康熙三年（一六六四、甲申）春五月初八日（辛未），四川總督李國英疏報巫山巨寇郝搖旗下偽總兵馬進玉等率眾投誠。下部察敘。
十三日（丙子），陞隨往福建右路總兵官王進功為福建提督。
管理福建安輯投誠事務戶部郎中賁岱疏報，鄭芝豹生母黃氏率子姪眷屬等赴閩投誠。下部察敘。
二十一日（甲申），四川總督李國英疏報：『蜀中巨寇劉二虎、郝搖旗、袁宗第抗撫負固，狡謀不測；蒙遣西安將軍傳喀禪、副都統杜敏統領大兵，會同督提進剿。於康熙二年十二月二十三日師次陳家坡，逼近賊巢：滿、漢兵奮勇剿殺，賊遁入天池寨。副都統杜敏等統兵追剿，劉二虎勢窮自縊，郝搖旗、袁宗第夜遁。杜敏等復追至黃草坪，大敗賊眾，擒郝搖旗、袁宗第並偽王朱宗蒗等；數萬巨寇一朝掃平，無一漏網』。得旨嘉獎，下部察敘。
二十三日（丙戌），福建總督李率泰疏言：『原任提督侯馬得功妻劉氏、子馬三奇呈稱馬得功統領水陸官兵攻取廈門、金門二島，力戰身死；請賜恩卹，以慰忠魂』。得旨：『馬得功捨身死戰，墮水殞生，著從優議卹』。
二十六日（已丑），授福建投誠偽伯陳輝為慕仁伯。
二月初五日（戊戌），授福建投誠偽官伍濬益、洪徵、董時行、洪弼都督僉事銜。
初十日（癸卯），靖南王耿繼茂等疏報：『福寧總兵官吳萬福招撫偽鎮林國樑投誠，隨遣遊擊李應先等協同攻克長腰、東蚶二島；寇巢破滅，偽兵部阮春雷、逆渠張煌言僅以身免。請敕議敘』。得旨：『據奏逆賊阮春雷、張煌言等竊踞東蚶、長腰等島合■〈舟宗〉狂逞，官兵奮勇夾剿，擒斬賊將、奪獲船隻、焚燬賊巢，深可嘉尚！在事有動人員，察明議敘。其偽鎮林國樑帶領家口傾心投誠，復奮勇自效；同官兵搗巢穴，克奏捷功，非尋常投誠可比。著從優議敘』。
十四日（丁未），兵部議覆：『平南王尚可喜疏言銅山諸逆鄭錦、周全賦等各思歸誠，請以招撫事宜專責饒平總兵官吳六奇相機料理；應如所請』。從之。
十五日（戊申），管理廣東安輯投誠事務刑部郎中花善等疏報：『偽都督杜輝於康熙二年十一月率所屬將領一百二員、水陸兵丁二千九十六名、大小戰船六十二隻，繳偽印關防牌劄獻南澳地。又偽總兵吳陞率所轄偽官三十三員、兵六百九十三名、大小船十一隻繳偽觀武將軍印，並傾心役誠』。下部知之。
二十一日（甲寅），福建總督李率泰疏報寧化縣山寇聚黨八百餘人劫掠地方，總兵官黃大用調兵進剿，執斬賊首錢禾，餘黨悉平。下部知之。
二十六日（已未），湖廣總督張長庚疏報西山巨逆馬騰雲、黨守素、塔天寶等率眾歸誠。下部知之。
三月癸亥朔，加授福建福寧總兵官吳萬福都督同知，以敘攻剿海寇阮春雷等有功也。
初四日（丙寅），靖南王耿繼茂疏報：『海逆洪旭、黃廷等擁鄭錦殘黨遁踞銅山，所轄偽將張傑、吳盛等率領兵民渡海投誠。群賊分■〈舟宗〉來追，意欲乘機入犯內地。總兵官王進功統兵馳剿，殲賊眾於陸鰲、破賊巢於下蔡；番斬首千餘級，按應投誠人等入界。在事有功鎮將及張傑、吳盛等，均請敘錄，以勵將來』。下部察敘。
初七日（己巳），授廣東投誠偽官杜輝、吳陞左都督銜，杜騰、郭惠都督同知銜，吳鵬都督僉事銜。
夏四月初二日（甲午），管理福建安輯投誠事務郎中賁岱疏報偽左都督陳昇率大小文武官一百二十三員、兵丁二千六百餘人渡海投誠，請隸海澄公標下效力。下部察敘。
初七日（己亥），福建總督李率泰報：『偽左鎮林國樑率眾投誠，所有偽劄關防已移送安輯部臣恭繳；應邀恩優敘，以示鼓勵』。得旨嘉獎，下部察敘。
二十一日（癸丑），兵部議敘偽忠明伯周全斌率左右都督以下楊泮等投誠功；得旨：『周全斌授為三等伯，楊泮、周珍、曾傳、黃寶、林英授左都督職街，張隆、阮星、歐瑞、陳麟、賴工、張岳授右都督職銜』。
二十九日（辛酉），陞靖南王右翼鎮副將馬化麒為隨征福建右路總兵官、右路鎮標副將劉進忠為隨征福建中路總兵官。
－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷十一。
五月初五日（丙寅），靖南王耿繼茂疏報：『三月初六日，臣與總督李率泰、提督王進功、海澄公黃梧等領兵先後至八尺門；偽威遠將軍翁求多率兵民六萬餘人納款。十四日夜半渡海，進拔銅山，焚燬賊巢，斬首三千二百餘級；偽永安侯黃廷、偽都督余寬等率偽官兵並家屬人等三萬二千四百餘名出降，所獲船隻、盔甲、器械無算。逆渠鄭錦僅存數十艘，掃滅殆盡』。得旨嘉獎，下部察敘。
初九日（庚午），吏部議覆：『兵部左侍郎石圖疏言：「閩海投誠偽武職官內有人品單弱、熟曉文義者，請酌改文職官」；查無舊例，不准行』。得旨：『投誠官內有通曉文義、願以文職效用者，該地方督、撫察明具題酌用』。
二十二日（癸未），授福建投誠周全斌為承恩伯，食三等伯俸。
二十四日（乙酉），敘銅山投誠功，以何政、許正、李思忠為左都督，葉志鳳等為都督僉事；餘授職有差。
六月初六日（丁酉），福建總督李率泰以病求罷。得旨：『覽奏患病是實，本當即允所請。但閩省投誠兵民官員最為繁眾，著親行安插，務使得所。事竣之日，解任回京。應作何加級加恩？該部一併議奏』。
十五日（丙午），以福建投誠偽官楊富為四川川北總兵官。
十九日（庚戌），授福建投誠偽侯黃侯為慕義伯。
閏六月初二日（壬戌），命都督僉事事施福隨水師提督施琅標下效用。
福建總督李率泰疏報總兵官李長榮等出洋會剿逆寇張煌言，擊敗賊眾五千餘人；又擒偽總兵張賢等，並獲船隻器械。下部察敘。
福建水師提督施琅告請終養；慰留之。
初三日（癸亥），頒賜荷蘭國王緞疋銀兩，以二年冬助兵剿海逆有功也。
初六日（丙寅），浙江總督趙廷臣題報偽將軍鄭殷就撫。下部知之。
初十日（庚午），以福建投誠偽官郭義為鄖陽總兵官。
十八日（戊寅），改南澳投誠官杜輝為廣東右路水師總兵官。
秋七月初五日（甲午），管理福建安輯投誠事務戶部郎中賁岱疏報：『自康熙元年至三年止，合計投誠文武官三千九百八十五員、食糧兵四萬九百六十二名、歸農官弁兵民六萬四千二百三十名口、眷屬人役六萬三千餘口、大小船九百餘隻』。下部知之。
十八日（丁未），敕福建提督水師總兵官施琅等曰：『海寇雖已蕩平，逆賊鄭錦尚竄臺灣。率以爾施琅素諳海務、矢志立功，特命爾為靖海將軍，以承恩伯周全斌、太子少師左都督楊富為副，以左都督林順、何義等為佐，統領水師，前往征剿。凡事，會議酌行。毋謂自知，罔聽眾言；毋謂兵強，輕視寇盜。嚴設偵探，毋致疏虞。抗拒不順者，戮之；大兵一至、即時迎降者，免死。有能擒殺賊渠投誠者，核明具奏。行間將領功罪，察記彙奏。務期殄滅逆孽，副朕倚任之意。爾等受茲重任，宜殫竭心力，以奏膚功。欽哉！特諭』。
－－以上見「大清聖祖仁皇帝實錄」卷十二。
八月初九日（戊辰），浙江總督趙廷臣疏報隨征總兵官范達禮招撫偽兵部侍郎蔡昌登等繳偽敕印投誠，請給銜俸；以勸來者。下部議。
十五日（甲戌），浙江總督趙廷臣疏報：『逆渠張煌言盤踞浙海多年，其下偽官節次招降，獨張煌言抗不就撫。臣與京口將軍劉之源先後發書遣使諭以禍福，勸其去逆效順；張煌言之死不悔，雖將隨從兵弁船隻起發進關，猶借名歸隱，徜徉海外。臣即馳赴定海，會商水陸提督哈爾庫、張杰分遣將士配坐船隻，由寧、臺、溫三路出洋搜剿，毀其賊巢、殲其餘黨。偵知張煌言披緇遠遁，密令驍勇將備徐元、張公午扮成僧民，隨帶健丁、火器潛伏普陀山一帶，仍撥將弁扼守要路，以防奔竄。至七月二十日，瞭望朱家尖有趕繒船一隻，急舉火器前擊，獲有活口林生、陳滿等，知張煌言見在懸山范澳；徐元等即駕所獲賊艘，尾隨八槳兵船，令活口林生等仍扮差回原船，使之不疑。乘夜進一小港，從山後覓路，突入帳房；遂擒張煌言及其親信餘黨，搜出偽「視師兵部」銀方印一顆、偽關防九顆、槍砲盔甲旗繖等物。三省出沒之渠逆，一旦生擒；凡經過寧、紹、杭各府，百姓聚觀如堵。從此奸宄絕跡，海宇肅清，共仰天威震疊矣』。得旨嘉獎，下部議敘。
二十日（己卯），湖廣總督張長庚疏報：『靖西將軍都統穆里瑪、定西將軍都統圖海等率旅與三省緣旗兵合剿西山巨逆郝搖旗、劉汝魁等業經授首，獨李來亨擁眾茅麓山，最為險峻；官兵晝夜環攻，賊勢窮迫，其黨陸續下寨歸降。八月初五日，李來亨全家自縊，舉火焚巢；官兵搜剿餘黨，楚寇蕩平，全師奏凱』。下部察敘。
九月十八日（丙午），廣東總督盧崇峻疏報：『平南王將軍、提督等統領官兵於八月十二日進剿碣石衛賊巢，擒斬賊首蘇利，俘獲餘黨萬餘，賊寨蕩平』。得旨嘉獎，下部察敘。
二十日（戊申），福建總督李率泰疏言官兵會剿茶仔畬山寇，生擒賊首余角，餘黨俘斬無算，各峒寨悉平。下部察敘。
冬十月初三日（辛酉），福建水師提督施琅疏報鄭逆商人藍英帶貨物投誠。下部知之。
初八日（丙寅），靖南王耿繼茂疏報：『荷蘭國出海王於八月十六日帶領番船十隻、番兵千人抵閩安鎮，約九月二十日至圍頭取齊，於十月初旬往澎湖攻賊巢，候風便進取臺灣』。下部知之。
初十日（戊辰），海逆張煌言伏誅。
十六日（甲戌），撥投誠兵二千名隸海澄公黃梧下，合舊兵三千名。立中、左、右、前、後五營。
二十二日（庚辰），福建總督李率泰疏報總兵官馬化麒於古雷山遇賊船三十一隻，奮勇力戰，陣斬一百七十餘人，擒獲一十三人；得獲器械、船隻，因無水手撐駕，即時焚燬；兼報砲傷官馬三匹。得旨：『斬殺賊夥，得獲器械，因無撐船之人焚燬等語；係從何來之賊？其賊首為誰？且近地所得船隻，焚燬是何緣故？既云官馬三匹被砲倒斃，其戰士何以無一被傷者？其中或邊地官員欲行邀功，殺投來之人謊報亦未可知！著該督嚴行察明具奏』十一月戊子朔，以投誠左都督楊來嘉為湖廣襄陽總兵官、投誠左都督三等阿思哈番蔡緣為河南河北總兵官。
初七日（甲午），鎮守福寧總兵官吳萬福疏報：『叛鎮蘇利賊黨密遣賊艘從外洋潛入閩地，官兵哨探堵截，斬獲賊眾、焚奪賊船，片帆不返』。下部知之。
十二月十二日（己巳），陞副將劉炎為福建汀州總兵官。
－－以上見「大清聖祖仁皇帝寶錄」卷十三。
