《本草崇原》三卷，《侣山堂类辨》二卷。清张志聪(详见《素问集注灵枢集注》)撰。高世栻辑。因本书以《神农本草经》为经，故名。张氏研究医学，必详明本原且以轩岐、仲景为归。认为《神农本草经》“词古义深，难于窥测，后人纂集药性，不明《本经》，但言某药治某病，某病须某药，不探其原，只言其治，是药用也，非药性也。”故张氏以五运六气学说，诠释《神农本草经》，阐明药性。认为对药物应知其性而用之，则用之有本。全书载药二百九十九种，分为上、中、下三品。每药先录《神农本草经》(或其他古籍原文)，加以注释，间附高世栻某些注文。书中引证药用，多取仲景诸方以为根据，对于宋、金、元、明诸家新解，多所驳斥。此书发前人未发之意，颇多可取之处，为近代注释《神农本草经》之精纯之作。有《医林指月》本，光绪二十四年(1898)香南书屋刊本。《侣山堂类辨》为张氏与同学朋友及弟子讲学、研医之文集，成于康熙二年(1663)。上卷载医论六十篇，多以问答形式论辨医理，分题辨析脏腑功能、病原、病证、病种、病治、方剂等。对古医书所载或医家之论中某些认为有误之处，分别加以纠正；对六经和脏腑等理论结合临证体会予以阐述发挥。多为作者纂释古籍之余的心得。下卷论药，主要阐述四十余种药物之药性和方剂配伍，首、末载方药论十余篇。能集旧说之异同，参互错综，加以折衷，首列四论概括大旨，分论三十余种，为《本草崇原》未尽之意，辨析详备，可见张氏并非以治效见长。张氏于学术上遵《内经》、《伤寒论》等，于临证强调气化学说，对后世影响颇著。说理简切，论辨清晰，颇有见解。“侣山堂”为张氏聚集同行讲学之地。有康熙九年(1670)刊本、《医林指月》本、乾隆三十三年(1768)宝笏楼刊本、1935年上海千顷堂书局铅印本，合刊本有《医林指月》本。