官署名。(1)清末陆军部所属机构。光绪三十二年(1906)设。掌陆军卫生、治疗、防疫、医药器具，兼司军医人员教育、升调。初辖医务、马医二科。宣统二年(1910)改辖卫生、医务二科。置司长一人掌司事，下设科长二人，科员十四人，副官一人，录事若干，各司其事。(2)清末海军部所属机构。宣统二年(1910)设于筹办海军事务处，时称医务司，二年改军医司，同年并入海军部。掌海军治疗、医药、卫生及军医教育。辖医务、卫生二科。置司长一人主其事，下设科长二人，科员四人，录事三人，各司其职。