忽必烈未给他的后人解决的比较特殊但是很重要的问题是帝位继承，在蒙古帝国的历史中，它总是引起不安和紧张的因素。忽必烈无力解决这一问题，部分是因为蒙古人的帝国是成吉思汗所有子孙的共同财产的观念与汉人的君主专制观念相抵触；还部分因为在忽必烈时期的一些偶发事件。［1］ 忽必烈不能将家产封建制的蒙古国家完全改变为君主专制的中原式政府，他也没打算这样做，当出现帝位继承问题时通过忽邻勒台在皇子中选择新的大汗的传统做法不能被否定。［2］
忽必烈为维持他的皇帝特权，试图用中国方式来确定他与正后的长子为正式的继承人，他选定了真金（1243—1285年）为正式的继承人，但真金在1285年去世，比忽必烈本人的去世早9年，［3］ 忽必烈的尝试中途夭折。由此造成的后果是，在后忽必烈时代，经常在前朝大汗提名的继承人和要求通过“选举”即位的人之间为争夺帝位产生激烈的抗争。
后忽必烈时代的帝位之争与以前的汗位之争有三点不同。第一，竞争者的范围只限于忽必烈的后人，特别是几乎清一色的真金后人。因为在蒙古人中有这样的共识：元朝是忽必烈创建的，其他皇族成员能够在各次帝位之争中作为支持者参加新皇帝的选举，但是他们自己不能参加帝位的竞争。真金的后人最有帝位继承资格是基于这样的事实：真金是忽必烈的长子并且是他指定的继承人。
第二，宫廷中有权势的大臣在新汗即位问题上起着越来越重要的作用，而皇族成员的作用日益降低。［4］ 在传统蒙古制度下，是由蒙古诸王和王妃来决定“选举”的进程。官员（那颜）作为皇族成员的属下参加忽邻勒台，但从不允许他们独立发表意见。大臣在新汗即位问题上越来越起着重要的作用，显然是忽必烈加强中央集权和政府官僚化的结果，也是元政府的家产封建性质因而削弱的结果。
第三，帝位继承经常引起纷争，两种候选人交替登基，一种立足于中原，正常情况下得到在首都的大臣们的支持；另一种立足于草原，常常统率着强大的驻边军队。这两种利益关系和背景完全不同的候选人的交替，加上一系列皇帝在位时间很短，导致了政府的一般政策尤其是文化倾向的大幅度摇摆，使得这一时期的政治变化无常。
［1］ 关于整个元代帝位继承危机的研究，见[852]萧功秦的《论元代皇位继承问题》；亦见他对也可蒙古兀鲁思（即忽必烈即位前的蒙古帝国）汗位继承的研究[851]《论大蒙古国的汗位继承危机》。关于一般游牧社会缺乏有效的继承制度的研究，见[113]傅礼初的《奥托曼帝国中的突厥—蒙古人的君主制传统》和[112]《蒙古人：生态环境与社会视野》，特别是后文的第17—18页、24—28页。
［2］ 关于忽邻勒台在“选举”蒙古大汗时的作用，见[549]箭内亘的《关于蒙古国会忽邻勒台》；[811]周良霄：《蒙古选汗仪制与元朝皇位继承制度》；[103]伊丽莎白·思迪科特-韦斯特：《元代的中央机构》，特别是第525—540页。
［3］ 关于真金的去世和他的影响，见[848]黄时鉴：《真金与元初政治》。
［4］ 见[852]萧功秦：《论元代皇位继承问题》，第30页。
