康熙二十三年（一六八四、甲子）春正月二十一日（丁亥），福建提督靖海將軍侯施琅疏請設臺灣鎮守官弁。上問大學士等曰：『爾等之意若何』？李霨等奏曰：『據提督施琅奏云：「臺灣有地數千里、人民十萬，棄之必為外國所踞；奸宄之徒竄匿其中，亦未可料」。臣以為守之便』。上曰：『臺灣棄取，所關甚大。鎮守之官三年一易，亦非至當之策。若徙其人民，又恐失所；棄而不守，尤為不可。爾等可會同議政王大臣、九卿、詹事、科道再行確議具奏』。尋議政王大臣等議覆：『行令福建督、撫、提、鎮詳議』。從之。

二月十四日（庚戌），福建提督靖海將軍侯施琅疏請將揀選征臺官兵九百餘名補入內地官兵數內。上曰：『進剿臺灣官兵衝冒險阻，遠涉波濤，效力甚久。今海逆方平，即行裁去，殊屬可憫！理當存留。應行文展界尚書杜臻、學士席柱並料理錢糧侍郎蘇拜等公同會議，將閩省陸路官兵內裁汰老弱，即以征剿臺灣官兵補額，務令得所』。

三月初五日（辛未），福建巡撫金鋐疏報海上烏洋、舟山偽將軍房錫鵬、周雲隆、偽都督阮繼先率偽官一百餘員、兵四千一百餘名投誠。下部知之。

初六日（壬申），以福建投誠偽將軍劉國軒為直隸天津總兵官。

－－以上見「大清聖祖仁帝皇實錄」卷一百十四。

夏四月初二日（丁酉），天津總兵官劉國軒陛辭。上諭曰：『臺灣地方阻聲教者六十餘年，爾素懷忠誠，值施琅督兵進剿，首先歸命；是以特授為總兵官，以示優眷。但天津地方近在畿輔，與別省不同；爾宜加意撫輯，使兵民相安、盜賊屏跡。且爾從閩海來歸，並無親知故舊，當盡職以副朕懷』。又諭曰：『朕嘉爾海外倡率歸誠，且孤身遠來；今當赴任，殊為可念！故於常例之外，賜爾白金二百兩、表里二十疋、內廄鞍馬一匹，以示異數』。

十四日（己酉），差往福建料理錢糧侍郎蘇拜會同福建督、撫、提督疏言：『臺灣地方千餘里，應設一府三縣，設巡道一員分轄。應設總兵官一員、副將二員、兵八千，分為水陸八營。澎湖應設副將一員、兵三千，分為二營。每營各設遊、守、千、把等官』。從之。

十六日（辛亥），九卿等議覆：工部侍郎金世鑑疏言：「皇上德威遐布，海外悉寧。浙江沿海地方，請照山東等處見行之例，聽百姓以裝載五百石以下船隻，往海上貿易捕魚；預行稟明該地方官登記名姓、取具保結、給發印票，船頭烙號。其出入，令防守海口官員驗明印票、點明人數。至收稅之處，交與該道計貨之貴賤、定稅之重輕，按季造冊報部。至海口官兵，請於溫、臺二府戰船內各撥二十隻，平定臺灣所獲哨船撥八十隻，令其分泊，防守巡邏」。俱應如所請』。從之。

五月初二日（丁卯），調浙江總督王國安為福建總督；裁浙江總督缺。

初十日（乙亥），陞參領楊文魁為福建臺灣總兵官。

十八日（癸未），臺灣總兵官楊文魁陛辭。上諭曰：『臺灣遠在海隅，新經底定。將弁立功者頗多，俱未簡用；因爾係舊人，可以委任，故特簡為總兵官。彼處新附兵丁以及土人、黑人，種類不一；向來未沾教化，不知禮義。爾蒞任，務期撫輯有方；宜用威者懾之以威，宜用恩者懷之以恩。總在兵民兩便，使海外晏安，以稱朕意。至於海洋為利藪，海舶商販必多；爾須嚴飭，不得因以為利，致生事端，有負委託』。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷一百十五。

秋七月二十二日（丙戌），召問學士席柱曰：『朕前日未曾問及提督萬正色、施琅，伊等品行若何』？席柱奏曰：『陸路提督萬正色為人忠厚和平，居官亦優』。上曰：『萬正色前督水師時，奏臺灣斷不可取。朕見其不能濟事，故將施琅替換，令其勉力進剿，遂一戰而克。萬正色、施琅二人今相睦否？席柱奏曰：『二人陽為和好，陰相嫉■〈女石〉』。上曰：『施琅何如』？席柱奏曰：『施琅人材頗優，善於用兵；但行事微覺好勝』。上曰粗魯武夫未嘗學問，度量褊淺，恃功驕縱：此理勢之必然也』。

九月十三日（丙子），兵部題：『原任福建總督姚啟聖修理兵船、兵器浮冒錢糧四萬七千餘兩，應行追賠』。得旨：『姚啟聖攻取臺灣，著有勞續；著免其追賠』。

十四日（丁丑），戶部等衙門遵諭議覆：『福建、廣東新設關差，止將海上出入船載貿易貨物徵稅，其海口內橋津地方貿易船車等物停其抽分，並將各關徵稅則例給發監督，酌量增減定例』。從之。

二十六日（已丑），兵部等衙門遵旨會議：『續順公沈瑞於康熙九年襲伊叔沈永興公爵，康熙十三年逆賊劉進忠反，沈瑞被擄臺灣。雖受偽印，但其時沈瑞年纔十三，尚在幼少；且不忘國恩，協謀內應，以待我大兵。至康熙二十年十一月為同謀偽鎮朱友出首，全家被害。此公爵仍應世襲；俟查明應襲之人，具題承襲』。從之。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷一百十六。

冬十月二十五日（丁巳），九卿、詹事、科道，遵旨會議：『今海外平定，臺灣、澎湖設立官兵駐劄；直隸、山東、江南、浙江、福建、廣東各省先定海禁處分之例，應盡行停止。若有違禁，將硝黃、軍器等物私載在船出洋貿易者，仍照律處分』。從之。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷一百十七。

十二月初三日（甲午），戶部議覆：『福建巡撫金鋐疏言：「康熙二十年，綠旗官兵俸餉不敷銀四萬五千六百兩，請行撥補具題」；應如所請。但冊內有海澄公黃芳世多支司庫銀二千三百六十兩，相應著伊家屬賠完』。得旨：『黃芳世效力行間，且又身故；所用錢糧，著免其追賠。餘依議』。

十三日（甲辰），先是，侍郎蘇拜等疏言：『鄭克塽、劉國軒、馮錫范、明裔朱桓等俱令赴京。其武職一千六百有奇、文職四百有奇，或願回籍、或願受職，應聽部察例議敘；兵四萬餘人，願入伍、歸農，各聽其便』。上命鄭克塽家口親族及劉國軒、馮錫范本身家口，俱令遣發來京。其偽官並明裔朱桓等，俱於附近各省安插墾荒。餘如議』。至是，鄭克塽等至京；上念其納土歸誠，授鄭克塽公銜，劉國軒、馮錫范伯銜，俱隸上三旗。仍令該部撥給房屋、田地』。

十四日（乙已），諭兵部：『征剿羅剎所需籐牌、官兵，應分遣司員至山東、河南、山西三省於安插墾荒福建投誠官兵內選擇五百人，令地方大臣給銀贍其妻子，兼為整裝遣行。又傳令八旗漢軍察明福建等處投誠官兵內善用籐牌及滾被刀者，勿論主僕，開列名數並器具送部。其在天津鄭克塽、馮錫范諸處。亦遣人察取前項人員、器具。聞福建有雙層堅好籐牌，移文提督施琅選取四百並所用片刀速送至京』。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷一百十八。