| 第1册 | 皇朝本纪 不分卷 | (明)阙名撰 | 明蓝格钞本 | FB.64:92.1(1) |
| 第2-3册 | 洞庭集 四卷 | (明)孙宜撰 | 明钞本 | FB.64:92.1(2) |
| 第4册 | 卢江郡何氏家记 不分卷 | (明)何崇祖撰 | 旧钞本 | FB.64:92.1(3) |
| 第5-12册 | 怀陵流寇始终录 十八卷 甲申剩事 一卷 将亡妖孽 一卷 | (明)戴笠、吴殳撰 | 述古堂钞本 | FB.64:92.1(4)-2 |
| 第13-14册 | 边事小纪 四卷 | (明)周文郁撰 | 崇祯中刊本 | FB.64:92.3(1) |
| 第15册 | 倭志 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(2) |
| 海寇议前 一卷 后一卷 | (明)范表撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(3) | |
| 海寇后编 残一卷 | (明)茅坤撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(4) | |
| 日本志 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(5) | |
| 松寇纪略 一卷 | (明)徐宗鲁撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(6) | |
| 宋素卿传 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(7) | |
| 蒋陈二生传 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(8) | |
| 当湖寇纪事 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(9) | |
| 第16册 | 纪变 一卷 | (明)阙名撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(10) |
| 使琉球录 一卷 | (明)陈侃撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(11) | |
| 福建巡抚档案 一卷 | (明)赵□撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(12) | |
| 造修福船略说 一卷 | (明)侯继高撰 | 清初蓝格钞本 | FB.64:92.3(13) | |
| 第17-18册 | 虔台倭纂 二卷 | (明)谢杰撰 | 万历二十三年(1595)刊本 | FB.64:92.4(1) |
| 第19册 | 倭奴遗事 一卷 | (明)钟薇撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.4(2) |
| 第20-29册 | 总督四镇奏议 十卷 | (明)王一鹗撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.4(3)-6(1) |
| 第30-37册 | 大元大一统志 残三十五卷 | (元)孛兰[月兮]等奉敕撰 | 袁氏贞节堂钞本 | FB.64:92.6(2)-7(1) |
| 第38-79册 | 寰宇通志 一百十九卷 | (明)彭时等奉敕撰 | 明初刊本 | FB.64:92.7(2)-14(1) |
| 第80册 | 炎[激(氵→亻)][王巢]言 二卷 | (明)郭[非(上)衣]撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.14(2) |
| 第81-82册 | 粤剑编 四卷 | (明)王临亨撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.15(1) |
| 第83-86册 | 荒徼通考 不分卷 | (明)阙名撰 | 万历中红格钞本 | FB.64:92.15(2) |
| 第87-102册 | 四夷广记 不分卷 | (明)慎懋赏撰 | 旧钞本 | FB.64:92.16-18(1) |
| 第103册 | 汇编国朝当机录 三卷 | (明)黄正宾撰 | 天启元年(1621)刊本 | FB.64:92.18(2) |
| 第104册 | 嘉隆新例附万历 三卷 | (明)阙名撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.18(3) |
| 第105-116册 | 工部厂库须知 十二卷 | (明)何士晋等撰 | 万历中刊本 | FB.64:92.18(4)-21(1) |
| 第117-119册 | 龙江船厂志 八卷 | (明)李昭祥撰 | 嘉靖中刊本 | FB.64:92.21(2) |
| 第120册 | 延平二王遗集 一卷 | (明)郑成功、郑经撰 | 旧钞本 | FB.64:92.21(3) |
| 黄石斋未刻稿 一卷 | (明)黄道周撰 | 旧钞本 | FB.64:92.21(4) | |
| 蔡夫人未刻稿 一卷 | (明)蔡□撰 | 旧钞本 | FB.64:92.21(5) |