明世宗、穆宗、神宗、光宗、熹宗五朝「實錄」所載閩海關係史料，幾均與臺灣直接、間接有關。欲探究明代與臺灣的關係史，搜輯這些史料，實有其必要。「文叢」在前輯第二八九種「明經世文編選錄」「弁言」上，嘗指出『有明中葉以下，東南海上騷然；外由日本、荷蘭，內因「流民」、「海寇」，臺灣漸成為各方逋逃、越販以至拓殖經營的對象。其間相互關係，極為錯綜複雜』。本書就上述五朝「實錄」所輯部分，即為當年這種極為錯綜複雜關係的史料。至在世宗以前，諸如福建沿海衛所城池的建置以及彭湖（即後來之澎湖）汛地的墟棄等閩海大事，未嘗上溯採輯，事固可憾；但就明代與臺灣（本島）關係而言，斷自嘉靖之世，毋寧較為接近。「明實錄」卷帙浩繁，今用以輯選者已及其半。至所據板本系屬中央研究院歷史語言研究所校印本，並就其所附各朝「實錄校勘記」分別酌予訂正（「校印本」原以國立北平圖書館紅格鈔本為底本，遇有缺卷缺頁，據別本編補。其中「熹宗實錄」天啟四年所缺各卷原本遺佚，另據一種來源不明的異本——梁鴻志影印本「熹宗天啟實錄」所載附入參考；而「梁本」轉錄有「兩朝從信錄」等書紀事，故是年所選並附有資料出處之註腳）。
明時的臺灣，在「實錄」上初以「東番」之名出現，而後以雞籠、淡水著稱（「明史」外國列傳因有「雞籠山」篇）。陳第「東番記」首云：『東番夷人，不知所自始，居彭湖外洋海島中；起魍港、加老灣，歷大員、堯港、打狗嶼、小淡水、雙溪口、加哩林、沙巴里、大幫坑，皆其居也』。張燮「東西洋考」「雞籠、淡水」篇：『雞籠山、淡水洋，在彭湖嶼之東北，故名北港、又名東番云』。「明史」「雞籠山」篇，即襲「東西洋考」所云。所謂「東番」、所謂「雞籠、淡水」，當初顯系專指某一地段而言。其直接例證，如「東番記」所指東番僅屬自魍港至大幫坑；間接例證，有萬曆四十四年福建巡撫黃承玄「題琉球咨報倭情疏」云：『今雞籠實逼我東鄙，距汛地僅數更水程。倭若得此而益旁收東番諸山以固其巢穴，然後蹈瑕伺間，惟所欲為』（崇禎間，陳子龍、徐孚遠等將黃疏輯入「皇明經世文編」，並加旁注云：『雞籠在琉球之南，東番諸山在雞籠之南』）。繼隨時間推移，逐漸互為代替以至以偏概全；猶之後來定名之臺灣（由大惠、大灣、大員等轉音而來），初就現今之臺灣本島南部而漸涵蓋全島，以訖包括澎湖在內。「東西洋考」云云，職是之故。至於臺灣之名，至明末始見於官文書記載。崇禎年間，給事中何楷奏陳靖海之策，其言曰：『……賊窟為何？臺灣是也。臺灣在彭湖島外，水路距漳、泉約兩日夜。其地廣衍高腴，可比一大縣』（見孫承澤「春明夢餘錄」轉引）。是以「明史」外國列傳「琉球」篇在『萬曆四十四年日本有取雞籠山之謀』下續云：『其地名臺灣，密邇福建』。本書不見臺灣之名，因作說明如上，以供參考。
至於明季崇禎一朝，雖未有官修「實錄」，但亦有幾種相類的文獻流傳。其中「明□宗□皇帝實錄」、「崇禎實錄」及「崇禎長編」（二卷本）三種，「文叢」已分別另刊專書（前兩種合稱「崇禎實錄」，後一種即以原書名印行）；本書今就另一種「崇禎長編」（殘本六十六卷）選出部分關係史料，作為「附錄一」。惜原書所見起於天啟七年八月至崇禎五年十二月止，六年以下全付缺如。由於「崇禎長編」所選均與鄭芝龍有關，因再由中央研究院歷史語言研究所編印之「明清史料壬編」選出四件相關的案稿，作為「附錄二」。關於鄭芝龍的史料，前已從「明清史料」「乙編」、「丁編」與「戊編」選出二十七個文件，編為「文叢」第一五七種「鄭氏史料初編」；「壬編」晚出，未及選入。這一附錄，因名曰「鄭氏史料初編補輯」（「壬編」原有鄭氏史料八件，內四件與「戊編所收」重複，已見「初編」。（吳幅員）
