初九日（己未），上即皇帝位。

二十九日（己卯），山西道御史余縉疏言：『舟山宜守，小門宜防；請於小門安置砲位，嚴添防戍，以保全東南疆土」。下部速議行。

二月二十八日（戊申），戶部議覆：『江南總督郎廷佐疏言臨江、臨海百姓修理烽墩，奉法惟謹，應予豁免丁徭，略示優恤』。從之。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷一。

三月初九日（戊午），平西王吳三桂疏報擒獲龍吉兆，克平馬乃土司。下部知之。

十一日（庚申），廣東廣西總督李棲鳳報雷縣西海賊黃占三等率眾投誠。下部知之。

十六日（乙丑），授浙江提督田雄二等候、福建提督馬得功三等侯。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷二。

夏六月十七日（甲午），兵部議覆：『平西王吳三桂疏言「李黨餘孽偷生房、竹，地接漢、興：布置堤防，正須嚴密。以王一正標兵駐漢，計畫甚周。惟是房、竹之可達漢中者二路：一為興安、一為西鄉漁渡壩，實為漢南門戶。今興安駐兵五千，足資捍御；惟西鄉無兵，雖設有漁渡壩遊擊，寧足以當一面？且漢中尚有臣下存城官兵，王一正兵馬宜駐西鄉，以防逆賊入漢之路。漢城去西鄉不過二百餘里，呼吸可通，聲勢聯絡；守西鄉，即所以守漢也。倘臣下官兵家口遷移之後，漢中照設一鎮，以資彈壓，庶為妥便」。應如所請』。從之。

二十六日（癸卯），福建巡撫徐永楨疏報提督馬？功剿平逆賊李月高、許于敬，其餘黨下海者皆掩殺無餘。下部察敘。

二十八日（乙巳），四川陝西總督李國英疏報：『逆賊郝承裔降而復叛，臣提兵親赴嘉定，密檄提、鎮諸臣合營進剿，賊鼠竄沉黎；我兵星馳尾襲，旋就擒俘。其潰散箐莽者，成擒成招，靡有漏網；恢復千餘里之封疆，拯救數萬人於水火。有功人員，均請議敘』。得旨：『官兵分路進剝斬關長驅，郝承裔就擒就俘；具見調度有方，將士效力。在事有功人員，俱著察敘具奏』。

秋七月初三日（庚戌），福建總督李率泰疏報偽總兵林俊奇等共六十一員、為兵人等共一千三百十九名口投誠。下部議敘。

二十一日（戊辰），湖廣總督張長庚疏報陣斬偽總兵劉偁，並獲其黨周文棟。命誅之。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷三。

閏七月初六日（癸未），安南將軍內大臣達素疏執：『據海澄公黃梧招撫鄭芝龍屬下偽都督萬儀、萬祿等，擒偽中匡伯張進、偽總兵朱受，拆毀所據銅山城垣房屋，率偽官一百八員、兵四千四百名、兵民家口萬餘渡海來歸』。得旨：『萬儀、萬祿等識時向化，傾心投誠，殊可嘉尚；著從優議敘。海澄公黃梧實心效績，招徠有方；著並議敘』。

十四日（辛卯），諭吏部、兵部：『海寇入犯江南時，提督梁化鳳奮勇效力，同滿兵擊敗賊眾；及賊奔竄，往犯崇明，梁化鳳星往應援，保全孤城，功亦不小。敘功時，授世職阿達哈哈番，止足償其江寧捷功；應再敘崇明捷功，加授世職，以示鼓勵。至於崇明城文武各官堅心竭力，拒賊全城，深為可嘉；亦應各加世職，以示鼓勵：俱著察明從優議敘。彼時江南地方數百里內從賊者多，惟安慶固守城池，不肯從逆，亦屬可嘉；守城各官，亦著察敘具奏』。

二十五日（壬寅），敘崇明守城功，授提督梁化鳳三等阿思尼哈番，襲替八次；文武官弁，各依功次授世職』。

八月初六日（壬子），吏部遵旨議覆：『尹大器舉首鄭芝龍在獄私與逆子鄭成功往來通信，密行事款，鞫勘俱實；應授拖沙喇哈番』。得旨：『尹大器著授拜他喇布勒哈番』。

十三日（己未），諭戶部：『前因江南、浙江、福建、廣東瀕海地方逼近賊巢，海逆不時侵犯，以致生民不獲寧宇；故盡令遷移內地，實為保全民生。今若不速給田地、居屋，小民何以資生？著該督撫詳察酌給，務須親身料理，安插得所，使小民盡沾實惠；不得但委屬員，草率了事！爾部即遵諭速行』。

九月初十日（丙戌）諭刑部：『近覽爾部章奏，徐勝等被擄下海，旋經投歸，仍按律擬罪。但念此輩先雖從賊，乃能不忘故土，乘間來歸，著免罪。以後凡有此等投誠者；俱著免罪』。

兵部題：『銅山偽都督郭義、蔡祿、羅璫等率眾投誠，應請議敘』。得旨：『郭義、蔡祿俱授左都督，加太子太保，仍給三等阿思阿尼哈番，世襲八次；羅璫授右都督，仍給三等阿達哈哈番，世襲四次』。

十一日（丁亥），調雲南貴州總督趙廷臣為浙江總督，浙江總督趙國祚為山東總督，改江南江西總督郎廷佐為江南總督，廣東廣西總督李棲鳳為廣東總督。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷四。

冬十月初三日（己酉），海賊鄭芝龍並其子鄭世恩、鄭世蔭等照謀叛律族誅。鄭芝豹當鄭成功變叛時即投誠來歸，並其子俱免死。

十二日（戊午），兵部題：『新投誠官員，應分旗安置。見到偽漢陽王馬進忠子都督僉事馬自德准入正黃旗、偽國公沐天波子沐忠顯准入正白旗、未到偽延安王艾能奇子左都督艾承業准入鑲黃旗，照依品級賞賚；內沐忠顯無職銜，應不給俸』。得旨：『沐忠顯著照阿哈尼哈番品級賞賚』。

十四日（庚申），以浙江定海縣舟山地方人民內徙，免其順治九年至十二年未完額賦。

二十五日（辛未），陞福建同安副將施琅為同安總兵官。

十一月十二日（丁亥），四川陝西總督李國英疏報偽伯楊秉印率眾投誠。命授左都督職銜，仍給全俸，賞裘、馬等物。

－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷五。