疆域
晷度（一）
形势（七）
建革（二八）
风潮（三三）
物产
五谷类（五三）
蔬菜类（六四）
草木类（七七）
鸟兽类（一六七）
虫鱼类（一八三）
杂产类（二一七）
饷税
杂饷（二三一）
杂税（二五二）
职官
武职（二六三）
文职（三三八）
选举
进士（三九三）
举人（三九四）
武进士（四○三）
武举人（四○三）
贡生（四一一）
列传
政绩（四二九）
寓贤（四九三）
隐逸（四九六）
文学（五○六）
武功（五○九）
忠义（五七八）
忠节表（六○三）
杂识
风俗（六二九）
祠庙（六二九）
铺递（六三一）
杂录（六三三）
资料（一）
万镇台移送台湾水陆各营旧章原额裁改新章官兵汛塘以及现在兵数并抽调练兵暨安防汛塘名数分晰清册（六五一）
营制（六七八）
驻防兵制（六九一）
台湾营制事宜摺（六九六）
兵部议准福建总督觉罗满保奏台湾一郡修筑炮台摺（六九七）
东溟兵制摺（六九八）
台湾吏事兵事均宜及时绸缪摺（六九九）
遵旨筹商摺（七○二）
请改台地营制摺（七○三）
上谕澎湖为由闽赴台要隘扼扎劲旅认真操练覆奏（七○六）
奏筹澎湖海坛协互调事宜摺（七○六）
台湾水师员额并武职补署章程摺（七一○）
议设陆路副将员缺酌拨营伍摺（七一二）
筹办改设营制事宜摺（七一七）
兵制（七一八）
同治八年裁兵加饷案内裁存新章额设兵丁分别马步战守名数清摺（七二○）
台澎水陆各营旧章原额清摺（七二三）
水陆各营新章额设官兵名数额需俸薪干廉饷米加饷细摺（七二六）
安平新旧炮台军装局火药局电报局镇海正左营事略（七二八）
资料（二）
御制平定台湾二十功臣像赞序（七三七）
御制剿灭台湾逆贼生擒林爽文纪事语（七三九）
命于台湾建福康安等功臣生祠诗以志事（七四二）
御制福康安奏报生擒庄大田记事语（七四三）
昭忠祠记（七四五）
新附入昭忠祠职衔姓名清册（七五八）
台南昭忠祠员弁兵丁衔名册（七六三）
林爽文、蔡牵、张丙等案名册（七八二）
文职册（七九三）
武职册（八一五）
各志文武册（八四二）
戴万生案（八五二）
施九缎案（八七八）
剿番阵亡员弁（八八九）
埤南剿番案（八九一）
宜兰防勇开山中伏阵亡优恤案（九○四）
剿平大嵙崁内山番社奖恤案（九一三）