十六卷。唐代释吉藏撰。吉藏生平事迹详见《华严经游意》辞条。《百论》作者是印度僧人提婆菩萨所著，共二十品，每品各有百偈，故称《百论》。天亲菩萨释有《百论》。姚秦三藏法师鸠摩罗什译出前十品，共五十偈，仍称名为《百论》。此疏吉藏作成于隋大业四年(608)。主要内容有：首先，对僧肇百论序作以说明释义；历破外道，毗、昙、成宝三家之说、辨唯识之异同、除患执之偏要。其次，在明品偈中，释偈义，辨多少、释相生、释品名。以六章开释玄义，其科判大略分为三段。一，敬赞三宝请威加护。二，与外道论义，显正破邪。三，回邪入正，请求利益。在每段中又一分为二，初文二者是敬赞三宝，与外道诤三宝真伪，次文二者是初舍罪福品序如来渐舍教门，辨于顾正；破神品以下九品，说外道人法明示破除邪念。后文二者是明利益，辨益相。《百论疏》是嘉兴三疏之一，为研习三论之宗典，在佛教史上占有重要地位。现见载版本有金陵刻经处刻本。