旗，縛賊以獻。賊益窘，竄伏近山蔗林中。二十六日，大軍次鹽水港。金門鎮竇振彪亦於初三日登岸，自鹿港疏通北路，引兵來會；副將謝朝恩率兵自五虎門渡者，漂風收鹿耳門，亦以兵三百來會。濟勝益以兵二百，令攻鳳山南路賊。二十八日，濟勝整旅入嘉義城，劉總兵迎見，與振彪分兵四出搜捕。紳士義民或縛賊來獻、或導兵捕賊，獲黃番婆、劉仲、劉港，戮於軍前。三十日，露佈報捷。
初，彰化賊黃城既不能北，率賊千餘人欲南，與張丙合。斗六門者，處嘉義北界，樹竹為圍，大汛也；縣丞方振聲、守備馬步衢、千總陳玉威設險守禦，賊不得逞。約梁辦、莊文一、吳貂攻之，屢敗。十一月初一日，思退走。監生張清紅，人呼張紅頭；與馬步衢有隙，令族人張成偽稱大元帥，集眾助賊。初三日，黃城用張紅頭計，駕牛車載草填濠；陳玉威焚之。是夜，復助以車，覆泥草上以塞河，逼竹圍；步衢督諸弁禦之。嘉義都司許荊山與邵令同出捕賊，至土庫，為陳辦所逼，奔避斗六門；步衢留與禦賊。荊山見勢危，破竹圍遁。賊得乘間入，縱火；陳玉威與外委朱承恩、許國寶、林登超、蔡大貴、額外陳騰輝、朱萬斗巷戰死。玉威先遣其子陳繼昌赴總兵告變，方振聲亦先遣其妾抱幼子出匿，馬步衢無眷屬，或勸之走，厲聲叱之；斂所餘火藥，與方振聲自焚，不死，遂與方振聲妻張氏並幼女、玉威之妻唐氏被執，皆罵賊死。賊醢之。方振聲之友沈志勇、僕江承惠、曾大祥、邱新、許廚以義死，友之子沈聯輝以孝死；同時死難者官九員、家屬丁幕九人、兵二百二十餘人。黃城以黃雖萊為偽縣丞，守斗六門；自率其眾而南，助張丙以拒大軍。
初，粵人李受計許成之攻鳳山埤頭也必破；破則以粵人復之，可得功。指所掠閩莊為賊，粵人故智也；遂與楊石老二、廖芋頭勾結生番，乘間逞其報復。初十日，以義民旗攻破阿里港及附近諸閩莊，焚掠慘殺尤甚。不意許成再攻埤頭，被砲擊退，走臺灣縣界。十二月初二日，許成攻羅漢門汛，李受又乘間攻連界嘉義之閩莊。臺灣道平慶會副將謝朝思誘李受，獲之置於獄。未幾，黃城與張丙、蔡恭、江七、莊文一、陳辦、陳連、陳開陶、黃元德、許六、吳貓、梁辦、曾吉、歐宗、劉邦頂、吳扁、侯虎俱被獲，解張丙、詹通、陳辦、陳連於郡城。磔李武松諸股賊於嘉義，梟首店仔口諸處。剖黃城諸賊心，祭死事者。北路平。初七日，馬濟勝督兵赴鳳山，剿南路賊。賊禦於二南溝，敗之。初八日，謝朝恩擒許成，斃蔡臨，剉其屍。南路亦平。
十三年（一八三三）正月，總督程祖洛自廈門東渡，抵鳳山。閩莊之被難無歸者，男婦老少尚千八百餘人在郡城撫卹；乃捐銀，令紳士於阿里港各莊結草寮栖之。檄馬提督鎮鳳山，搜捕攻莊粵人及股首、旗首之未獲者按治之。
二月，欽差大臣將軍瑚松額抵臺灣。當劉總兵之被困也，與臺灣道平慶俱以賊勢入告。上命瑚松額署福州將軍，頒欽差大臣關防；哈朗阿為參贊大臣，領侍衛巴圖魯章京三十四員，又調西安馬隊兵三百名、河南兵一千名、貴州兵五百名、四川兵一千五百名赴臺灣剿辦。巡撫魏元烺於十二月十一日接提督馬濟勝捷報，奏請止兵，並飛咨各直省截回。奉上諭：瑚松額抵閩後即行渡臺，督同馬濟勝、劉廷斌搜捕黨羽；程祖洛渡臺辦理善後事宜。所調各省官兵撤歸伍，所到何處，即行截回。侍衛章京，令瑚松額酌帶數員，其餘著哈朗阿管帶回京。故各省之兵，皆未入閩境。瑚松額與程祖洛至，則澈查起釁根由及死事出力者與不職者奏聞；窮究餘黨，按名悉獲，梟斬凌遲三百餘犯，遣戌者倍之，械送首犯張丙四人於京師。死事諸臣及兵丁，俱蒙恩優釁。方振聲、馬步衢、陳玉威均予謚、入祀昭忠祠，妻亦賜諡；又於斗六門立專祠，以幼女、幕友、家丁從祀。馬濟勝賞戴雙眼花翎，二等男爵世職，御書「忠勇嚴明」匾額賜之。前任提督子爵王得祿率家屬勸諭連莊建義旗獲賊，賞加太子少保銜。總督程祖洛賞戴花翎。守城殺賊從事文武官弁及紳士義勇之出力者，前後賞戴花翎藍翎、遷擢有差。臺灣鎮道俱被議。後劉廷斌以病卒於軍。平慶因病乞休，調興泉永道周凱署臺灣道事。六月，瑚公內渡，以次撤兵。七月，程公善後事宜竣，巡閱北路而歸。凱以七月抵任，與總兵張琴搜斬餘匪逸盜四十餘人，十二月回任。明年春正月，提督馬入覲，晉子爵；在御前侍衛行走半月，回福建提督任。賜巡撫魏元烺花翎（以上內自訟齋文集）。
賑臺灣被賊滋擾難民（東華錄）。
十六年（一八三六）七月，以鍾祥為閩浙總督（東華錄）。
十月，嘉義縣下加冬匪徒沈知等聚眾焚搶糧館，把總柯青山擊賊被戕；參將保芝琳、知縣陳文起率兵捕獲之，餘黨悉平（道光通志）。
十八年（一八三八）九月十二日，鳳山縣有匪徒張貢等數十人起意謀反，搶擄殺人。臺灣道姚瑩等立即督飭城守營參將德謙、臺灣縣知縣託克通阿、南路營參將余躍龍、鳳山縣知縣曹謹、前鳳山縣知縣魏瀛等馳往查拏，破獲首、從各犯。臺灣鎮達洪阿復於十月間查閱南路營伍之期，親往督拏餘犯，共獲首、從五十餘名；十一月初三日回郡。先是，北路頗有風謠，姚瑩親駐彰化聯莊，藉資鎮定，並會同達洪阿督飭嘉義營參將珊琳、知縣范學恆、委員陳損及在籍提督王得祿遣派線勇，拏獲造謠搶劫之賴三等犯七名，又獲結眾滋事之呂寬等犯十一名、疊劫盜犯許清和等四十二名。北路協副將葉長春、升任都司關桂、前後任彰化縣知縣賈懋功、黃開基、因公在臺之建寧縣知縣范獻之等，拏獲聚眾結會之蔡水藤等犯二十五名、疊劫盜犯郭再沅等三十二名。又臺灣、鳳山營、縣拏獲疊劫盜犯蘇嘉及陳加禮、林吧能等五十四名。南北兩路已見安靖，正在飭委臺灣府知府熊一本督同各縣添委人員，悉心研鞫，分別勘辦；而中路臺、嘉交界之大武壟，於十一月十六日有匪胡布聚眾豎旗，謀攻灣裏街汛。瑩查其處北距嘉義縣城僅數十里，即飛飭該城文武及各汛地加意防範。王得祿亦召集莊丁協同守禦，一面督派城守營參將德謙、署臺灣縣知縣裕祿督帶兵勇，馳往查拏。匪聞風逃散，當經拏獲楊丕、陳銓、胡蔭三名，訊認同謀不諱。然首犯未得，匪徒仍四布謠言。瑩在彰化得信，方擬回郡，以便達洪阿北閱營伍，督拏胡布首夥；而布等謀逆未成，竄匿內山，投賊匪洪保等分立股夥，勾通嘉義縣轄之店仔街口蕭紅、李明二匪為內應，突於十一月二十四日黎明糾匪數十人豎旗，直搶店仔口汛房。蕭紅、李明開門納賊。該汛外委黃忠順倉猝迎捕，致被將兵丁陳成龍、鄭和福、鄭國用三名戕斃，該弁及林大成、黃朝恩二兵亦受重傷。迨附近各汛官兵趕至，群匪復行逃散。二十五日，達洪阿隨札調水師副將張朝發會同臺灣府知府熊一本及在城文武防守郡城，飭派左營遊擊洪志高、護理右營遊擊呂大陞率領自練精兵六百名，挑選中、左、右營兵四百名，另調水師中營遊擊江奕喜領兵五百名，劄委卸任臺灣縣知縣託克通阿、建寧縣知縣范獻之隨營審辦案件。姚瑩在道庫籌撥經費，交臺灣府知府熊一本具領，委候補府經歷縣丞龐裕昆、候補從九品吳烺隨營支應。達洪阿統帶於二十六日馳赴店仔口駐劄，即遣將備員弁及臺灣、嘉義營、縣兵役義首人等密購眼線，偵探胡布、洪保等匪確蹤。姚瑩亦於二十八日自彰化馳回到店仔口晤商一切，即據報胡布逃匿內山後大埔地方，洪保等亦在該山左右。連日督派將備統兵帶同臺灣、嘉義二縣役勇分往圍拏，生擒胡布及洪保、陳參、蕭紅、葉泮等十二名，訊認糾夥分股，立有偽軍師、先鋒名號，豎旗謀逆、攻汛殺兵；因各處聯莊，邀人不起，是以走散等情不諱。詰以餘匪竄匿蹤跡，該犯等僉供已逃入附近通番之內山一帶；山環百餘里，草木參差，怪石磅礴，道路險曲，絕少民居，步兵前進，非拄杖攀藤不能上下。姚瑩等查該處山內既經藏匪，必有巢穴；誠恐尚有積年巨憝在內潛匿，不可不嚴行搜除。達洪阿親往搗其巢穴，期絕根株。一面即將胡布、洪保、陳參、葉泮、蕭紅等五犯凌遲處死，幫同搶汛之洪戇、黃戇成、胡得、胡容、林欉、張守、內應之姦民李明等七犯人斬決梟示（東溟奏稿）。
十九年（一八三九）五月十七日，臺灣府城地震、嘉義縣大震；官舍民屋多傾圮，斃百餘人（東溟文後集）。
六月，總督鍾祥以赴泉州閱伍，關防被竊，奉旨革職；以桂良為閩浙總督。
十二月，以鄧廷楨為閩浙總督。
二十年（一八四○）九月，召鄧廷楨來京，以顏伯燾為閩浙總督。
十二月，以劉鴻翔為福建巡撫。
二十一年（一八四一）五月，顏伯燾奏：洋船兩處滋擾銅山，飛咨前任提督王得祿赴澎湖駐防（以上東華錄）。
九月，臺灣道姚瑩奏：草鳥匪船圖引洋船來臺滋擾，乘機行劫；督飭文武委員義首攻捕殲擒，一律肅清（東溟奏稿）。
十月，臺灣鎮總兵達洪阿等奏：本年八月以來，洋船疊向臺灣外洋遊奕停泊，飭屬嚴防堵禦。是月十六日卯刻，洋船駛進口門，對二沙灣砲臺發砲攻打。經該參將邱鎮功等將安放大砲對船轟擊淡水同知等亦在三沙灣放砲接應。邱鎮功手放一砲，立見洋船桅折索斷，退出口外，衝礁擊碎，洋人紛紛落水，死者無數。其上岸及乘船竄者，復經該參將督同署守備許長明等帶兵駕船趕往，生擒、格殺多名。復經即用知縣王廷乾等駕船出洋，幫同出力，生擒多名；並見洋人自行投水。其時復經千總陳大坤等駕船開砲，擊沈三板船一只，格殺並生擒多名。又據曹謹等在大武崙港外追獲外竄三板船一只，刺死、生擒多名，並撈獲屍身、砲位，搜獲圖冊。此次共計斬獲一百六十五人，撈獲砲位十門。賞提督銜臺灣鎮總兵達洪阿雙眼花翎、臺灣道姚瑩花翎，並予達洪阿、姚瑩、臺灣知府熊一本優敘。在事出力員弁兵勇義首人等，命據實保奏（皇朝年表、東華錄）。
命王得祿赴臺灣協剿。
達洪阿等奏：英人復於九月間乘駕三桅船隻至淡水雞籠口滋擾，突進口門，直撲砲臺，大砲齊發，勢甚猛烈；經我兵開砲回擊。三沙灣地方復有英人登岸，其勢甚兇；亦經我兵開砲擊斃二人，眾始駕駛逃竄。當此洋人滋擾之時，突有北路嘉義匪徒鳴鼓搖旗，乘機滋事；當即親統精兵馳往剿辦，拏獲股首江見等及夥匪多名，並槍斃、殺死賊匪無算。其先因播散謠言，拏獲在監欲為內應之江坡一犯，亦經該府熊一本提出杖斃。正在搜拏餘黨，復有南路鳳山匪徒豎旗響應；亦經調集兵勇，兩路夾擊，生擒股首吳慈等及夥犯無算。見在賊匪均經擊散，地方安靜。賞達洪阿騎都尉世職，姚瑩、熊一本雲騎尉世職。在事出力員弁兵勇義首人等，命據實保奏。傷亡弁兵，咨部賜卹。
二十二年（一八四二）四月，達洪阿、姚瑩奏：據淡水同知曹謹、署鹿港同知魏瀛、澎湖通判范學恆、彰化縣知縣黃開基，護副將關桂稟報：正月三十日，有三桅洋船及杉板船在淡水、彰化交界之大安港外洋，欲行入口；見兵勇眾多，攻撲不進，復退出外洋。經巡檢高春如、謝得琛所募之漁船粵人周梓等與洋船上廣東漢奸作土音招呼，誘從土地公港駛進；果為暗礁所擱，其船欹側入水。該處埋伏兵勇齊起，關桂及署北路右營遊擊安定邦督令署守備何必捷、千總何建忠、李青雲、把總翁標、林飛鵬等施放大砲，奮力圍擊，殺斃、生擒數十人，奪砲十門及鐵砲、鳥鎗、腰刀、圖書各件。賞達洪阿太子太保、阿克達春巴圖魯號，姚瑩二品頂戴，均交部優敘。在事出力員弁，均著保奏。
九月，達洪阿等奏：四草湖、樹苓湖各口，均有草鳥船引導洋船，往來闖駛；經該文武員弁協力堵剿，擊沈匪船各隻，溺斃賊匪無數，生擒匪犯林山一名。又於淡水廳擊破草鳥船隻，拏獲匪犯陳義等十二名。
十一月，耆英奏：英吉利控訴臺灣鎮總兵妄殺遭風被難洋人，冒功捏奏；雖屬一面之詞，如實系妄殺冒功，則該鎮咎亦難辭，應請將臺灣鎮總兵達洪阿解部審辦。得旨：兩軍交戰之時，明攻暗襲，勢所必然；加以言語不通，來即折之；又何能望而知其為難夷，不加誅戮耶？今既通商，不當藉口別生枝節；著耆英再行剴切曉諭。見在臺灣於九月間救護遭風洋人三十五人，已於十月中旬由該道姚瑩給還；該目懸掛彩旗，迎接該道上船，持酒起誓。總之，未定通商以前，兩國將備兵民各有損傷，此一概前事，各宜置之不論。若達洪阿守禦有功，轉加重罪，試思彼國出力大將，豈能因我國一言，遽令廢棄乎？倘達洪阿實有貪功妄報情事，將來一經查訪明確，自當以中國之例處之，不必過問。我國傷亡將士甚多，又豈能於事定之後，一一取償耶？至見在籌議通商，正在喫緊；惟有速定大局，以期干戈永息。如此開導，諒必盡釋前疑。尋命怡良渡臺查辦。
二十三年（一八四三）正月，達洪阿、姚瑩奏：前年八月洋船在臺灣洋面遊奕，是時並無風暴；該洋人駛進口門，對二沙灣砲臺連發兩砲，打壞兵房，我兵隨後放砲回擊。九月，又有三桅洋船在雞籠洋面攻破我砲臺石壁，燒我哨船。上年正月，生擒顛林等眾，起獲砲械、號衣、旗幟及印文等件，均系浙江各營之物，實非遭風洋商。又奏：彰化縣匪徒陳勇等分股聚眾謀逆，督飭文武兵勇剿辦，將首要各犯並獲，勘辦完竣。又草鳥匪船圖引洋船來臺滋擾，乘機出洋行劫，亦經督飭員弁義首屢次殲擒匪徒懲辦。
三月，怡良奏：渡臺後沿途訪察，兩次洋船之破，一因遭風擊碎、一因遭風沈擱，並無與之接仗及計誘等事。達洪阿、姚瑩一章鋪張，致為洋人藉口，殊屬辜恩溺職；請從重治罪。命革職，解交刑部會同軍機大臣審訊。尋得旨：達洪阿、姚瑩加恩免其治罪。
五月，以劉韻珂為閩浙總督。
二十四年（一八四四）三月，劉韻珂等奏：臺灣嘉義縣巨匪洪協等糾眾豎旗謀逆，並有已革武生郭崇高合夥起事，所糾匪黨約共二千餘人。經該鎮、道等督同各員弁帶兵剿捕，接戰六次，殺斃賊匪一千餘名，將首逆洪協及股首杯孕等先後拏獲。又嘉義縣匪徒李安等糾匪滋事，經營、縣往拏，擒獲多名。奉諭：辦理尚屬妥速，所有已獲各犯，著飭該鎮道取訊確供，即在臺灣地方分別正法；其在逃之股首郭崇高、劉取、葉周、余朝，仍著上緊嚴拏，務獲懲辦，毋任漏網。
二十五年（一八四五）三月，調吳其濬為福建巡撫。
八月，調鄭祖琛為福建巡撫（以上東華錄）。
二十七年（一八四七））九月諭：福建臺灣道熊一本著撤回內地酌補，所遺員缺著徐宗幹補授（斯未信齋文編）。
十月劉韻珂奏：履勘臺灣水沙連六社番地，體察各社番情，據實覆奏。奉諭：該生番輸誠獻地，固由不諳耕種，謀食維艱，欲求內附。惟利之所在，日久弊生，生番合壞而居，不能不與漢民交易。日後官吏控馭，偶或失宜，即易激生事端。國家開闢邊境，計劃必周；與其輕議更張而貽患於後，不若遵例封禁而遏利於先。所議自系籌及久遠，未肯遷就目前。且此項番地，舊以土牛為界，乾隆年間復立石碑，例禁綦嚴；自應恪遵舊章，永昭法守。該督所請六社番地歸官開墾之處，著毋庸議（東華錄）。
九月初十日，淡水颶風大作，大雨滂沱；至十四日稍息。大加蚋、芝蘭、三貂、石定等四保，同時被水，倒壤民房，淹斃人口甚多；蓋藏米粟悉被漂流，橋道塘汛亦多沖塌（斯未信齋文編）。
十一月初八日辰刻，臺灣郡城地震，由南而北，較往年為重（同上）。
——錄自福建通紀卷十六。
文宗咸豐元年（一八五一）三月，閩浙總督裕泰奏：漳、泉會匪已獲要犯多名，現在提省審辦，並密派委員赴臺查禁私礦（東華錄）。
澎湖廳初四日至初六日風霾大作，刮起海水，遍地飛洒，土人稱為鹹雨；瘠土皆成斥鹵。最重之處，所種雜糧苗葉枯萎，收成無望（斯未信齋文編）。
四月，修福建臺灣廠戰船，從總督裕泰請也（東華錄）。
五月，以王懿德為福建巡撫（王靖毅年譜），以季芝昌為閩浙總督（東華錄）。
呂恆安、徐宗乾奏：澎湖廳上年晚收歉薄，本年三月復猝被風霾，以致雜糧枯萎，民情倍形拮據；業經會商於道庫提銀二千兩，又撥銀三千兩，委員解往該廳，查明分別撫卹。
振福建澎湖廳被風災民。
八月，以辦理福建噶瑪蘭開墾出力，予通判朱材哲等升賞有差。
九月，閩浙總督兼署福建巡撫季芝昌因病賞假；以調任福州將軍裕瑞兼署閩浙總督、布政使慶瑞暫護福建巡撫。
十月，緩徵福建臺灣澎湖被風霾鹹雨災民地種、船網滬繒銀（以上東華錄）。
臺匪洪紀等糾黨樹旗謀反，以紅布條各掛襟紐為號；先在嘉義縣屬官伷、六甲等莊派飯索銀，沿途搶掠。經臺灣鎮、道葉紹春、徐宗乾督飭文武員弁並力攻剿，斃匪無算；先後生擒四大股首偽大元帥洪紀、總大哥林鬧、偽副元帥林仰、李兆基、偽軍師胡枝■〈牛母〉、偽先鋒林罩、顏耀、分股首陳潮及偽旗首旗腳一百餘名，正法梟示。其脅犯及聞拿投首者，分別遣發、徒杖有差（斯未信齋文編）。
二年（一八五二）五月，以王懿德兼署閩浙總督（王靖毅年譜）。
六月，命升任福州將軍桂良來京，以閩浙總督季芝昌兼署福州將軍（東華錄）。
臺灣道徐宗幹奏：臺匪羅阿沙等戕官倡亂，現飭中營遊擊夏汝賢、水師營弁李朝祥統帶水陸營兵勇，會合屯丁義首，由南路進剿，斃匪無算，生擒匪犯一百七十餘名。鳳山縣城，業經克復。又會同鎮營北路攻剿，焚燬羅阿沙偽帥府，搜出偽印、袍甲、旗械、槍砲，先後生擒偽大元帥羅阿沙、賴棕偽副元帥、偽將軍、偽軍師、偽先鋒及大股首，並戕官正犯夥匪四百餘名，分別審辦，凌遲斬梟。地方現漸肅清（斯未信齋文編）。
九月，臺灣道徐宗幹奏：續獲戕官首犯林恭等二百餘名，並搜出鳳山縣典史、巡檢印顆。內有總偽先鋒吳阿班，訊系內營水師革兵，曾入小刀會；供認勾結廈匪，密約洋匪首紀貓生糾黨，於秋間赴臺接應。隨飛移安平澎湖協副將、艋舺營參將協同各廳、縣兵勇加意防捕；旋捕獲洋匪紀貓生等三十餘犯，均供認前情不諱，分別審辦。水陸各營現仍嚴密巡防，需餉接濟。歸莊難民，正在集捐籌卹（斯未信齋奏疏）。
徐宗幹奏：行抵鳳山，審明續獲大股首林芳等二十六名，就地正法。又周歷被匪焚燬之阿猴、萬丹、阿里港各莊，據各鄉民控訴，粵眾剿賊，不無波及滋擾；已將粵莊丁勇撤退。又繞道至山豬門等處閩、粵雜處各莊，妥為安撫。又附奏噶瑪蘭通判董正官會營剿賊遇害（斯未信齋奏稿）。
十月，吳文鎔調補閩浙總督（吳文節公遺集年譜）。
三年（一八五三）正月諭：朕現聞閩省洋面廣艇匪徒愈肆滋擾，臺灣米船間被搶掠，以致臺米不能渡海，閩、浙糧價增昂。福建水師提督鄭高祥不能乘坐海船，每遇巡洋，往往藏匿海■〈氵义〉，逾時捏報欺飾。似此怯懦無能，無怪匪徒日肆。且江、浙二省現辦海運，設使洋面稍有疏虞，所關非細。著怡良、王懿德迅即確查，鄭高祥如有前項情節，不勝水師之任，即行據實參奏（東華錄）。
三月，以福建巡撫王懿德兼署閩浙總督。
四月，臺匪戕臺灣令高鴻飛、嘉義令王廷乾。
五月，臺灣副將呂大陞護送琉球貢使自京旋，飭募泉勇五百名渡臺助剿（以上王靖毅年譜）。
六月，以福州將軍有鳳兼署閩浙總督（東華錄）。
臺灣副將曾天明、都司凌敬會同副將呂大陞擊賊於嘉義，大敗之；收復縣城，獲偽中路元帥曾雞角、偽軍師吳海、偽先鋒石乞食、股首汪大忒正法（王靖毅年譜）。
七月，御史蔡徵藩奏：風聞臺灣府城被圍，請簡員解散。略云：此次匪徒滋事，臺灣鎮並不親行，僅委縣令會同守備孟浪前驅，以致被賊戕害，現在直撲府城；鳳山縣屬亦被賊圍。奉諭：前據王懿德奏，臺灣道徐宗幹與該鎮恆裕意見不合，當將該員等交部議處，仍責令該鎮、道迅將滋事各犯拏獲。現著該署督即飭令澎湖協副將邵連科前往臺灣，會同恆裕等相機妥辦（東華錄） 御史陳慶鏞奏：臺灣土匪於五月十二日攻臺灣府城，經商人等登城拒守，並合民勇殺賊五、六百名；知府裕鐸自出家財助餉，其在臺之商郊各幫與現赴天津之臺商各船均各踴躍捐餉，以備軍需。現在鳳山縣有遊擊曾玉明守住火藥局，被賊圍困，救兵莫達。賊目有林許為渠魁，吳王二姓為主謀云云。奉諭：前有旨令有鳳馳往福州署理總督篆務，此時如已拒閩，即著王懿德與有鳳按照該御史所奏查明籌辦。該御史又稱臺灣在籍前任禮部員外郎鄭用錫、候補主事施瓊芳、候補道林國華、道職林占梅均堪辦理圍練勸捐事宜，著該署督等諭令該紳士等或捐貲助餉、或出力督團；但使地方肅清，必當優加獎勵（東華錄）。
八月，調閩浙總督吳文鎔為湖廣總督，以署四川總督慧成為閩浙總督；未到任前，仍以福州將軍有鳳署理（東華錄）。
十月，臺灣鎮、道恆裕、徐宗幹會奏：粵艇盜匪疊在內地各洋劫擄，經淡水廳同知張啟煊、安平協副將吳朝良督飭員弁紳商義民分路搜捕，先後擊沈賊船，擒拏斬梟首、從九十二犯，起獲銅鐵大砲六十五門，搭救商漁難民無算（斯未信齋奏摺）。
四年（一八五四）正月，以王懿德為閩浙總督、呂佺孫為福建巡撫（東華錄）。
二月，蠲免上年被擾之雲霄、石碼、廈防、永春、龍溪、漳浦、海澄、長泰、同安、安溪、仙遊、沙、永安、尤溪、德化、大田、鳳山十七廳州縣額賦緩徵興糧，淡水、臺防、噶瑪蘭、平潭、蚶江、馬港、龍巖、莆田、平和、詔安、南平、臺灣、嘉義、福清、永福、閩清、古田、晉江、南安、惠安、南靖、順昌、將樂、漳平、寧洋、彰化二十七廳州縣及水口、南日、峽陽、羅溪、全門、佛曇橋、華崶七縣丞所屬新舊額賦有差（東華錄）。
以王懿德兼福建巡撫（同上）。
三月，副將曾玉明獲臺灣噶瑪蘭匪首吳磋於中心崙，誅之（王靖毅年譜）。
十二月，總督王懿德上「按戶抽丁，窒礙難行」疏，略言：閩省負山面海，並控海外臺、澎。上游山深菁密，村落零星；下游聚族而居，民貧俗悍。大姓欺小姓、強族欺弱族，動輒械鬥，已成錮習。若令抽丁當兵，不但無益地方，械鬥恐將滋甚。臺澎、閩粵雜處，久分畛域；非戍以客兵，萬難鎮壓。且巡洋守卡，往返千里，尤非籍兵所能從事。丁糧歸併以來，民無徭役；茲擬抽丁辦法，歆以免役空言，不但民皆沮疑，並恐糧多抗欠。且裁兵則營弁隨同裁減，所抽之兵漫無統轄；若歸州縣則牧令盡掌兵權，若設營官則守備兼管民事，查與定制兩妨。至抽丁散處城鄉，稽查匪易；恃強凌弱，遇事逃亡，老弱充數，缺額虛名；偶有徵調，吏胥一出，此戶騷擾。此又利未見而害先形者也。請仍遵舊制，以免紛更（王靖毅年譜）。
是年，臺灣道兼學政徐宗幹奏請臺屬捐數較多，請增廣中額學額（斯未信齋文編）。
又奏：以軍餉久絀，請集捐收銅並准以銅折銀報捐，設爐鑄造當一大錢；並由臺地船廠購運廢鐵，兼鑄當一鐵錢參用（斯未信齋奏摺）。
五年（一八五五）三月，逸賊黃位勾澄海外砂鄉巨匪黃興順擾廈門、淡水廳雞籠頭暨廣東澄海、九龍砲臺等處；劫掠漁商。署南澳鎮總兵陳應選、紳士洪鳳翔、謝友德、顧紹榮、詹廷光雇商船伏兵誘之於萊蕪洋，擊沈匪艇三十餘隻、獲其九，生擒賊夥王阿鰲等三十六名；興順逸放雞洋（王靖毅年譜）。
追予福建陣亡知縣高鴻飛入祀京師昭忠祠，並於臺灣任所建立專祠。
十二月，予故臺灣鎮總兵官呂大陞祭葬卹蔭如軍營病故例（以上東華錄）。
七年（一八五七）正月，以慶瑞為福建巡撫。
八年（一八五八）九月，以瑞璸為福建巡撫。
十一月，瑞璸因病乞假，以慶端兼署福建巡撫（以上東華錄）。
——錄自福建通紀卷十七。
穆宗同治元年（一八六二）正月，以徐宗幹為福建巡撫；未到任前，以學政厲恩官暫理。
四月，彰化縣境戴萬生等聚眾滋事，臺灣道孔昭慈督兵捕之；兵內變，彰化縣城失守，副將夏汝賢等殉難，孔昭慈不知下落。總督慶端派總兵曾玉明等往剿，奏留升任漢黃德道、洪毓琛在臺會辨；以臺民攀留故也。提督石棟請調回赴浙師船，由鹿港登岸堵截。
五月，以洪毓琛補臺灣道，查明昭慈等陣亡，詔予祭葬、世職。
六月，曾玉明由浙防赴泉州統兵渡臺。戴萬生等分股圍撲嘉義縣城及斗六等處，文武員弁潘恭贊、義民潘諦等均力戰捐驅，遂解嘉義圍，並攻復大甲土城。玉明督同官兵義勇進攻彰化，又敗賊於大腳佃莊，並將潮洋厝等處匪巢攻毀。耆齡調金、廈、興化等營助剿。
七月，彰化匪徒分犯嘉義、鹿港等處，雖經官軍擊退，戴萬生踞守縣城，匪眾尚多。曾玉明等已由鹿港登岸，並有軍功施九挺等募勇協剿。參將林文明願赴臺助剿；有旨：著調臺勇一千名，交其統帶迅速前往（以上東華錄）。
九月，官軍正在圍逼彰化，另股匪黨竄陷斗六，復撲嘉義。總督耆齡奏派關鎮國等管帶師船，並添派陸兵三百名渡臺。署金門守備黃炳南管帶師船，中途折回；奉旨：先行革職，交耆齡、徐宗幹嚴行審訊（東華續錄）。
十二月，吳鴻源署水師提督，統帶各軍援剿嘉義。玉明一軍在鹿港專顧北路，而笨港紳民協力，復解嘉義圍。
二年（一八六三）二月，臺匪久踞彰化，臺灣道洪毓琛等派義首李成龍等由鹽水港進剿北路。其另股分撲嘉義之賊，亦經參將湯得升等先後擊退，保全嘉城。彰城踞匪無多，吳鴻源已統領全軍抵臺（以上東華錄）。
三月，閩浙總督著左宗棠補授，仍兼署浙江巡撫。
四月，令耆齡即將所辦閩浙兩省防剿事宜及所部各軍移交左宗棠接辦。
耆齡奏：臺灣官軍剿匪，添派曾元福馳往夾剿（以上左恪靖伯奏稿）。
五月，曾元福由泉州行抵鹿港。吳鴻源一軍自嘉義解圍後，掃蕩附近賊莊，疊有斬獲。斗六賊多敗遁，官軍迫至彰轄西螺、二重溝等處；玉明由鹿港逼近彰城。戴萬生已竄回四張犁本莊，餘匪仍扼踞死守（東華續錄）。
七月，曾元福進紮白沙坑，設計攻破大岸頭各莊竹圍，並將大埔、八卦山等處賊巢盡行焚毀。吳鴻源冒暑染疫，暫回嘉義。徐宗幹檄元福由間道直趨嘉義，接署水師提督。臺灣道毓琛病故，遺缺以知府陳懋烈暫署（東華續錄）。
八月，臺灣粵勇潰散，左宗棠奏請飭四川建昌鎮總兵林文察辦理臺灣軍務。奉旨：吳鴻源所統兵勇數已不少，不能於嘉義解圍以後，迅圖攻剿，輒於南靖莊等處頓兵數月，致該匪得豫為準備；迨賊守禦既堅，又不知分兵別覓間道相機兜剿，以致師老財匱，勇丁譁潰，賊氛益肆猖獗，實屬調度乖方。業經明降諭旨，將該員革職拿問；仍著左宗棠、徐宗幹確切查明，據實參辦，毋稍徇隱。林文察既籍隸臺灣，熟悉情形，即著該署提督揀練得力將士渡臺，聯絡紳團，速將該處匪徒殄滅；應需餉項，即飭福建藩司於援浙餉內酌量撥給。徐宗乾奏吳鴻源尚知奮勉，暫緩拏問，留營效力自贖。林文察署理水師提督，丁曰健補臺灣道（東華續錄）。
以英桂為福州將軍（東華錄）。
十一月，丁曰健由省放洋，對渡淡水，馳至艋舺。令軍功范義廷等招募勇丁，前赴竹塹，聽候調用。令彰嘉各營及湯得陞所帶兵勇由西螺、虎尾溪一帶進發，聯絡彰化；令凌定國所率義民剋期會剿；參將關定國率駕紅單砲船赴梧棲港口，會同同知王楨勇丁合攻葭投莊等處疏通鹿港後路，並派兵與通判張世英之師直搗賊巢。曰健即由牛罵頭直剿竹坑，收復大肚溪等處；進至大甲，將匪黨劉阿妹掩捕正法。派勇馳往內山，分剿犁期店一帶，牽掣內山賊匪，不令出援葭投；而親至梧棲港派撥勇練，分路進攻彰化境內。連日陸續攻破田中央、海玻厝、水裏港、福州厝各賊莊，並將薀仔底十餘莊及無名小莊十餘所同時平毀，復將葭投尾莊外賊營三座及八張犁、何厝莊賊營七座焚毀，斷城糧道。其凌定國一軍，亦先後攻破竹仔腳等大小賊莊二十餘處，並將海峰崙陳啞狗老巢焚毀，生擒匪黨林振等十三名。被脅各莊，望風歸順。
十二月，匪黨陳鮄等竄守葭投莊。丁曰健派令文武員弁移營進逼，由水師寮等處奮力進攻，搶入葭投莊內，生擒多名，立將葭投克復；自彰鰲頭地方至大肚溪以北，匪莊四十餘里，一律肅清。乘勝進攻彰北，與玉明會師，克復彰化，並將鹿港至寶斗一帶道路疏通。其南路匪莊，亦經鴻源、元福先後攻克。林文察放洋收泊，會同元福進攻斗六，將附近巢穴數十莊悉數攻毀；復誘令斗六賊匪出巢，設伏擊敗。悍賊乘勢攻斗六土城，陣斬甚多。戴萬生逃往彰化之北勢■〈氵南〉莊與四塊厝地方。
三年（一八六四）正月，戴萬生逃至張厝莊。元福帶兵將附近西南之目宜山、紅毛社、丙郎莊、社頭、崙仔等賊莊四十餘處，分路剿毀；復與曰健所派勇丁，合破張厝莊。戴萬生逃至芋寮仔莊；元福、曰健親督兵勇，將該莊攻破，生擒戴萬生並董九仙、戴印等正法。彰化縣屬肅清。文察擬留兵勇五千名，此外兵勇及元福所部，咨請督、撫分別撤回（以上東華續錄）。
左宗棠奏：曾元福在臺年久，應留臺郡，俾收駕輕就熟之效。所有福建水師提督，查有現任臺灣鎮總兵曾玉明堪以署理；所遺臺灣鎮總兵，即以曾元福署理（左恪靖伯奏稿）。
二月上諭：竄江逆股，已由瀘溪小路翻山潛入閩地，光澤、邵武俱形喫重。頃據徐宗幹奏，臺灣南北兩路肅清，各軍搜剿餘孽，將次竣事；著左宗棠、徐宗幹即將臺灣撤回得勝兵勇，派赴邵武一帶，扼要設防。如有匪蹤闌入，即行擊剿。臺灣匪首林晟等見尚在逃，並著該撫飭令在事文武嚴密搜捕，勿任漏網。
三月，林文察奏：內山四塊厝林匪老巢，經文察督軍攻克，生擒匪首林晟（一作贛晟）正法，臺灣軍務漸次肅清。
四月，左宗棠奏：延平軍情喫緊，張運蘭一軍尚無入閩消息。見臺灣大局肅清，林文察既署陸路提督，防剿閩省上游，是其專責，臣與撫臣徐宗乾已飛咨調共內渡；恐到任尚需時日，臣於道員康國器截剿常州竄賊獲勝後，調其由昌化回營，取道嚴、衢入浦城達閩，已報啟程（以上東華錄）。
八月，左宗棠奏：臺灣餘匪復熾，攻撲彰城，旋即剿平。飭查啟釁情形，據署鎮曾元福、臺道丁曰健稟稱：林文察之叔林天河倚勢作威，截水霸田，眾議沸騰，欲圖報復，餘匪藉此復肆。丁曰健又稱：林文察與曾玉明所部兵勇騷擾地方，均應徹底查究（左恪靖伯奏稿）。
四年（一八六五）四月，彰化內山匪黨經曾元福、丁曰健督軍剿辦，將洪欉等股悉數殲除，臺灣一律安定。復嚴督各軍分路搜剿，將著名股首莊明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等擒獲。其潛匿平林山頂之悍賊洪花，亦經官軍用槍剌斃，其妻李氏身受銃傷，均梟取首級示眾；復將草田莊等賊巢攻破，獲匪多名，並擒獲羅務等匪黨，均先後訊明正法。嘉義匪首嚴辦亦經曾元福派隊殲斃，獲黨多名。惟要犯陳鮄尚在逃。
臺灣全境肅清，賞道員丁曰健布政使銜、總兵曾元福提督銜。
七月，左宗棠奏：臺灣賊匪陳啞狗實由總兵曾元福生擒正法，前署提督林文察遽以傳聞入告，以致奏報歧異。
五年（一八六六）八月，調左宗棠為陝甘總督，以吳棠為閩浙總督；未到任前、以福州將軍英桂兼署。
十月，以李福泰為福建巡撫；未到任前，以署布政使道員周開錫護理。
七年（一八六八）七月，以英桂為閩浙總督。
八年（一八六九）正月，以閩浙總督英桂兼署福建巡撫（以上東華錄）。
六月，閩浙總督英桂、福建巡撫卡寶第奏請撫有臺灣琅■〈王喬〉地方，並籌建砲臺，設立塔燈。報可（無暇齋文鈔）。
九月，移福建鳳山縣興隆里巡檢於枋寮，撥臺灣道標千總一員、兵一百名同往駐紮。
九年（一八七○）二月，英桂、卡寶第奏稱：英國領事吉必勛、洋弁■〈口茄〉噹前在臺灣安平地方違約滋事各案，經該署道黎兆棠查系廩生許建勛、副將蕭瑞芳為之主謀，以致洋人藉端生釁。見在許建勛冒開洋行，私販樟腦，日引洋人深入內山；蕭瑞芳私造戰船，希圖出海。請即拘案懲辦。奉諭：臺灣為商賈輻輳之地，人情浮動，今許建勳懷挾私嫌，膽敢重賂洋人，從中搆煽；蕭瑞芳身任武職大員，竟至偷見■〈口茄〉噹，煽其開砲佔署，釀成巨案。英桂等即密飭黎兆棠迅將該二犯一並嚴拏正法，以絕後患。
七月，以王凱泰為福建巡撫。
十年（一八七一）正月，以文煜兼署閩浙總督。
九月，命英桂留京，以張之萬為閩浙總督。
十月，張之萬開缺養親，仍以文煜兼署閩浙總督。
十一月，以李鶴年為閩浙總督（以上東華錄）。
十一年（一八七二）七月，改福建淡水廳訓導為教諭，定學額八名。巡撫王凱泰奏請增臺灣噶瑪蘭一學，添設訓導一員（東華錄、三山同聲集）。
十二年（一八七三）十二月，召王凱泰入覲，以李鶴年兼署福建巡撫。
十三年（一八七四）十月，總督李鶴年奏參福建布政使潘霨，由捐納佐雜出身，心術陰柔、人品卑瑣。差委員缺多系捐班人員，以致物議沸騰，編造歌謠，黏貼街市；且有袒護同鄉結為朋黨及與將軍拜認師生各情。近日辦理日本事宜，卑詞下氣，求悅夷人，大失國體等語。奉諭：該藩司見在臺灣，其辦理一切事宜以及平日居官行事，沈葆楨知之必稔，即著按照李鶴年所參各節，秉公詳細查明，迅速據實具奏（以上東華錄）。
巡閱臺灣船政大臣沈葆楨奏請移駐巡撫，以專責成。略云：臣等曩為海防孔亟，一面撫番、一面開路，以絕彼族覬覦之心、以消目前肘腋之患，因未遑為經久之謀。數月以來，南北諸路縋幽鑿險、斬棘披荊，雖各著成效，卑南、歧萊各處，雖分列軍屯，祗有端倪，尚無頭緒。若不從此悉心籌畫，詳定規模，路非不已開也，謂一開之不復塞，則不敢知；番非不撫也，謂一撫之不復疑，則不敢必。何則？臺北延袤千有餘里，官吏所治，祗濱海平原三分之一，餘皆番社耳。國家並育番黎，但令薄輸土貢，永禁侵陵，意至厚也。而奸民積匪，久已越界潛蹤，驅番佔地，而成窟穴，則有官未開而民先開者；入山既深，人跡罕到，野番穴處，涵育孳生，則有番已開而民未開者；疊巘外包，平埔中擴，鹿豕遊竄，草木蒙茸，地廣番稀，棄而弗處，則有民未開而番亦未開者。是但言開山，而山之不同已若此。生番種類數十，大概有三：牡丹等社恃其悍暴，劫殺為生，暋不畏死；若是者曰兇番。卑南、埔裏一帶，居近漢民，略通人性；若是者曰良番。臺北斗史等社，雕題剺面，向不外通，屯聚無常，種落難悉，獵人如獸，雖社番亦懼之；若是者曰「王」字兇番。是但言撫番，而番之不同又若此。夫務開山而不先撫番，則開山無從下手；欲撫番而不先開山，則撫番仍屬空談。令欲開山，曰屯兵衛、曰刊林木、曰焚草萊、曰通水道、曰定壤則、曰招墾戶、曰給牛種、曰立村堡、曰設■〈石局〉隘、曰致工商、曰設官吏、曰建城郭、曰設郵驛、曰置廳署；此數者，孰非開山之後必須遞辦者？今欲撫番，曰選土目、曰查番戶、曰定番業、曰通語言、曰禁仇殺、曰教耕稼、曰修道塗、曰給茶鹽、曰易冠服、曰設番學、曰變風俗；此數者，孰非撫番之時必須並行者？雖然，此第言後山耳，其繁重已若此。山前之入版圖也，百有餘年，一切規制，何嘗興備？就目前之積弊而論，班兵之惰窳也、蠹役之盤踞也、土匪之橫恣也、民俗之惂滛也、海防陸守之俱虛也、械鬥紮厝之迭見也。學術之不明，庠序以容豪猾；禁令之不守，煙賭以為甕飧。官斯土者，非無振作有為、正已率屬之員，始苦於事權之牽制、繼苦於毀譽之混淆，救過不遑，計功何自？使不力加整頓，一洗浮澆，但以目下山前之規模推而為他日山後之風氣，雖多一新闢之區，適多一藏奸之藪。臣等竊以為未可也。嘗綜前後山之幅員計之，可建郡者三、可建縣者有十數，固非一府所能轄。欲別建一省，又苦器局之未成；而閩省向需臺米接濟、臺餉向由省城轉輸，彼此相依，不能離而為二。環海口岸，處處宜防。洋族教堂，漸漸分布。居民向有漳籍、泉籍、粵籍之分，番族又有生番、熟番、屯番之異。氣類既殊，撫馭匪易。況以創始之事、為善後之謀，徒靜鎮之非宜，欲循例而無自。使臣持節，可暫而不可常。欲責效於崇朝，兵民有五日京兆之見；倘逾時而久駐，文武有兩姑為婦之難。臣等再四思維，宜仿江蘇巡撫分駐蘇州之例，移福建巡撫駐臺，而後一舉而數善備。何以言之？鎮、道雖有專責，事必稟承督、撫而行；重洋遠隔，文報稽延，率意徑行，又嫌專擅。駐巡撫則有事可以立斷，其便一。鎮治兵，道治民，本兩相輔也，轉兩相妨。職分不相統攝，意見不免參差；上各有所疑，下各有所恃。不賢者以為推卸地步，其賢者亦時時存形跡於其間。駐巡撫則統屬文武，權歸一尊，鎮、道不敢不各修所職，其便二。鎮、道有節制文武之責，而無遴選文武之權。文官之貪廉、武弁之勇怯，督、撫所聞與鎮、道所見，時或互異。駐臺則不待采訪而耳目能周，黜陟可以立定，其便三。城社之巨姦、民間之冤抑，睹聞親切，法令易行；公道速伸，人心帖服，其便四。臺民煙癮本多，臺兵為甚。海疆營制久壞，臺兵為尤。良以弁兵由督、撫提標抽取而來，各有恃其本帥之見；鎮將設法羈縻，只求不生意外之事。是以比戶窩賭，如賈之於市、農之於田。有巡撫則考察無所瞻徇，訓練乃有實際，其便五。福建地瘠民貧，州縣率多虧累，恆視臺地為調劑之區；不肖者骫法取盈，往往不免。有巡撫以臨之，貪黷之風得以漸戢，其便六。向來臺員不得志於鎮、道，及其內渡，每造蜚語中傷之，鎮、道或時為所挾。有巡撫則此技悉窮，其便七。臺民遊惰可惡，而戇直實可憐。所以常聞蠢動者，始由官以吏役為爪牙、吏役以民為魚肉，繼則民以官為仇讎。詞訟不清，而械鬥紮厝之端起；奸宄得志，而豎旗聚眾之勢成。有巡撫則能預拔亂本，而塞禍源，其便八。況開地伊始，地殊勢異，成法難拘，可以因心裁酌，其便九。新建郡邑，驟立營堡，無地不需人才，丞悴將領可以隨時劄調，其便十。設官分職，有宜經久者、有屬權宜者，隨事增革，不至廩食之虛糜，其便十有一。開煤鍊鐵，有第資民力者、有宜參用洋機者；就近察勘，可以擇地而興利，其便十有二。夫以臺地向稱饒沃，久為他族所垂涎；今雖外患暫平，旁人仍眈眈相視，未雨綢繆之計，正在斯時。而山前、山後，其當變革者、其當創建者，非十數年不能成功。而化番為民，尤非漸漬優柔，不能渾然無間。與其苟且倉皇、徒滋流弊，不如先得一主持大局者，事事得以綱舉目張，為國家億萬年之計。況年來洋務日密，偏重在於東南；臺灣海外孤懸，七省以為門戶，其關係非輕。欲固地險，在得民心；欲得民心，先收吏治營政。而整頓吏治、營政之權，操於督、撫。總督兼轄浙江，移駐不如巡撫之便。臣等明知地屬封疆、事關更制，非部民屬吏所應越陳；而夙夜深思，為臺民計、為閩省計、為沿海籌防計，有不得不出於此者，敢不據實上聞。
十二月，葆楨率懋琦等履勘琅■〈王喬〉，奏請於琅■〈王喬〉車城南十五里猴洞設縣築城，縣名擬曰恆春。先設知縣一員，審理詞訟，畀之親勇一旗，以資號召；其餘武員、學官、佐貳，且置緩圖。又奏請後山招墾，查例禁內地民人渡臺及民人私入番境與番民結親者，盡與開豁。臺地鼓鑄鍋皿農具向禁私開私販及竹竿向禁出口者，悉弛之。
南路開山情形：自九月間袁聞柝越崑崙坳而東，張其光派副將李光繼之。十月一日，李營至坳東，袁營拔隊前進至諸也葛社。自崑崙坳至諸也葛，計程不過數十里，而荒險異常；上崖懸升、下壑眢墜，山皆北向，日光不到，古木慘碧，陰風怒號，勇丁相顧失色，不能不中途暫駐，以待後隊之來。二十日，都司張朝光率兩哨營於大石巖、張天德率隊至諸也葛，聞柝乃得拔營前赴卑南。諸也葛以下，地略平坦；但榛蕪未翦，焚萊伐木，頗費人工。聞柝累夜露宿空山，感受瘴癘，染病甚重；葆楨即委候補通判鮑復康馳往暫領其軍。其崑崙坳西境，時有兇番出沒，經張其光在內埔派隊出哨，槍斃一名、兜擒三名正法。聞柝病漸減，鮑復康亦到軍，自內埔至卑南派營分布，聲勢極為聯絡。
北路自蘇澳至新城，計開山路二萬七千餘丈；自新城至花蓮港，計開平路九千餘丈：統計二百里有奇。沿途碉堡，除蘇澳至大南澳已設外，添建十有二處。惟大南澳至大濁水溪，兇番充斥，狙殺行人；因於大南澳山腰再闢一路，旁通新城，一以避海濱懸崖之險、一以塞兇番歧出之途。經派千總馮安國帶勇涉溪五重，闢地十餘里。十一月十一、十三等日，勇丁正在開路，突有兇番千餘分段埋伏放槍；經守備黃朋厚等擊斃四人，始退。十五日，行至一崇山之麓，正在峽中開鑿，忽聞槍聲四起；抵禦兩時之久，兇番愈多。馮安國料番社中必空，分隊繞擣，果有草寮數百，闃其無人；惟見新舊觸髏，每寮或數十顆、百餘顆不等，穢臭難聞。旋乘暮風縱火，焚寮十數間，陳番始散。其駐濁水溪之勇，運糧路過石壁，突遇兇番，陣亡者二名、落海者四名。五里亭地面，復報稱兇番殺斃民人二名。羅大春以番族肆擾，山場遼闊，營勇不敷分布，函請添兵；葆楨以劄駐彰化之宣義左、右兩軍赴之。十二月，斗史武達、斗史麻達、斗史麻紀律、斗史麼、哥老輝等五社番目各帶番丁百餘人乞撫，經馮安國等分別誡飭，賞犒遣歸（沈文肅公奏議）。
——錄自福建通紀卷十八。
