夏四月初十日入院歲試，二十五日校場閱武，二十八日事竣。是月初八日，內地漳州海澄失守。二十五日，郡城守營火藥庫焚。時方閱馬箭，煙焰如山起，靜坐未動，聞其時已有奸匪伺其忙亂者（三月旱，鄉民戴柳圈入城者日以千百計，約於四月二十日假祈雨襲城。在試院仍夜禱，連得大雨）。
二十八日，臺邑中北路匪徒樹旗，中路委縣丞姚鴻、北路委署縣高鴻飛會營剿辦。高署令是日紮營灣裏街地方，賊來圍攻，督同弁兵開砲轟擊多人，自夜達旦。有積匪李石前一夕來營投首，高令未即加誅，曾為守備李雲龍線民；旋逃去，不知何往。該匪帶夥混入兵勇，竊去軍營火藥。次日，攻益急，後擊退，而糧餉未至，壯勇無食。初以去郡二十餘里易於接濟，乃為賊所阻截。向來屯兵處就近採買，茲附近各莊閉戶避賊，無從購買，眾將潰。於是，移營退行，隊伍遂亂。李弁乘馬逸，中途被各匪探知，乘機圍殺。高令麾眾退，手刃拒賊，被戕，頭顱並割去。外委謝奮揚、前縣丞汪昱之子汪兆蕃助殺賊，並被殺，分其屍。屯番與縣丁先負高令走，以體胖不勝，乃被賊追及，家丁、壯勇、屯番同死者百餘人。此二十九日午時事。是日，聞署鳳山縣王廷幹、典史兼興隆巡檢張樹春於二十八日並被害。前一日聞警，署參將曾元福帶兵出哨。該邑新城名埤頭，以竹為圍。王令先調義民林萬掌來城，帶領壯勇防守。林萬掌，番格也（娶番婦為室，謂之番格）。世為義民。其弟林萬能與壯勇首林恭及各匪裝作義民，砍城而入，直闖衙署，殺傷王令，割其首，攜之出。群匪肆搶衣物、貲財，囊括而去。張典史出而復返，救援印官，並被殺，亦喪其元。王令妻張氏被傷，臥路旁，居民移之家，見其將死，又曳之出；死，以葦席裹其屍，淺瘞於署後，卒為水所漂沒不可得。其姊孀婦孫王氏立溪水中，越日死，尸尚立水上。長子王鈞受九傷，未死。次子王湜方十歲，賊收為子，命呼父；曰：你殺吾父，是仇也，非父也。義民救出，並王令之妾，同匿火藥庫，賴參將曾元福防護得生。火藥庫在城內，極堅固寬敞，官兵遁入者數百人；曾元福聞變入城，奪門入此庫堅守之。賊以火攻、以水淹者數十次。糧盡，則密與居民約，以糧食出，使兵故為搶奪狀，運入庫；然被賊窺破，多被殺。火藥庫不失，則城陷而不陷；而軍火未落賊手，不至益橫。前參將安定邦與其妾皆前月死，賊聞其多藏也，破其棺，取釧飾，復焚其署。棺皆爐，餘骨數塊而已。子一、孫一、女一，在火藥庫得生。
鎮軍紮營北門外校場。
五月初二日五更後，聞城外吶喊聲；天明圍城，攻東、南、西三面。城上槍砲齊發，擊斃多賊。賊稍卻未退，登澄臺四望，城內無火起。手劍登埤，令兵勇縋城殺賊首級，予重賞。於是紛紛下城追殺，生擒上城，手刃梟示共十餘人。賊退，屯聚附近各莊，派飯封榖。初三日以後，嘉義城被賊攻數次未破，鳳山火藥庫疊被圍攻。嘉義縣營連獲勝仗，拏獲首從匪犯多名。
初四日夜間，喊聲遙起，賊攻撲郡城小東門。時，海兒病痢極危，二十餘日粒米不入口，每晝夜潟痢百十次，萬無生理，只可聽之不顧，免死賊手耳。然奄奄未絕，終難棄之。是夜令顧姬用衾裯抱裹，越署後圍墻，緣梯攀樹，踰入附近之紳士黃應清閑屋內暫避；桑姬同榮、元兩女亦逾牆入民家。嗣聞賊仍退，海兒在小屋內湯藥皆不能應手，熱益甚。次日夜間，密使人往覘之，危在呼吸；不得已，又令毓恆姪背負踰牆而返，二姬亦後歸。姪孫醴泉之婦張氏，孀居二年，相從不忍去，能操土音，故居民肯納之。海兒病至六月，已數旬不食，忽坐起索韭菜面餅，連吞三枚；從此，進米粥。有道士名海上方者，素不令治病，不得已姑試之，服其藥數劑而漸瘥。家人迫移居，曰：無妨也。外間童謠云：少爺好，賊就了。初二日早辰，賊攻城時，顧姬已抱之出室。時屋上皆壯丁持刃環伺，家丁各帶刀劍利器入內宅將護之出，兒已昏暈；旋聞賊退，仍寢之床。生死間不容髮，一線之不絕者天而已矣。初六日大雨，賊又來撲東南門，擊退。
初七日以後，嘉義仍告急，道路不通。以印函綑卷如針入煙管中，或藏草鞋內，或置髮際，然往往被賊搜出，殺之。
初十日，鎮軍移駐浦姜頭地方，賊屢攻營，皆擊退之。
會銜拜摺一次。
十一日以後，日夜分派丁勇出哨。賊勢日熾，謠言夜間攻城。夜宿城上，天明出北校場巡營，冒雨點派弁兵及義勇分起往大穆降地方擊賊，因雨未能痛剿；然賊勢少衰。十五日以後，議派兵南征。委署游擊夏汝賢、候補縣鄭元杰督帶兵勇二千餘人，又派西螺壯丁一千人、水師兵丁二百餘名，並諭粵民分路協剿（郡城外席地坐，以酒與壯丁同飲，送其行）。
二十六日，單銜拜摺第二次。
六月初一日，夏游戎帶兵至城外駐紮。臺灣府裕守以自郡至鳳山皆賊莊，全軍覆沒，奈何！應之曰：余同死。兵紮城外不行，余出令斬之，並自刎；眾止之，乃啟行。兵出城，而賊莊皆改樹義旗，先畏賊而不知官兵尚能前來也。局近鴻指園，有荷池，余坐其旁。或問之，指荷花曰：鳳山不收復，此花下覓吾尸可也。
初二日以後，沿途遇賊接仗。
初七日，官兵克復鳳城。委前淡水廳史密、臺防廳洪毓琛督帶壯勇、屯番赴鎮營協剿，澎湖營游擊王國惠帶兵四百名赴鎮營。
初八日以後，連次勦捕北路賊匪。
十五日，移軍大社地方。
十六日，渡曾文溪，移軍茅港尾。
十七日，大風雨，平地水深數尺，至旬日末止。
十八日，單銜拜摺第三次。
十八日以後，北路賊漸窮蹙分竄。連日報獲首從逆犯多名，由郡局及兩路軍前正法。各莊民皆立義旗助剿，獲戕害高知縣之首犯李石、從犯張添、李知仔，先後委員押往該故員柩前凌遲，令其子高人鏡監視行刑，剖心致祭。獲戕害王知縣之從犯黃汶從，令其屬立該故員牌位於高故令之右，亦剖心祭之。
七月初一日，鎮軍起營往嘉義，賊匪將逃入內山。有義首葉占春、葉陽春居山前隘口截之，賊首以千金並馬匹假道入山，不許；同各莊民圍捕，拏獲偽大元帥、偽軍師、偽先鋒多人解營內。要犯檻送郡城，審明正法。
初十日，單銜拜摺第四次。
十二日，鎮軍軍營單銜拜摺第五次。
十四日，鎮軍凱旋回郡，鳳山縣營報獲偽元師、偽軍師等犯。督兵赴東港一帶追剿逸匪，賊復糾眾拒敵，擊敗之，殲擒多人。
獲洋盜首犯紀貓生，系與內地會匪糾約來臺滋擾之犯；並獲其夥匪二十餘人，分別正法。
十五日以後，獲偽總軍師施神助等凌遲正法。偽軍師為統轄各偽帥者，坐居中，各偽帥皆拜之，唯令是從。有公案，簽筒、筆架、刑杖畢具。乘官轎，鳴鑼開道。擄獲官人，請偽令發黑旗殺之。黃紙封條寫「大昌國去清復明天德王大元帥」。或云：「鎮東、鎮南大元帥」，旂幟亦大約相同。偽印皆是木戳，刻「某路元帥」等字。賊皆以紅綢束之腰間，鄉民進雞鴨，不許縛，不去其首，蓋自避忌諱云。賊有偽令，殺何項官職，即以其官封之；故必取首領以獻功。自五月初至七月中旬，太守裕鐸佩刀夜宿城上小樓，大風雨不止，以手擎蓋蔽之；四圍皆藏火器，不敢設燈燭，蚊蚋齧其身殆遍，計七十餘日。賊撲城時，手燃自製竹砲擊之。
八月初一日以後，洋面匪船出沒無定。
澎湖營拿獲匪船三隻、盜匪三十餘人，犁沉船一隻，起出內地小刀會匪偽印布及奪獲砲械多件；各犯即令就地正法。獲犯供攻郡城時，見城上人馬無數，有女兵、有孩子軍，重疊如山。城外天后廟、太子廟顯靈，云賊初至，有白髮老者叩人門戶，催令上城，婦孺皆運磚石，紛紛擊賊。內宄持刀，從巡城各官後，臨時皆入鞘，拔之不能出。有見黃旗立城上，偉然丈夫，俯臨堞間；皆謂開臺王出現云。自五月朔起、至七月初旬止，城堞燈火如星列，義民壯丁以數千計，刀槍密如櫛，晝夜出入其中；夜半偶下城，各巷口亦刀械林立，不至為奸宄所害，亦幸矣。
署中衣物無多，皆不顧。惟書籍卷冊三十年心血所存，不忍付之兵燹，始而埋甕於地以藏之；繼移至軍工廠神龕內，並語紳士門人：萬一有變，請寄之家。事定取出，皆為白蟻所蝕，盡為虀粉。愛之適以害之，過於求成而反敗者，類如此。然民間謠傳皆金葉云。衣箱止六只，端午發賞各書役，皆不肯領。
署幕皆挈眷不知所之；事定，稍稍復返。誓守不去者，姪毓桂、蘇人王禮堂二人而已。毓恆姪持戈從行，尚不至退怯耳。通州人張九金，扣佩刀相從，帶壯丁巡行。
七月間，天西北一星光芒上射數尺，其形似戈，想即欃槍也。數日而沒。
顧開泰，如皋人，向游幕鳳署，不及於難，孑身外竄。事平至署，言鳳山事甚詳。亂將作前數日，夜聞鬼鬥聲，俗云陰兵造反。此劫數之不可逃歟！
日居郡局附近之鴻指園，夜間巡城。兒病沉，不能顧，惟屬家丁妥寄其骨於故土；自以落齒二及手足指甲封寄於弟，如事不可為，以此附劫先塋。
五月十九日，有旨令帶弁兵內渡剿賊，制軍復奏以臺匪滋事，不果行。
內地會匪黃得美，富豪也。武生林俊，為永春州逆首，世代皆紳衿望族。臺郡內應者，皆謂廩生許廷道（即許大砲）。其人平日結交奸匪，為游惰之士，有立旗寫其名為偽帥。其叔聞之，灌以毒而斃之，報官存案。日久，聞其仍在城廂藏匿未死。八月十八日鞫其母並妾婦等，始獲案；驗其埋葬處，委員開棺視之，止存衣履，無尸身。蓋死後夜間復抽棺底昇出救甦，吞煙後，有伍姓以藥治活。該犯自斃奏疏已具，幸而中止。海外與內地不同，萬一疏失，內地有事之秋，難以復全，密請制軍遴鎮道人員以備瓜代。重洋迢遞，文報往返，不能以時日計，接替尚不知何時。一日在官，一日責無旁貸；然未可僅持「城存與存」之見，而不為遠慮。制軍乃疑其與鎮軍意見不合，且以「意存推諉取巧」揭參請處。原稟內有「病軀力竭計窮、萬難支持」之語，兩年以來告病已四次矣，非臨時巧避也。鎮軍精力委頓，遲遲進兵，亦未能因私廢公也。
高鴻飛陣亡後，有人見其夜間制梃往來郊原，傳說賊匪攻城亦見之。數旬後，歸其元，面如生，奏聞。曾任彰、鳳等邑紳士有代備訃文於書院設奠者。
臺地儲備空虛，逸安無事，已支持不下。今本年軍餉尚未解到，全恃向紳商籌借苟延，此必不得已而去兵、去食之時矣。夢擬一聯：精力已竭、計慮已窮，留文章、功名、事業於人間，嘔血救民、舍身報國；解官不能、請餉不得，置貧富、貴賤、死生於度外；丹心照海，赤手擎天。作勸民歌云：莫做總大哥，一身留首禍。派飯眾人飽，分錢眾人多。一朝打敗了，拿你當奇貨。領賞又請功，多半系同夥。二百餘年來，饒了那一個？莫從總大哥，拿你擋砲火。父母絕禋祀，妻子熬饑餓。都是好百姓，何苦入網羅！多少大元帥，到底何人做？
八月二十九日公出，往鳳山安撫難民。三十日抵縣，提犯林芳等九名審明凌遲處死，剖心致祭王故令、張故典史。初二日，親往哭奠。提前縣門丁追出侵蝕銀洋五百元，以四百元給已故令之子、以五十元給張典史之子、以五十元給已故下淡水縣丞趙啟光之母。兵丁有搶屠肉者，插箭游街。是日，提犯蘇棟等十六日正法。初八日，提首犯林恭正法。傳言中途有截劫者，故出其不意剮之，仍據實附奏。初九日至粵莊內埔，駐莊外帳房，令粵人撤堆，以便難民歸莊。粵人六堆，分前後左右之六營也。閩、粵皆息爭相安，始允紳士之請入莊。十三日，回縣城。十四日，沿途查勘被害阿猴、萬丹等莊，住山豬門劉都司署。十五日回郡，接頭圍縣丞王衢稟報，噶瑪蘭廳董正官八月十四日捕賊遇害，被戮首領而去；檄王衢代理剿辦。後王衢誘奸民入署手刃之，地方始定；首從逆犯以次就擒正法，首犯臠祭董正官。事竣，請奏加優獎。
十月，淡水廳屬閩、粵分類，獲犯張阿達等三十二名；漳、泉分類，獲犯廖狗漢等八十三名。斬之。
十二月，郡城兵丁械鬥，互有死傷，槍斃居民二人。親往諭止查辦。某日，眾兵鬨至道署索餉大譁，毀其窗牖。署中幕丁疑寇至，皆越牆遁。余升堂面諭，言語不通，但鼓噪而已。各營將備來，驅之去。將具奏，又固求免，環跪請罪。因率其隊長同赴內宅，令搜檢箱籠，並撬地扳令視之；又帶往帳房，啟匵驗之，皆見其空空如也。主將請自發落（聞其棍責者，皆先給錢），實則疑道署有私蓄而慫恿滋鬧也。營務尚可問乎？初邵內宅存銀二千兩，發局鑄洋蚨發軍餉；衣服兩笥，發交各書役為節賞；皆固辭封識存庫。事平，另給賞取回。然其始，官紳皆謂藏蓄多金也。
五月初十日，致鎮軍手札：此時不由中路殺進南路，則鳳山火藥庫必失；火藥庫失，則郡城必危。我輩不死於賊手，終死於國法。與其死於法，毋甯死於賊。惟有舍命一戰而已。弟言盡於此矣（時鎮軍紫營北門外）。
致各司道書：自過海上岸，耳聾喉喑，恐叩謁兩院不能明晰面陳。謹瀝敘下情，伏祈婉達。上年逆匪擾亂，各處同時並起。恆鎮主屯兵暫守，兼顧郡城，弟主進兵速戰。是以第二次單銜摺內，有「能守方可速戰、非戰不能久守」之語。主戰者，兵貴神速，慮其老師糜餉；且料定官兵一到，脅從即皆為義民，可期必勝。主守者亦為兵單賊眾，不敢輕進，致失機宜耳。不久，南路剋期收復，北路不傷一兵，大獲全勝，而後郡城重地得以安全。既於公有濟，似不必再問其意見之異同矣。當其勢處危急，不及詳呈印牘，於城樓用寸箋率書一二行，飛報內地。實以此次與往年偶爾滋事情形不同，且與往年內地安靜兵餉計日可到之時不同。彼時臺、鳳兩縣官一、二日連被戕害，軍民皆謂鎮道必不免罷斥。若輩安知聖恩優渥，准其將功贖罪；五日京兆，漸至號令不行。況餉需短絀，兵勇難保必無內變，恐全臺皆震，非密請及早派員前來，萬一如漳州鎮道之同日遇難，則海外一隅失而復得不知何時；即不至戕害，受恩深重，豈得以一死了事，不顧其後？目擊恆鎮軍疲憊已極，弟痼疾日深，數十晝夜風雨奔馳，殘喘一線。其危殆情形，皆萬無生理。此時固不容稍存戀棧之私，亦不暇計及規避上巧；幸而保全，實賴皇上洪福，非盡人力也。近年疊次求退及臨時陳明病軀苦情，皆為地方起見，仍照常辦事，將臺屬逆案、鬥案次第完結，並不敢稍存諉卸之心。再，郡城圍困時，鎮軍駐營北郊，聞有兵丁持刀直入帳中，外間百姓漸致訛言激變；及探聞密稟另請署鎮，人心稍定。外間見弟病容，風謠更甚。前後左右，大半皆賊。勝從（？）賊之人，刻刻寒心，紳民以重貲專僱快船內渡請員，大局方能保固。十日後，密遣兵丁故為造言：道缺委來道、鎮缺委呂鎮，業已配渡，不日即至；遠近皆見安靜，似草稟數行，亦不為無益。即今邵署鎮瓜代，極為得力，究於地方有益，何嘗為一官計耶？惟究系冒昧上瀆，咎無可解，此時萬不敢再自引退；如俯念海外勤苦六年之久，准其乞休。感甚！幸甚！
答某友書：海外數年，艱苦萬狀；幸荷天恩，得晉一階。自揣精力已頹，然內渡登岸，近在省垣，諸事有所秉承，非比獨當一面，責任綦重。且治理刑名，為一條鞭之事，尚可勉竭駑駘，期無隕越。當伏汛風暴冒險而來此，度德量力，自知尚明，不敢廢棄而甘受推諉之責。若仍畀以軍務重任，精神不能周到，終誤機宜。一身之存亡不足計，如國事何？當此時勢孔棘之秋，居官者存畏難之見，不可為臣子、不可為屬吏；然不畏事須能了事，如不自揣量，但曰死而後已，完名全節，自己之事則了矣，於國家奚裨焉？不敢誤公，故不敢諱病；不敢昧良，故不敢告病。有一分氣力，辦一分公事。仕止久速，用舍行藏，任天而已。
寄湯敬亭書：近況累牘難罄，征塵乍拂，不及作札，謹將上年疏稿寄呈，可以知其顛末矣。自述一卷，聊代面譚；拙詩並呈一粲。金陵似可挽回，吾鄉或當為樂土。此時，我輩尚有命、尚有家，即為萬幸。仲弟幸博一甲科，仍以原官銓同知，而偏得安慶一缺，命窮固無如何也。去秋由天津挈眷口浮海至山東回南，同受風波之苦，亦前定耳。尚未知赴任否？
自題詩錄卷首：癸丑臺陽寇警，僕人以書笥入地藏之。事平，偶憶及，似有來告者，亟取之，白蟻食者過半矣。再遲，則為劫灰矣。零箋斷簡，攜至省垣。林廉叔上舍，博學士也，為補綴之。詩鈔五卷，復摭拾錄為一冊，公餘重加校訂藏之。
存稿自記：咸豐癸丑臺陽寇警，僕人以書笥窟地藏之，愳其半生心血化為劫灰也。逾三月，全臺平，鄉人王禮堂發其覆，皆成泥沙，為白蟻食者過半矣。擬存什之四、五，殘篇斷簡，攜返榕城。於乎！宦遊三十餘年，存者僅此耳。道路萑苻之患、風濤戎馬之驚，尚不至即與草木同腐，又幸之幸者也。甲辰祀灶日，記於五福巷旅邸書館。海兒隨侍，授四子書，是日讀畢，並記之。
斯未信齋全錄，三十餘年心血所聚也。鞅掌道途，必攜挈不離左右。癸卯仲冬月既望，辭閬郡，往成都，以補鈔詩錄並入篋中，交陳姬、桑姬謹藏之。行至廣元，余由成都繞行至嘉平。十三日，並歸棧道。除夕，抵長安。甲辰新正六日，自長安登車而東。二十四日，至山左濟州，迎侍慈輿言旋。二月六日，內子偕聶姬先由陸路南歸，以茲集諭屬攜回家中；以家人請壓車轅，須用書笥乃穩重也。行至袁浦，買棹沿流而下。二十九日，泊淮揚之臺北口。夜有盜入，攫兩書篋登岸，剖而視之，仍棄河干，茲集在焉。錦繡珠玉不足惜，惟筆墨精力所存，心焉擊之。隨帶萬餘里矣，乃竟片紙未失，喜且欲狂。宦游二十餘年無長物，所積蓄者，此耳。然行裝亦粗具，衣囊賴此以遮護之，穿窬者在此不在彼，又未始非平日鑽故紙之功也。五月望日，舟抵姑蘇。偶檢閱之；附記以誌幸（補錄）。
斯未信齋全集數百卷，皆以臺產雞皮紙為面底，削樟木為夾板，分冊繫之以帶。樟能辟蠹，故年久無殘損，乃一朝而為塗炭。然以紅絲格書者皆無害，蓋硃砂之氣不能近也。古人丹鉛並用、不廢研硃者，今而知其用意之有在矣。又聞粘糊以礬或椒漬水為之，則不生蟲；以浸書板，亦可久云。並記之。
臺郡紳耆陳泰階，余己卯同年也；敦行績學。子尚恂以選拔出余門，助其貲應朝考。歸數日，而泰階病歿。不久，而尚恂亦逝。惜哉！其伯陳震曜，由陝西州同引疾歸，亦篤行君子也。子尚恭，舉鄉闈，余所取進，入庠鄉榜出余門人王蓮叔（師儉）之房，望其連捷。旋聞震曜亦故，聞訃而返。邑有忠信，地方之指臂，此為宰之須得人也。乃相繼而歿，亦地方之運數歟！震曜著有歸田問俗一卷，論時事甚剴切。
