三十卷。明孙一奎(1522－1619)撰。又名《赤水玄珠全集》、《孙氏医书三种》。孙一奎字文垣，号东宿，别号生生子。休宁县(今属安徽)人。因父病而立志学医，先师从汪机的弟子黄古潭，又研究经典医著及诸大家典籍，勤奋好学，诵读无间，历寒暑三年。为寻师访友，曾远历湘赣江浙等地，广询博采，择善而从，历三十余年乃精于医，为人治病，每有良效，名噪当时。著有《医旨续余》、《医案》等书。孙氏治学，反对“徒以方书为捷径”，而重视理论研究，不仅沉酣于《内经》、《难经》之书，精研本草，参阅方书，并结合仲景之后历代名家医著，加以融汇贯通。他认为：“医者能因古人之法，而审其用法之时，斯得古人立法之心矣”，“仲景不独以伤寒擅长，守真不独以治火要誉，戴人不当以攻击蒙讥，东垣不专以内伤树绩，阴有余阳不足之论不可以疵丹溪，而樱宁生(指滑伯仁)之长技，亦将与诸公并称不朽”。(《医旨绪余》)孙氏反对命门、三焦等理论并有独到见解，认为营气、卫气的生理功能实由宗气所宗，人的呼吸赖宗气的推动。人身君相之火均为人火，为内火，不能以君相来分属天人，而心为君火，包络、三焦为相火，乃亘古不易之论。在治疗中孙氏“首重明证”，认为“凡证不拘大小轻重，俱有寒、热、虚、实，表、里、气、血”之分，且病变多有始同而终异，执法不能执一而无权变。在遣方用药中十分重视对三焦元气的保护，与其三焦、命门理论相印证。此书分七十七门，每门又分列病症，根据《内经》、《难经》等理论，引录文献二百六十五种。结合自己多年临床体会，对内、外、妇、儿各科疾病予以论述。条分缕析，分述因、证、处方，并附各家治验。如风门中又分伤风、真中风、类中风、痦痱；寒门中又分中寒、恶寒。大旨以明证为主。其中辨古今病证名称相混之处尤为明晰。在治疗上重视保护三焦元气，反对滥用寒凉之品。此书中孙氏的学术见解颇为各世医家所重视。唯卷十“怯损劳瘵”门附“方外还丹”，专讲以人补人采炼之法，非为正道，为全书之瑕疵。有明万历十二年(1584)初刻本，民国三年(1914)上海著易堂书局铅印本，《四库全书》本。