乾隆五十一年，逆匪林爽文滋事，城毀。蕩平後，公中堂福奏請移設離舊縣十五里之埤頭地面，仍用刺竹栽插為城，建門樓四座。嘉慶十年冬，洋匪蔡牽擾臺，城又陷，蕩平後，欽差大臣賽以埤頭離海較遠，不能兼制海口，古人建縣興隆，大有深意，既可控山，亦可控海。奏請移回舊城。事平，埤頭居民祗將殘缺竹城補葺，安士重遷，延未移建。

　　道光四年，又有賊匪楊良斌之變。於是，有官民捐資移建之議。道光五年，攝理臺灣府方，詳照原奏，就興隆舊城基址，移向東北，將龜山圍入城中。城身俱用打鼓山石砌築，計丈周圍八百六十四丈，城基挖深三尺，用石填砌，以固根本。平地度以弓步量明，底寬一丈五尺，頂寬一丈三尺，自地至頂，築高一丈四尺，雉堞高五尺四寸，統計一千四百六十八堵，並細按方隅，分築東西南北四門。建城樓，並築水洞，以通城內溝洫；仍相度扼要之區，建築砲臺四座，以當其衝。即於是年七月十五日興工，至道光六年八月十五日一律完竣，計費工料番鏹銀九萬二千有奇。（道光十年四月初五日楊文顯、吳尚新、蔡國香同採）